1402年，朱棣率领靖难军攻入南京，建文帝朱允炆从此失踪。数百年来，他的下落扑朔迷离，成了一个难解的迷。
在民间，关于朱允炆的去向众说纷纭，有说他在朱棣入城时自焚而死的，也有说他出逃做了和尚的，还有说他流亡海外的，更离奇的是说他流亡数十年后又于正统年间回到宫里，被当做“老佛”养了起来。
史料的记载也是语焉不详，甚至前后矛盾。《明史》先说“使出帝后尸于火中”，就是在火堆里发现了建文夫妇的尸体，又说“或云，帝由地道出亡”，意思是有人说他从地道逃走了。《明实录》说朱棣“备礼葬建文君，遣官致祭，辍朝三日。”既然是“备礼”安葬的，以建文帝的身份，即使朱棣不愿以天子之礼安葬他，也必然用王侯之礼，因为他无论如何都是朱元璋的孙子，那么就会有一个规模宏大的陵墓，可是从来没人见到过这个陵寝，所以《明实录》的记载也不可靠。
由于建文帝下落不明，所以在他失踪后的几十年里，这一事件一直在社会上备受关注，有人甚至想借此谋取富贵。正统五年，在广西就有一个叫杨应祥的90岁僧人冒充建文帝，被识破后处死。
直到一百多年后，万历皇帝还向他的老师张居正问起建文帝之事。张居正回答：“此事国史无考”，直接否定了《明实录》的记载。张居正作为朝廷的最高官僚，可以调阅任何资料，他也是个饱学之士，对这种重要本朝历史疑案一定也做过考证。他的结论说明，在明朝时，建文帝事件的真相就已经是一个谜团。
然而，建文帝作为一代颇得人心的帝王，他不会像崇祯那样众叛亲离，他的身边必然有一群誓死捍卫他的亲信文武，无论他赴死还是逃亡，这些人都会追随到底。他们或者贴身护卫建文帝，或者留下来散布假消息，故意迷惑朱棣，然后等待时机，趁势再起。因此建文帝的行踪一定是有人知道的，只是这些人在当时必须严守机密。可是随着时间的推移，当事人逐渐离世，这个机密也就不再那么重要了，他们后代中的知情者，就可能将其透露出来。到了一百多年后的嘉靖年间，出现了一本佚名作者撰写的书，名为《建文皇帝遗迹》，还有一本作者署名为“太岳山人”的《建文皇帝事迹备遗录》，两书内容相同，应该是同一个作者。
《建文皇帝遗迹》不仅详细描述了朱棣进入南京后，建文帝的逃亡过程和最终结局，还讲述了他继位前后以及靖难战争中大明朝廷中的政治生态和社会状况，而且这些记载与《明实录》和《明史》多有不同。
据书中的叙述，朱元璋的太子朱标死后，遭遇白发人送黑发人之痛的明太祖整日悲戚，难以自拔。朱允炆当时还是个正在换牙的孩子，却懂事地劝爷爷说：“死生固有命耳，勿得过伤，伏望陛下以天下为重，万一龙体违和，臣等复惊惶无已。”意思是人的生死有命，希望爷爷以天下为重，保重身体，不要过于悲伤。朱元璋见这孩子小小年纪竟如此老成，很是惊讶，于是便着力培养他。朱允炆也不负爷爷的期望，学识日益精进，因而更得太祖宠爱，被立为太孙，准备让他继承皇位。然而为人强悍的朱棣对此很不甘心，有了夺嫡的心思。
一天夜里，朱元璋做了一个梦，有两条龙在搏斗，最后黄龙胜，白龙败。第二天上朝时，他看到皇太孙站在右角，朱棣居于左前，而明朝以左为尊的。见朱棣如此大胆，朱元璋知其已有异志，于是将他幽禁，并且不给他吃饭，想饿死他。幸而高皇后不忍心，偷偷给他送吃的。朱棣被关了很久才放出来，封到燕地做了燕王。
洪武二十四年，也即1391年，朱元璋担心秦、晋、燕、周等封国势力太强，日后朱允炆无法制住他们，于是给每个封国派了一个高僧，教导这些藩王向善，并且每年向他汇报这种思想教化的成果。派给燕王的高僧是道衍。
洪武三十一年，也即1398年，朱元璋去世，朱允炆继位，改元建文。各藩王都进京奔丧，然而朱棣来到长江边准备渡江时，却被军队阻拦，并宣称太祖有遗命，不准他过江。燕王大怒，想强行过江，被道衍劝了回去。道衍说：“大王以至孝渡江，奈何有违治命，反为不孝也。惟愿殿下养成龙虎之威，他日风云感会，羽翼高举，则大江投鞭可断也，今曰何得屑屑于此哉？”可见，这位本来负有感化监视使命的和尚已经成了朱棣夺位的同谋。
建文帝登基后，特别倚重翰林院修撰王叔英和侍讲方孝儒，因为他们“文学英迈，德望素隆”。对于朝中文武官员能力和品行的评价，他都要咨询方孝儒。
第二年，天下遭遇水旱灾害，建文帝很忧虑，他下诏，要求官员们指出朝廷以往施政的得失。礼部尚书陈迪建议“清刑狱，恤流民”，这反映出朱元璋时期不仅刑狱严峻，而且对流民很冷酷。他还指出了朱元璋用人的弊病，“太祖皇帝时用人，狥其名而不求其实，以小善而遽进之，以小过而遽退之”。意为只求虚名而不务实际，有一点小的功劳就提拔，又因为一点小的过失就罢斥，这与朱元璋在人们心目中那种求真务实，体恤百姓的印象大相径庭，可是建文帝却“深采纳之”。他完全肯定了这种对他爷爷的评价，如果《建文皇帝遗迹》的记载属实，那么真实的朱元璋与其在史书中的形象就有很大差别了。
《建文皇帝遗迹》中记还载了一件很有意思的事：“建文三年庚辰春三月，廷试进士，赐王艮状元及第。将传胪，以貌不及胡广，遂以广易之，艮次焉。”是说在建文三年的殿试中，本来以考试成绩确定王艮是状元，正要公布时，却因为他相貌不如胡广而改授榜眼，胡广则当了状元。虽然古今都看重颜值，但是从这件事来看，古代关注颜值的程度显然比现在高得多。
建文三年五月，户科给事中陈继之上疏，抨击江南的寺院道观大量侵占百姓的良田，他请求朝廷颁布规定，每个僧人或道士只能拥有五亩土地，其余的分给百姓，建文帝表示同意。
土地兼并是历代封建王朝的痼疾，也是改朝换代的的动因，从陈继之上疏可以发现，在明初，土地兼并现象已经很严重了。
中国在宋朝以后，因为统治者崇佛，达官贵人也纷纷仿效，给寺院施舍了大量田产金帛，财力雄厚的僧人又通过依附权贵攫取了大片田地，寺庙已俨然成了豪门庄园。历代有许多著名的高官显贵都是寺庙的座上客，比如清朝的贤良寺，几乎就是高官进京时下榻的宾馆，李鸿章就数度长住其中。陈继之表面上指责僧道，实际上是要打击其背后的豪强，建文帝支持他的主张，也就得罪了这些官僚阶层，为日后的败亡埋下了种子。
朱元璋以“锄豪强，抑兼并”著称，史书说在他统治下，“豪民富户，划削殆尽”，可是从《建文皇帝遗迹》的记载来看，却不是这样的。
《建文皇帝遗迹》记载，建文四年，朝廷向各藩国派遣重臣，镇守监督当地，对燕王的监视尤其严密。书中提到：“时朝廷既与燕藩绝好，声息不通数年” 。这说明朱元璋死后，朱棣完全没把建文帝放在眼里，连声息都不同通，自然不会进京朝觐，当然也不会依照藩王制度派世子入侍。按《明史 》的记载：“夏四月……遣燕王世子高炽及其弟高煦、高燧还北平。”指明朱棣的两个儿子在南京，被建文帝放了回去。可是按《建文皇帝遗迹》的记载，朱棣根本不搭理朝廷，怎么可能让两个儿子留在南京做人质呢？
建文帝听从黄子澄、齐泰的意见，派御史张昺去北平任左布政使，监视朱棣的一举一动，随时汇报朝廷。张昺到北平后，了解到了燕王准备起兵谋反的情况，“燕藩谋叛之情，巨细皆知”。他提醒朝廷要赶紧派兵镇压，但是建文帝迟疑不决，“上犹豫久之，不果伐”。
建文四年六月，朱棣起兵靖难，张昺被杀。建文帝闻讯后惊惧异常，派曹国公李景隆率十万人马前去御敌。尚书陈迪、齐泰、太卿黄子澄上疏，指责李景隆奸邪不忠，不能把兵权交付给他，否则将追悔莫及，御史练子宁则强烈要求杀了李景隆，但是建文帝不听。这段记载与史书上所说的黄子澄推荐李景隆领军平叛截然不同。
《明史》记载，李景隆打开了他驻守的南京金川门，放入燕军，“乙丑，燕兵犯金川门……李景隆叛，纳燕兵，都城陷。”朱棣成功后也称他“默相事机功”，暗中帮助燕军，他就是一个朱棣的内应，可是建文帝却把军队交给了这样一个人，确实不会识人。
建文五年正月二十二日，靖难军打到沙河，吏部侍郎茅大芳、太常少卿卢原质，奏请建文帝命天下宗藩勤王，于是他下了一份诏书：
“朕躬冲幼，受领神器，于今五年，寡德闇昧。近被北燕侵耗，图我社稷，以致遭家不造，国有多难。尔诸王皆太祖皇帝子，其中能有赤心竭忠，奉顺歼逆者，必厚获茅土之荐，世享荣名，不惟有益帝室，抑且自卫国家，是以此举岂徒然哉！如其各拥强兵，不捍君父之难，吾恐唇亡齿寒，理之自然，他曰灶突炎上，栋宇将焚，虽欲悔诸，其可得乎哉？且天命未去，人心未离，尚不可忽也，不则诸藩将有何颜以见，可不省哉！”
然而诏书发出后，却是“然卒无至者”，一个救兵也没来。很明显，建文帝此时已经被朱家的亲戚们抛弃了。建文帝自幼读圣贤书，缺乏实际历练，没有杀伐决断的能力，任用的是方孝儒等一干道德操守高洁的正人君子，他们缺乏政治斗争经验，不擅权谋，是一群试图依照理想治国的迂阔读书人，这样的君臣哪里是朱棣这种血与火中杀出来的虎狼之辈的对手，败亡是注定了的。
四月初一日，建文帝至信朱棣，表示愿意“封以强藩大号，请罢兵归国”。朱棣似乎有些动摇，但他身边的那个和尚道衍劝朱棣拒绝接受书信，“劝却其书，王从之”。后来监察御史曾凤韶，从征断事高巍等忠义大臣又接连上书朱棣，强烈要求他罢兵，但是道衍表面同意，暗中继续进军，“奈何道衍变诈百出，初阳许之，后竟踰盟。” 从这些记载来看，道衍和尚在关键时刻起到了坚定朱棣立场的作用。
五月，朱棣大军准备渡江了，满朝大臣束手无策，建文帝特命都督佥事陈瑄率水师抵御，可是他却投靠了朱棣，还献上渡江的计策，朱棣成功夺位后，他被封为平江伯。
六月壬戌日，靖难师至金川门，户科给事中龚泰从城上跳下自杀。靖难军在金川门外等了三个多月，才有人出来开城门。但是《建文皇帝遗迹》中没有说献金川门的是李景隆，只说“有约开门迎纳者”，但是这个开金川门的人差点被忠于建文帝的大理寺丞邹瑾、监察御史魏冕等人打死。“大理寺丞邹瑾、监察御史魏冕率同僚十八人，即殿前殴之几死。”二人还大呼：“快杀了我们，我们不想和你们这些不义的人活在一起！”可见，建文帝到了最后时刻，还有一群坚定不渝的死忠，说明他是很有人格感召力的。
第二天清晨，朱棣率军进入南京。《建文皇帝遗迹》记载这一天是九月的某一日。随后，宫中燃起大火，“母后与宫中俱自焚，后宫从死者甚众”。
朱元璋临死前，曾将一封密敕藏在柜子里，告诉朱允炆，遇到危难时才能打开，可以保平安。朱棣进京时，朱允炆打开了柜子，见里面有一把刀和一张度牒，密敕上写着：“汝欲生，可将此牒投往它处为僧，后宫某处有密地可通。汝其不然，将刃自尽。”意思是想活命就拿着度牒从地道逃走，去当和尚，不想活了，就拿刀自尽。于是建文帝就削发逃了出去。
朱棣入宫后，登基当了皇帝，第一个来朝贺的大臣是工部尚书茹瑺。朱棣对他说：“吾今日得罪于天地祖宗，奈何？”茹瑺叩首答道：“殿下应天顺人，何谓之得罪乎？”朱棣听了很高兴，进封他为忠诚伯。以朱棣如此强悍的人，夺位后自称“得罪于天地祖宗”，可见他对靖难之役并不理直气壮，心中还是惶恐的，要不是道衍给他打气，他也许难以支撑到底，如果建文帝处理得当，应该可以将其逼退。所以按《建文皇帝遗迹》的说法，朱棣在大封靖难功臣时，道衍就是靖难功劳最大的人，“道衍功居第一，文帝首召，复姚姓，赐名广孝。寻拜柱国、太子少师。”
姚广孝
姚广孝不想担任官职，但朱棣不同意，于是他推荐方孝儒来写诏书，对天下说明发动靖难战争的原因，但是方孝儒不答应，后来让大学士杨士奇写了这道诏书。朱棣在诏书中说朱元璋原来是要让他继承皇位的，可是他认为自己出于小宗，按礼制小宗不得干预正统，所以推辞了。然而朱允炆继位后，“率意变乱，宗亲无罪，辄被剿除。又尝喜怒任刑，无辜受戮，实失四海民望，人心为之久离，天下闻之痛怨”，所以他不得不起兵靖难。
朱棣还把建文帝的两个儿子关到监狱中，“使禁锢终身焉，令子孙世不许出仕。”不仅将他们终身监禁，连他们的子孙都不许做官。
到了宣德元年初春，有一个老和尚从江南来到京师，他给宣德帝上书：“吾当时避难后宫，密窦以出，人不知也。就祝发为僧某寺，约居几十秋矣。吾于革代之际，深自退藏，故人无闻我生者，且皇帝尚有密敕在此可考。吾今年余七十，来无所望，只欲还家，死于自土上耳，何得淹没异乡而不知者哉！他日史官亦知我非自刎也。”意思是，我当初从秘密的地道中出宫，削发为僧，在外几十年了，身上有朱元璋的密敕可以为证。我今年七十多岁了，来日无多，只想死在自己家里，不想湮没在他乡而没人知道，也好让史官知道我当年没有自刎。
然而，当年的当事者大多已经故去，宫里没有人能识别这个和尚的真伪，只有一个老宦官还活着，就把他找来辨认。老和尚见了老宦官后流着泪说：“当年七夕日，我赐你三枚桃实，你吃了一枚，把另两枚藏了起来，我问你为什么这样，你说家有老父，想带回去让他尝尝，我为了奖励你的孝顺，又赐了你五枚，你还记得吗？”老宦官听后，马上想起来了，抱着和尚大哭，确认他就是建文帝。
吏部尚书蹇义、右都御史洪英等听说建文帝回来后，都来访问先朝密事，老和尚说得一点都不差，于是大家都相信建文帝确实还活着。
宣德帝命将建文帝厚养在宫中，宫人都尊称他为“老佛”。但没多久，这位“老佛”就突然暴死，大家都怀疑是被毒死的。宣德帝下旨以公爵的礼仪将其安葬在郊外。但是《建文皇帝遗迹》中没说葬在哪里，也没有说用什么名字下葬的。
建文帝在京师时留下了一首感怀诗：
沦落江南数十秋，可怜霜雪已盈头。
乾坤有恨家何在？江汉无情水自流。
长乐宫中云气散，昭阳殿上雨声愁。
新浦细草年年录，野老吞声哭未休。
对于这首诗，《建文皇帝遗迹》的作者评价说：“吾固知其失天下而独饮恨于万世矣。呜呼！是诚可悲哉！读少帝之诗而不堕泪流涕者，亦几希。”他读这首诗时，是很动感情的，这明显与一般读者不同，而写这部书时没有署名，似乎仍然有所隐晦，这是否说明他与建文帝有着某种特殊关系呢？
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