袁崇焕被杀在查某人笔下是一幕悲剧大戏，好像明军中只有袁崇焕是白莲花一样。实际上袁崇焕的被杀原因非常复杂，辽东明军的撕逼大战也是一个重要原因。
明末的辽东明军是一个非常复杂的团体，完全可以用山头林立来形容。袁崇焕的政策就是辽人守辽土，他所谓的辽人其实就是利用辽东势族，辽东势族不但包括李成梁、祖大寿、辽阳韩氏等世袭将门，还包括所有在辽东军事体系中获益的群体（包括著名的豪商屈勒七、孙贤等人，他们有钱也有兵通过种种关系进入了体制内），袁崇焕的一系列政策和随之而来的恩怨情仇都可以从这上面找到原因。这一政策的发明人是孙承宗，但孙老爷子和袁崇焕显然在这一政策的推行上有了分歧。
孙老爷子利用辽东势族，但也注意提拔满桂等人来制衡辽东势族。满桂在辽东军中讨生活不假，但他的军籍是河北宣化（原籍山东兖州府峄县，以祖职世居宣府前卫），和洪武年间就跑到辽东的李成梁、祖大寿家族不同。满桂还是不会做人的骑射高手，他年轻时动辄就斩首蒙古人，却宁可换银子也不愿意升官，和辽东势族关系并不好。孙承宗提拔了满桂，满桂升官后又拜了辽东经略王之臣当老大，并不是很在乎时任辽东巡抚的袁崇焕，他和袁崇焕是合作而非隶属关系。在著名的宁远之战中，满桂就是名正言顺的二把手，有“提督全城”的权力。战后袁崇焕和王之臣在辽东争权，“经抚不和”时王之臣支持满桂，袁崇焕支持赵率教，在袁崇焕罢官后，王之臣升为蓟辽督师，满桂充当宁远总兵。
但宁远最大的豪强实力派就是祖大寿祖家，宁远地区就是祖大寿家族的老巢，宁远城的修建就是祖大寿带头帮忙施工的，宁远城最大的地主也是祖家。在宁远等地几乎到处都是祖家宗族充当的军官，仅仅在史书上多次出现的名字就有十来个，宁锦周边到处都是祖家姻亲充当军中骨干，最著名的例子就是吴襄、吴三桂父子，宁远总兵也被祖大寿家族看作是必需品。满桂上任宁远总兵后，和祖大寿家族的关系并不好，和老朋友赵率教也因为争功而关系很差。袁崇焕复出后，开始重用祖大寿家族，嫌弃满桂碍眼，先是把满桂调到山海关当总兵，祖大寿充当宁远总兵，因为满桂和袁崇焕争执地很厉害，随后满桂又被调到大同当总兵。
袁崇焕救援北京前，同八旗军进行了粮食贸易、议和，这背后的受益者也是祖大寿等辽东势族。崇祯二年三月喀喇沁部首领提出自己遭了灾， 请袁大人“开集于前屯之南台 堡，互市貂参”，袁崇焕同意了这一建议，似乎一点都不知道该部当八旗军二道贩子的传言。在传统的互市贸易中，辽东势族是贸易的重要参与方，为了换取祖大寿等辽将们的支持，袁崇焕网开一面，在这笔交易中祖大寿等人还私下和八旗军进行了间接的粮食贸易，这也成了袁崇焕的死因（“尽发其通敌奸状。并言其接济寇粮，凿凿有据。”）
袁崇焕对祖大寿等人万般信任，却换来了北京被围的结果，因为皇太极就是通过喇沁部熟悉的抚赏地——蓟州抵达了北京。祖大寿做生意积极，搞侦查却很糊弄，袁崇焕让他侦查八旗军动向，他却上报说“各王子俱存巢穴，是娱我也，赚我也”，认为八旗军主力还在，是要打自己的埋伏，未经许可就私自撤回了宁远，等到袁崇焕接到消息时为时已晚。
在北京城下，满桂也有多次中箭的记录，不少资料都把矛头对准了袁崇焕。崇祯实录的记载是“桂前被流矢，视之，皆袁军矢也。崇焕按不动，物论藉藉”，明季北略也有：“俄桂中流矢五，三中体，二中甲，拔视，乃袁兵字号。桂初疑清将反间，伪为袁号耳。及敌骑稍远，细审，果为袁兵所射，大惊，入奏”的记载，总之就是满桂中箭了，箭头是袁崇焕部队的，袁崇焕因此上报了崇祯，这才有了袁崇焕被下狱。一些资料上说这是京营守军手潮，不小心打中了满桂，这种说法纯属军事小白，因为箭的杀伤力不足热兵器的十分之一，大炮（明朝火炮有很多霰弹）发射的弹丸伤也和箭伤完全不同。
就算北京城下的袁崇焕是一心为国，他手下的祖大寿等人可就没那么伟光正了，很可能是祖大寿等人生怕自己的所作所为被满桂上报（满桂也确实知道不少袁崇焕的内幕，比如“崇焕于女直主殂，差喇嘛僧往彼议和”就是满桂上报崇祯的），从而暗中下了黑手。这也解释了为何“崇焕见满桂，色变，遂不能辩，免冠请死”，就算不是袁崇焕直接下令，祖大寿等他的部下下手也脱不了干系。
袁崇焕下狱，满桂阵亡后，祖大寿的反应不是为了袁督师血战，而是扬长而去。他公开带着15000多人的部队撤回了辽东，拒不执行崇祯皇帝命令，还“毁山海关出，远近大震”。问题是当时八旗军还占着北京郊区，以后还直接从山海关进攻，祖大寿这种行为可能就是发泄自己对满桂的怒火。他提出的口号就是“奸臣用事，陷害忠良，我军力战杀贼，而功归于满桂”，要崇祯“赦袁爷、斩奸臣以慰军心，且每名银五两，则当还入京师讨贼”，而山海关恰恰是满桂当过总兵的地方，有不少满桂的老部下……
袁崇焕有任人不当的地方，也有使气任性的地方，在种种矛盾激发下，他走到了人生尽头。
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