《最高人民法院关于建设工程承包合同案件中双方当事人已确认的工程决算价款与审计部门审计的工程决算价款不一致时如何适用法律问题的电话答复意见》中关于审计的效力，明确答复：“只有在合同明确约定以审计结论作为结算依据或者合同约定不明确、合同约定无效的情况下，才能将审计结论作为判决的依据。”
那么，我们可不可以反过来理解，如果合同明确约定了以审计结论作为结算依据或者合同约定的不明确，或者由于违反了法律法规强制性规定，导致合同关于结算依据的条款无效的情况下，就可以将审计结论作为判决的依据。
在实践中，凡是涉及政府或军队工程建设的，几乎无一例外地都要接受审计部门的审计。审计机关是代表国家对各级政府、国有金融机构和企业事业组织的财务收支或者财务收支的真实、合法和效益依法进行审计监督。
行政审计的依据
根据《中华人民共和国合同法》第127条规定：“工商行政管理部门和其他有关行政主管部门在各自的职权范围内，依照法律、行政法规的规定，对利用合同危害国家利益、社会公共利益的违法行为，负责监督处理；构成犯罪的，依法追究刑事责任。”审计机关作为审计行政主管部门，有权在自己的职权范围内，依照法律、行政法规的规定，对利用合同危害国家利益的违法行为，进行监督处理。根据《中华人民共和国审计法》第23条、第40条、第45条和《中华人民共和国审计法实施条例》第21条的规定，审计机关对与国家建设项目直接有关的建设、设计、施工、采购等单位的财务收支情况进行审计监督。如果经审计发现与国家建设项目有关的单位有利用合同危害国家利益的行为，审计机关有权依法予以处理、处罚。审计机关的审计决定一经作出就具有法律效力，被审计单位和有关单位如对审计决定有异议，可以申请行政复议，对复议决定仍不服的，可以向人民法院提起行政诉讼。非经行政复议和行政诉讼程序，不得撤销或者变更审计决定。
军队审计的依据
《中华人民共和国审计法》第53条规定：“中国人民解放军审计工作的规定，由中央军事委员会根据本法制定。”《中国人民解放军审计条例》第18条规定：“审计部门对战备工程以及其他工程建设计划、预算和预算执行情况、工程采购、工程结算、竣工结算，进行审计监督。审计工作计划中安排审计的工程建设项目，未经审计不得结算报销。”即未经审计的工程建设项目，不得结算报销。
但是，在实践中，行政审计作为一种行政监督措施，只对建设方具有约束力，并不能以行政权力约束建设方与施工方之间的民事约定已深入人心。但是，作为政府或军队的工程建设项目，又必须要经过审计监督，无审计不付款，如何解决这样的两难境地？如何约定审计，才能以审计结论作为竣工价款支付依据？或者什么样的审计结论，不能作为支付依据？
最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十六条第一款关于“当事人对建设工程的计价标准或者计价方法有约定的，按照约定结算工程款” 的规定，当事人对结算工程款的约定，依法受到保护。因此，双方当事人可以明确约定以财政部门、审计部门的审核、审计结果作为工程款结算依据。必须是明确的实体约定，即在合同条款中约定“以审计部门的审计结论作为竣工结算价款支付依据”。如审计部门是确定的，还应写明该审计部门的全程，以免双方在“审计部门”上又产生纠纷。
如果合同对审计结算方式的约定不明确、不具体，则该约定就有可能被作为意向性选择，一旦双方发生纠纷，就会被对方做紧缩解释，而导致合同约定条款不能发生效力。例如，双方当事人仅约定“须经审计”的程序性约定，或者 “承包方须配合审计部门进行审计”的义务性约定，未明确约定“以审计结论作为结算依据”的实体性约定，都有可能被法院判决“不以审计结论作为支付依据”。例如： 云南省高级人民法院审理并公布的《攀钢集团冶金工程技术有限公司与曲靖市供排水公司结算依据纠纷上诉案》（【2006】云高民一终字第273号）。云南省高级人民法院认为：“本案中，虽然双方当事人在《合同》的通用条款第33条中约定了承包人需配合审计部门进行审计的内容，但并未约定必须以审计结论作为工程的结算依据，合同中有关审计的约定不明确，不具体，属意向性约定，需当事人磋商细化内容后才能适用，故《审计建议》不应作为工程款结算依据。”
再如：最高人民法院于2001年4月24日作出了《关于常州证券有限公司与常州星港幕墙装饰有限公司工程款纠纷案的复函》（【2001】民一他字第19号）。最高人民法院的答复明确：我们认为，本案中的招投标活动及双方所签订的合同合法有效，且合同已经履行完毕，依法应予保护。证券公司主张依审计部门作出的审计结论否定合同约定不能支持。
因此，对于将审计结论作为工程竣工结算支付依据必须要有明确约定，明确约定了审计部门、审计方式及审计结论，否则，极有可能得不到法院的支持。
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