实体型肿瘤的分子诊断：
癌基因激活：易位；扩增；点突变激活。
抑癌基因沉默或缺失：缺失；功能性突变丢失；高甲基化。
肺癌EGFR突变：
约15%的高加索人肺腺癌存在EGFR突变；
约50%的中国人/东方人肺腺癌存在EGFR突变；
EGFR突变可提示能否使用抗EGFR药物治疗，如吉非替尼。
已有突变特异性抗体针对最常见的两个EGFR突变：L858R突变，外显子19缺失突变（对15-bp缺失尤其有效）。
使用突变特异性抗体的挑战：脱钙标本；标本中缺乏肿瘤细胞。
肿瘤的BRAF突变：
大部分BRAF突变位点都是V600E。
包括下列肿瘤：
1、黑色素瘤（40-70%）；
2、乳头状甲状腺癌（~60%）；
3、结直肠癌（~10%）；
4、毛细胞白血病（100%）；
5、朗格汉斯细胞组织细胞增生症和埃德海姆病（50%）；
6、后肾腺瘤；
7、其他肿瘤，如肺癌，卵巢癌（特别是低级别浆液性腺癌），结肠癌。
BRAF V600E突变的特异性抗体：
1、最常用的克隆：VE1；
2、大部分研究认为BRAF免疫组化检测与BRAF突变有很好的相关性。
3、对垂体肿瘤无意义：即使无BRAF突变，免疫组化也经常阳性。
IDH1/IDH2突变：
1、70%-80%是在IDH1基因的132号位点产生错义突变。其他如低级别星形细胞瘤/少突神经胶质瘤/继发性胶质母细胞瘤等，突变发生在IDH2基因的R172及R140位点（＜5%）；
2、突变也可发生于：髓系恶性血液病（53%），血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤（20-45%），软骨肉瘤（40%）；肝内胆管癌（25%）。
肿瘤中的特殊基因突变：
1、某些肿瘤在发生过程中存在特殊的基因突变。
2、这些突变有时可以通过免疫组化确定，有诊断及预测预后的价值。
3、如：β-catenin基因突变（蛋白质异常定位）；P53基因突变。可用特异性突变抗体来识别突变。
β-catenin基因突变：
β-catenin基因突变发生在下列疾病：
1、甲状腺乳头状癌，筛状桑椹状亚型；
2、颅咽管瘤；
3、胰腺的实性假乳头状肿瘤；
4、鼻腔血管外皮细胞瘤；
5、淋巴结的栅栏状肌纤维母细胞瘤；
6、其他肿瘤，如性索肿瘤等……
β-catenin基因突变或Wnt信号通路（如APC）发生在：结直肠腺癌；纤维瘤病。
β-catenin蛋白的异常定位反映基因突变：
1、β-catenin蛋白正常状态下定位于细胞膜；
2、β-catenin蛋白的异常核定位提示Wnt信号通路或β-catenin基因突变。
β-catenin蛋白的异常核定位提示：
1、鉴别结直肠腺癌与卵巢、子宫及膀胱来源的腺癌；
2、鉴别纤维瘤病与其他梭形细胞肿瘤；
3、确定甲状腺筛状-桑椹状亚型乳头状癌的诊断；
4、确定胰腺实性假乳头状肿瘤（缺乏特异性标记）的诊断；
5、指导诊断鼻腔血管外皮细胞瘤；
6、指导诊断淋巴结的栅栏状肌纤维母细胞瘤。
在甲状腺筛状-桑椹状亚型乳头状癌中的诊断价值：
1、散发；
2、与家族性腺瘤性息肉病（FAP）相关，甲状腺肿瘤可能是未确诊的FAP的首发症状。
TP53基因突变：
1、TP53基因突变常见于多种肿瘤，但一般为进展期事件；
2、然而在某些肿瘤中也可以是特异性病变或早期事件，故而也可以指导诊断或分型；
3、文献报道TP53基因突变与p53蛋白表达关系不明确；
4、然而某些情况下p53免疫组化标记是有意义的，如：广泛强阳（突变后的蛋白稳定性增强）；或完全丢失表达（突变影响了蛋白的抗体结合位点）。注：必须有合适的内参照。
p53免疫组化标记应用举例：
1、子宫腺癌：浆液性癌（弥漫强阳）vs子宫内膜样癌（阴性或弱阳）vs透明细胞癌（补丁状中等强度表达）；识别子宫内膜上皮内瘤变（弥漫强阳）；
2、诊断浆液性输卵管上皮内癌（STIC）；
3、溃疡性结肠炎相关的发育不良（常弥漫强阳）vs散发的腺瘤（常阴性或弱阳）；
4、由良性或低度恶性赘生物发展而来的高级别肿瘤，如：癌在多形性腺瘤中；去分化腺样囊性癌。
E-cadherin在乳腺小叶癌中的定位：
1、E-cadherin表达丢失（由于基因突变或缺失）是乳腺小叶癌的典型特征。
（1）浸润性小叶癌vs浸润性导管癌
（2）LCIS vs DCIS vs 小叶增生
（3）多形性小叶癌
2、约10%的小叶癌E-cadherin阳性，可能因为某些错义突变还是具有完整的抗原决定簇。
3、p120-catenin蛋白的弥漫胞浆表达（而不是胞膜表达），提示E-cadherin蛋白功能障碍，可联合E-cadherin使用。
恶性横纹肌样瘤及相关肿瘤：
1、hSNF5/INI1基因（22号染色体长臂）的双等位基因失活（突变或缺失）是肾及肾外恶性横纹肌样瘤的特征性病变；
2、中枢神经系统的非典型畸胎瘤样/横纹肌样瘤（AT/RT）也存在该分子改变；
3、INI1免疫组化标记（缺失）与分子改变对应得很好。
INI1表达缺失的肿瘤：
梭形细胞脂肪瘤和多形性脂肪瘤：Rb表达缺失(Rb基因13q部分丢失)。
GIST基因突变：
基因型与表型的对应关系：
KIT突变：所有结构域；形态学经典；KIT+，DOG1+；对伊马替尼敏感（外显子9, 800 mg QD）；
PDGFRA突变：胃或胃肠道外；上皮样，黏液样，多核细胞；横纹肌样；KIT -/+，DOG1+。
琥珀酸脱氢酶缺乏型GIST：
1、“儿童型”经常＜20岁；
2、7.5%的胃GIST；
3、男女比例2:1；
4、经常多发或多灶性；
5、丛状或多结节状生长方式；
6、上皮样，恶性；
7、有脉管转移和淋巴结转移的倾向，但长期生存率较好；
8、对伊马替尼耐药；
9、KIT+，DOG1+。
GIST不同基因型的免疫组化表现
遗传性副神经节瘤中SDHB表达缺失：
1、最多有30%副节瘤或嗜铬细胞瘤为遗传性（如SDH基因突变；神经纤维瘤病I型；多发性神经内分泌肿瘤II型；VHL综合征）；
2、SDHB表达缺失对于识别这一组疾病很重要；
3、但是检测这些潜在的基因改变既昂贵又费劳力。
林奇综合征：
1、错配修复基因的突变包括：MLH1，PMS2，MSH2，MSH6；
2、发生于癌症的早期，及腺瘤的进展期；
3、发生于近端结肠（右半结肠）；
4、同时及异时多发癌症的发生率增高；
5、结肠外的癌症：子宫，卵巢，胃，上泌尿系统。
微卫星不稳定（MSI）是林奇综合征的特征：
1、1997年发现了5个微卫星不稳定的标记物；
2、MSI-H：≥ 2个标记物；
3、MSI-L：1个标记物；
4、MSI-稳定：未检测到改变。
免疫组化检测MMR蛋白异常：
1、评估MLH1，PMS2，MSH2，MSH6的抗原表达；
2、间质细胞可以作为内对照；
3、MLH1-PMS2形成异源二聚体，MLH1是必须的（即：MLH1可不依赖PMS2而独立存在，但PMS2必须依赖MLH1而存在）。
4、MSH2-MSH6形成异源二聚体， MSH2是必须的。
MLH-/PMS2-：
1、MLH1蛋白缺陷；
2、70-90%是由于MLH1启动子甲基化（BRAF V600E突变；MLH1启动子甲基化）；
3、10%由于MLH1胚系突变。
MLH+/PMS2-：
1、PMS2蛋白缺陷；
2、PMS2胚系突变；
3、不常见的有：MLH1的非截短错义突变或非编码区的突变导致蛋白功能缺失。
MSH2-/MSH6-：
1、MSH2蛋白缺陷；
2、MSH2胚系突变；
3、不常见的有：EPCAM（TACSTD1）上游突变，导致MSH2启动子甲基化，基因沉默。
免疫组化筛查林奇综合征优点：
1、敏感性83%，特异性89%；
2、操作简便，价格低廉，比较合适；
3、帮助识别突变的基因，指导胚系检测；
4、检测MSH6突变，比MSI更敏感。
免疫组化筛查林奇综合征缺点：
1、并非所有突变都引起抗原丢失；
2、其他潜在的MMR致病基因也有可能存在，如MSH3，PMS1；
3、免疫组化结果很难解释；
4、小活检标本存在抽样误差。
PCR检测MSI筛查林奇综合征优点：
1、敏感性不稳定：MLH1及MSH2（80-91%），MSH6及PMS2（55-77%）；特异性为90%；
2、MMR系统的功能分析包括但并不局限于MLH1，PMS2，MSH2，MSH6；
3、PCR可以识别有缺陷的，但具有保留性抗原的MMR；
4、MSI-H容易识别并且重复性高；
5、实验室研究人员就可以报告结果。
PCR检测MSI筛查林奇综合征缺点：
1、仪器更加昂贵，并且需要专门的技术；
2、胚系MSH6突变可能不表现为MSI-H：MSH2/MSH3功能冗余。
结论：免疫组化以及MSI是值得推荐的。
胚系突变检测：
1、将MMR相关基因及上皮特异性粘附分子（EPCAM）的所有外显子及内含子序列测序；
2、PMS2有很多同源假基因：特殊定位；长片段PCR扩增；
3、MLH1和MSH2大段丢失：多重连接依赖性探针扩增；芯片比较基因组杂交。
