运用“存疑有利于被告人”原则，应当注意以下三点：
1、 关于法律适用方面的疑问不适用“存疑有利于被告人”原则；
2、 只适用于对被告人不利的事实，对被告人有利的事实不适用“存疑有利于被告人”原则；
3、 在共同犯罪案件中，对其中部分犯罪事实查不清是哪个被告人所为，不适用“存疑有利于被告人”原则。