秸秆还田一方面确实改良了土壤结构，减少了环境污染，但仍旧有很多弊端。
秸秆中，尤其是玉米杆中，含有大量的幼虫和带菌体，粉碎过程中很难清除，被埋入土壤后能很快成长，成为病虫害的一种隐患。
秸秆还田后，会被翻到土壤下面，使土壤变得疏松和空隙增大，失墒较快，种子与土壤难以紧密接触，影响种子发芽出苗，田间出苗常不整齐，容易出现缺苗垄断现象。玉米秸秆还田后，秸秆中的养分不能直接被农作物吸收利用，必须经过微生物的分解。这个过程根据地温情况长则一两个月，短则一二十天，秸秆发酵的速度太慢。秸秆在粉碎过程中会产生大量粉尘，漂浮在空气中，随着风力传播，如果在晴朗干燥的天气，这种情况更为严重，会造成另一种污染。
针对秸秆处理，LJ五化综合处理技术通过高温灭菌，一方面不破坏有机物的分子链和总养分，另一方面杀死病虫害和虫卵，有效控制秸秆直接还田的危害，同时减少对环境的污染。
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