按摩学盛于隋唐，儿科学形成于宋朝，按摩学和儿科学的成熟，为小儿推拿学的形成奠定了基础。
小儿推拿独特的治疗体系形成于明代，其标志为《小儿按摩经》、《小儿推拿方脉活婴秘旨全书》和《小儿推拿秘诀》3部小儿推拿专著的问世。《小儿按摩经》于1601年被收录于杨继洲的《针灸大成》一书中，作者仅说是“四明陈氏”，该书是我国现存最早的推拿专著。
明代是小儿推拿发展历史中的发达时期，小儿推拿的理论水平不断提高，在治疗小儿疾病方面已经积累了丰富的经验，形成了小儿推拿的独特体系，如小儿推拿的穴位有点，也有线（前臂的“三关”和“六腑”）和面（如手指指面部的“脾”、“肝”、“心”、“肺”、“肾”）；在手法应用上，较多地使用推法和拿法，并有复式操作法等；在临床治疗中，配合药物，既用药物作介质行操作手法，又用药物内服。
清代，小儿推拿在理论总结及临床实践中都有了新的发展。清初，熊应雄著的《小儿推拿广意》，对前人的推拿论述与经验进行了比较全面的总结，在详细介绍推拿疗法的同时收录了不少小儿病症的内服方剂，具有较大的实用价值。夏禹铸著的《幼科铁镜》，骆如龙著的《幼科推拿秘书》，夏云集著的《保赤推拿法》，徐崇礼的《推拿三字经》，张筱衫著的《厘正按摩要术》等都是清代影响较大的小儿推拿专著。
民国时期，推拿学科的发展特点是存在于民间、发展于民间。
新中国成立后，在各级政府卫生部门的大力扶植、发展下，小儿推拿学的教学工作不断进展和提高，不仅有小儿推拿专著出版，并有小儿推拿学的教材问世。北京、安徽等地采用现代研究手段，证实了捏脊疗法与人体的胃泌素变化，肺功能增强，血压升降以及免疫功能的提高等有着密切的关系。
青岛医学院观察胃在推脾土，加运内八卦穴前后的运动以及胃液对蛋白质消化的分解情况，证明推拿能促进胃的运动和消化功能。总之，随着生物分子学、生物力学等学科的建立，有望揭开小儿推拿对新陈代谢、能量转换、神经传导的影响作用，从而探明其作用机理。
小儿推拿源远流长，不同地域，不同的小儿推拿医家对《小儿按摩经》的理解不同，对小儿推拿的穴位、手法、理论等的认识不同，逐步形成了不同的小儿推拿流派。目前国内发展比较充分，影响较大的小儿推拿流派，主要有山东的三字经小儿推拿流派、张汉臣小儿推拿流派和孙重三小儿推拿流派、北京的小儿捏脊流派、上海的海派儿科推拿和湖南刘开运儿科推拿流派。山东的小儿推拿三大流派和湖南的刘开运小儿推拿流派，学术特点明显，研究者较多；北京的小儿捏脊流派及上海的海派儿科推拿，也有一些研究论文发表。
三字经小儿推拿流派，学术特点非常明显：第一，偏重望诊及五脏辨证，李德修潜心于望诊，患者入室，举目一视，即能说出病情。第二，取穴少而精，善用独穴。第三，推拿时间长，手法频率高。第四，以清法见长。第五，手法操作简单，两穴联推。第六，以推拿代替药物。
孙重三推拿流派的特点是：第一，首重“天人合一”的整体观念，诊病强调闻诊和望诊，辨证论治。第二，临床注重手穴、体穴相配，相辅相成。擅长应用林椒圃的“十三大手法”。孙重三将开天门、推坎宫、运太阳和揉耳后高骨归为“四大手法”。
张汉臣推拿流派的主要特点是：第一，重视望诊，其内容多而详实，尤以望面色和望鼻最有特色。第二，在治则上是以治本为主，严守“补虚扶弱”或“补泻兼治”的法则。把小儿推拿概括为一掌四要：一掌即掌握小儿无七情六欲之感，只有风、寒、暑、湿、燥、火、伤食之证的生理特点。四要包括一要辨证细致，主次分明；二要根据病情，因人制宜；三要取穴精简，治理分明；四要手法熟练，刚柔相济。
小儿捏脊流派具有以下特点：第一，学术上强调“督脉通诸脉通”。通过捏拿小儿的脊背，振奋督脉的阳气，推动全身气血的运行，调整全身的阴阳之气，从而达到治疗疾病的作用。第二，运用捏脊疗法治疗积证。在捏拿的同时，配合服用“消积散”及外敷“冯氏化痞膏”（此二方均为冯氏家传）。第三，手法上细分为“捏脊八法”即捏、拿、推、捻、提、放、按、揉。
上海的海派儿科推拿的学术特点是：第一，第一，手法除了继承传统的八法，还融入了上海的一指禅推拿、法推拿、内功推拿等三大成人推拿流派的手法。第二，穴位应用更加广泛，临床范围扩大。第三，理论上根据“通则不痛、不痛则通”的原理，以痛为俞，通过在痛点的治疗，达到祛除病痛的目的。
湖南的刘开运流派的特点是：第一，辨证取穴，归经施治。第二，五经为主，配穴精当。刘开运根据五行生克制化之理，确定其补母、泻子、抑强、扶弱的治疗原则，以作为指导临床推治时取穴主补主泻的依据，因而临床具体运用中尤以推五经多用。第三，注重体质，补泻制宜。第四，开阖相配，通调阴阳。
在临床操作过程中，该流派把开窍及关窍作为小儿推拿的常式，在每个小儿疾病、病证当中都必须操作的套路。【开窍即小儿推拿当中的“头部三法”（开天门、推坎宫、推太阳）及推拿手部的总筋、阴阳穴，关窍即拿按肩井】
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李修德 《李修德小儿推拿技法》《小儿推拿讲义》
孙重三《儿科推拿疗法简编》
张汉臣《实用小儿推拿》《小儿推拿学概要》
刘开运《小儿推拿疗法》
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赵鉴秋《幼科推拿》《三字经派小儿推拿宝典 》
张席珍《小儿推拿疗法》
范仰五《小儿按摩新法》
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