1992年，学校工作会议讨论与南方航空公司合办“飞行学院”。1992年12月11日学校航办[1992]432号《关于北京航空航天大学与南方航空公司合办“飞行学院”的请示》。签订了南方航空公司与北航合办“飞行学院”协议书。 1993年成立飞行学院得到批复，学校正式发文航办[1993]290号《关于成立“北京航空航天大学飞行学院”的决定》，校长沈士团兼任首任院长。5月份确定在湖南、湖北、广西等省招收运输飞行驾驶专业学生，计划招收100名飞行学员,实际招收73名学员,其中8名飞行学员为来自其他专业在读大学生改为飞行驾驶专业。在校理论课程主要由富有经验的老教授承担。10月学校发文飞行学院成立直属党支部，王小宛任书记。
1994年2月27日首批周易之等8名“大改驾”飞行学员出国到澳大利亚西澳航校进行飞行驾驶培训，7月经高考直接考入飞行驾驶专业的飞行学员到西澳飞行训练。南方航空公司出资1000万建设飞行学院楼。当年学院招收103名飞行学员,并开始在广东省和河南省投入招飞计划。
1995年5月8日首批送澳大利亚西澳飞行训练的8名学员经过1年零2个月学成回国，学院第一期毕业生到南方航空公司工作。本年度招收133名飞行学员，其中招收了来自北航、北理工、北化工、北交大的13名“大改驾”学生，开始在山西省招飞。首次出现8名于1993年入学的飞行学员由于学习等原因停飞，转入其他院系专业学习。当年在学校纪念“12.9运动”演唱会上进行了院歌《渴望蓝天》首唱。
1996年招收飞行学员135名。
1997年于1993年经高考直接录取为飞行驾驶专业的田钢等57名首届毕业生到南方航空公司工作，开始了他们的飞行生涯。本年度招收飞行学员164名。
1998年招收飞行学员152名。
1999年学校发文成立飞行学院党总支，王小宛任总支书记。当年招收飞行学员100名。
2000年11月任命郑久全为党总支书记。实际招收105名飞行学员。开始在重庆市投入招飞计划。
2001年成立北航与西澳飞行管理协调委员会。当年招收飞行学员108名。
2002年4月份任命唐文忠为飞行学院院长。招收飞行学员147名。
2003年招收飞行学员183名。由于原北方航空公司并入南航集团，首次在辽宁省投入招飞计划。
2004年飞行学员招生人数达到330名，其中13名为大改驾学员,实现了招生规模飞跃。由于原北方航空公司、新疆航空公司并入南航集团，首次在吉林省、黑龙江省、新疆招收飞行学员。2月任命唐文忠为党总支书记。12月学校与南方航空联合成立飞行学院管理协调委员会，进一步建立健全管理机制。
2005年招收飞行学员335名。8月任命李忠华为飞行学院党总支书记。10月与加拿大蒙顿飞行学院签署联合培养飞行员备忘录。10月16日北航飞行学院代表学校参加“北京市学生军训20周年阅兵式”，受阅方队以严整的军容接受了中央政治局委员、中央军委副主席、国务委员兼国防部部长曹刚川上将的检阅。
2006年3月与加拿大蒙顿飞行学院签订联合培养飞行员协议，开辟了新的国外飞行训练基地。7月赴加拿大蒙顿飞行学院首批学员抵达加拿大开始训练，标志着学校从单纯的理论培养扩展到包括飞行训练在内的全过程培养，为学校带来了显著的经济效益。学校与南方航空公司签订了新的合作办学协议，开设了回国学员执照班，并开始进行教学培训。11月赴澳大利亚墨尔本飞行学院第一批学员抵澳开始训练。招生规模为300名，为邮政航空招收4名飞行学员。学院开办了交通运输（民航机务维修工程）专业，接收停飞学员，拓宽了专业面向。
2007年2月赴加拿大温哥华飞行学院第一批学员抵加开始训练。学院从原飞行学院大楼搬入新主楼办公。建设并获批中国民航局飞行员执照理论考试的考试点。7月赴加拿大温哥华飞行学院第二批学员抵加开始训练，此后，经南方航空公司决定停止对温哥华飞行学院的送训。10月18日应学校党委书记杜玉波的邀请，赴京参加十七届党代会的南航集团总经理、南航股份董事长刘绍勇考察了北航飞行学院。
根据南方航空公司的招飞需要，开始进行自费飞行学员的培养试点，实现招收自筹培养费的非学历飞行学员51名。学历生（即公费生）招生人数300名。首次在海南投入招飞计划。3月学校与中国货运邮政航空责任公司签订培养飞行学员合同，首次与南方航空公司之外的航空公司开展联合培养飞行学员的合作，并负责学员从招飞、政审、送训等全过程培养。
2008年学校发文成立飞行学院党委，飞行学院召开党代会，选举产生了第一届学院党委委员。学院积极申请并获批中国民航局ATPL和ICAO英语培训机构资质证书，从单纯的学历教育机构扩展为有民航职业认证的培训机构，从培养飞行学员转变为能培养职业飞行员的培训机构，进一步提升了学院核心竞争力。招收公费生184名，自费生216名，共计400名飞行学员，自费生人数首次超过公费生，招生规模首次达到400名。
2009年与加拿大多伦多航空公司签订联合培养飞行员协议，新增一个国外飞行训练基地。学院搬迁到体育馆南副楼，教学环境得到显著改善。招收公费生151名，自费生131名。
2010年招收公费生280名，自费生142名。
2011年落实“十二五”学院发展规划的制定，首次为中国商飞招收了2名试飞员，首次为幸福航空公司招收飞行技术学员58名，首次招收了直升机类型的飞行学员25名。继续招收自费生73名，各类飞行学员共计招收461名。学院首次在陕西、山西、河北、内蒙古、甘肃投入招飞计划，并由学院自己负责从宣传到录取的全过程招生。已扩展到全国17个省市自治区招收飞行学员。10月份任命陈志英为学院分党委书记。11月3日加拿大新布伦瑞克省副省长兼经济发展部部长保罗.罗宾查尔德先生访问北航飞行学院，并参加北航飞行学院与加拿大蒙顿飞行学院新协议签署仪式。
2012年首次与民营企业顺丰速运航空公司签订了飞行员培养协议。2012计划招生人数500名，实际招收499名，且均为学历教育飞行技术专业学生（公费生）。暂停招收自费生。学院首次在安徽和福建投入招飞计划。6月份学院整体搬迁到沙河校区，扩大了办学空间，满足了进一步扩大办学规模的需求。7月份任命新一任学院院长张学军。10月成立了首届飞行学院校友会。
2013年6月8日召开了飞行学院党员大会，选举了新一届中共北京航空航天大学飞行学院委员会，7名委员为：丁瑶、刘桂艳、谷萌、张学军、陈志英、姬瑞鹏、路琴，选举陈志英同志为党委书记。本年度共计招收496名飞行技术专业学生，其中首次为东方航空公司招收学生63名。
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