益生菌存在于各种发酵食品中，如酸奶、酸菜、天贝、泡菜、味噌、纳豆、奶酪等。
世界卫生组织对益生菌的定义是“宿主体内活的微生物，一定数量时对宿主的健康有益。”这些益生菌可以是酵母（真菌）、良好的细菌。益生菌不同于致病细菌或念珠菌，它与我们的身体有一种共生关系，形成了共同防御系统，益生菌菌株是有利于我们健康的。肠道中存在着很多不同种类的菌，益生菌则是保证我们机体强大、健康的重要菌群，上述食物中含有的有益菌因子，可以有效增加人体肠道内的有益菌数量，并加强肠道蠕动，改善肠胃功能。
目前市场上的主流益生菌主要分离自健康人体或具有长期安全食用历史的发酵食品，大多数被认为是无致病性的共生微生物。目前国内市场上使用的益生菌安全性已得到欧洲食品安全局、美国食品药品监督管理局、中国国家卫生健康委员会等权威机构的认可。益生菌产品应用于健康消费者是安全的。然而，对于某些特殊人群，如严重感染或有免疫缺陷的患者，应遵照医生的建议谨慎使用。
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