金陵大学（University of Nanking），简称“金大”，原是一所美国基督教会创办的私立大学，始建于1888后（清光绪十四年）。它是国内历史悠久、规模较大的著名教会大学之一，是南京地区创办最早的一座教会大学。金陵大学先后设有文科、理科、医科、农科、林科、工科等。其重点学科是英语。
新中国成立后，由政府接办，改建为公立金陵大学。到1952年与南京大学合并为止，金陵大学共有64年历史。金陵大学在64年办学中，早期曾按照教会的办学宗旨，推行基督化教育，传播了基督福音，培养了大批优秀人才，促进了中西文化交流。正是由于在这方面取得的突出成绩，使金大饮誉国内外，并在中国近代教育史上具有一定影响。
金陵大学前身是1888年在南京成立的（Nanking University 1888～1910），书院设博物馆（文理科）、医学馆（医科）和神道馆（神学科）。1890年设成美馆为中学部。汇文书院是金陵大学最早的源头，由美国教会美以美会创办，院址在南京干河沿（今金陵中学校址）。它是南京地区最早建立的一所新式学堂，办学20余年，为金陵大学的成立奠定了基础。汇文书院是南京地区之有新式学堂的嚆矢，也是国内早期创办的高等学校之一。
汇文书院稳步发展的时候，被传教士视为重镇的南京又增添了另外两所教会书院：基督书院和益智书院。1907年，两书院合并为宏育书院（Union Christian College），以基督书院为院址，由美在中任院长，文怀恩任副院长。
基督书院（Nanking Christian College）由美国教会基督会于1891年创办。创办人是美国基督会传教士美葛斯（F.Rank E.Meigs）。他是美国纽约人，父母务农，笃信基督教。他受美国基督教国外传教团的委派于1887年1月抵达南京，立志以身许中国，故自号曰“在中”。起初美在中住宿在基督医院医士马林家中。其时，虽然“南京皈依基督教者日众”，但他认为“信仰虽新，智识依旧，深怕无智识之信仰，易生魔障，非灌输智识，无以羽教旨”。于是他请求基督会捐款，在南京鼓楼西南建造基督书院。美在中被举为院长。开办时学生20人。数年后，达到200余人。
益智书院（The Presbyterian Academy）是美国教会长老会于1894年创办的，院址在南京户部街。创办人是长老会传教士贺子夏（美籍），后由文怀恩（J.E.Williams）继任。文怀恩和美在中同时来华，曾一起创办基督书院。
1910年至1927年为金陵大学建立与发展时期。1910年，美国教会合并汇文书院、宏育书院成立金陵大学堂（1915年随京师大学校改名为金陵大学校），美国人包文任校长，文怀恩任副校长，著名书法家、两江师范学堂监督李瑞清题写校名。金陵大学始以汇文书院为校址，后迁入鼓楼西南坡的新校舍（今南京大学鼓楼校区校址北园）。在美国纽约州教育局立案，以美国大学教育制度为蓝本，逐步发展成为一所具有一定规模的综合性大学。
20世纪初期，中国官办大学日益发展，除京师大学堂外，各省也纷纷创办大学堂。南京三江师范学堂就是在这时开办的。中国新式大学堂的发展，刺激了教会学校，教会开始 “担心政府在教育方面的竞争”，“除非集中力量，否则官办学校就会超过他们。教会学校如果再不增加完备的实验室和图书馆，不聘请更多更好的教师的话，那么优秀学生将被政府学校吸引去”。于是许多著名传教士竭力主张联合书院，扩大规模，建成名符其实的大学，“以期成为国立大学的榜样”。
当时联合建成的大学，除金陵大学而外，有北京汇文大学（燕京大学前身），上海圣约翰大学、沪江大学，杭州之江大学，山东基督教共和大学（齐鲁大学前身），成都华西协合大学等。这些大学后来都发展成为著名教会大学。
金陵大学是汇文书院和其他两个书院：基督书院和益智书院合并建立的。该三书院在南京城内鼎足而三。三书院都是男生学校，办学宗旨相同，办法亦大同小异。
美在中首先倡议合并书院。他认为“孤往，则精力分散而收效浅；共作，则菁华聚而成功多。且祖国教会聚金委办教育事业，当化畛域而屈群策，以最少经费谋最大功效，不然则获罪于天矣！”1906年将益智书院之高年级并入基督书院。1907年，又有汇文书院与宏育书院合并之议，因汇文书院院长师图尔持有异议未能成功。
经过反复协商，始决以宏育并入汇文，定名为金陵大学堂(The University of Nanking)。推举包文任学堂监督（校长），文怀恩副之，美在中任大学圣经部主任兼附中校长。大学部设于干河沿汇文书院院址，附中设于宏育书院院址，小学设于益智书院院址。
合并三书院建立金陵大学，旨在建成一所完备高等学府。合并后，美以美会、基督会、北长老会在美国纽约联合组成托事部。金大初创时，仅设文科，数理化等科附设文科，均授文学士学位。包文兼任文科科长。
金陵大学在完成其行政管理组织以后，作为一所完备大学，尚需得到政府认可。但当时教会学校在行政上与中国政府毫无关系。1911年4月，金陵大学便接到美国纽约州教育局局长和纽约大学校长签署的特别许可证，正式同意金陵大学在美国纽约教育局立案，并承认金陵大学为一完全大学，得以享受“泰西凡大学应享之权利”，金陵大学毕业生可同时接受纽约大学的学位文凭，并和美国康乃尔大学结为姊妹大学。
自此，金陵大学的毕业文凭就改由纽约大学校董会签发，然后转致金陵大学堂监发毕业生。毕业生持此文凭便可不经考试直接升入国外有关大学研究院深造，并获得学位。关于中国教会大学在美国立案，上海圣约翰大学校长卜舫济在1900年中华教育会第六届会议上曾坦白地承认：“立案后的中国大学便变成为中国土地上的美国附属学校。”这可以说是一种特殊的治外治权原则的扩充。与金陵大学同在美国纽约州立案的教会大学有：华西协合大学、华南女子大学以及在1913年成立的金陵女子大学等。
1921年校舍基地面积达2300余亩，地势由北向南倾斜。建成的校舍，规模宏大，计有行政楼、科学馆、医科诊室、礼堂、课堂宿舍等共有大楼11座。1924年得美国洛氏基金社中国医学委员会与美国仕女的赞助，又建农林馆一座，名“裴以理楼”。这些楼房中西合璧，宏伟壮丽，与鼓楼平峙，为当时南京最高大的建筑。
1927年至1937年为金陵大学改革时期。在全国收回教育权运动的冲击下，金陵大学率先改组，成立由中国人占多数的校董会，由中国人担任校长，向政府办理立案，校务及宗教方面也随之进行重大改革，学校事业发展进入了全盛时期。
受“五四”运动的影响，从1922年到1926年，在中国爆发了一场基督教运动及由此而引发的收回教育权运动，使在华基督教势力受到严重挑战，迫使教会学校在大发展以后进入了改革时期。
1927年7月，国民政府正式宣告成立，收回教育权。1927年11月10日，金大理事会在上海开会，文理科科长陈裕光博士当选为金大校长。1928年3月，美国托事部打来贺电，表示认可。于是陈裕光就任金大第一任中国校长。他也是国内任教会大学校长的第一位中国人。
1934年，金大被美国纽约州立大学承认了与其他国际间之大学同等学术地位，并能颁发获国际认可之学士和硕士学位。
1937年至1949年，因抗战爆发，金陵大学举校西迁，在四川成都华西坝艰苦办学。
1949年至1952年为金陵大学的转折时期。新中国成立，金陵大学获得新生。1951年9月，断绝与美国教会的联系后，李方训任校长，私立金陵大学与私立金陵女子文理学院（原金陵女子大学）合并为公立金陵大学。
1952年，全国高等学校院系调整，金陵大学等西方教会大学撤销建制，金陵大学文学院、理学院与原国立中央大学（后改名为南京大学）文、理学院合并组建新的南京大学（原国立中央大学文、理学院从中央大学旧址迁出至金陵大学鼓楼校址，原国立中央大学最大主体工学院保留在旧址四牌楼校区，其它院系包括农学和师范学院相继迁出）。从此金陵大学校名取消，在金陵大学鼓楼校址由两校文理学院合并组建新的南京大学。
金陵大学教育系、农学院、农学院林学系、理学院电机系、化工系、水利系等系科分出，和南京大学等有关大学相关院系组建了南京师范学院（南京师范大学）、南京农学院（南京农业大学）、南京林学院（南京林业大学）、南京工学院（电机系在今东南大学，化工系在今南京工业大学）、华东水利学院（河海大学）等校。电影与广播专修科迁至北京组建电影学校（今北京电影学院）。另有部分院系（经济系，银行系，管理系，文理科系）调至上海复旦大学等高校。
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