赛典赤治滇采取的政治改革措施，对稳定边疆、发展生产起到了积极的作用，明张洪《南夷书》称：“元世祖虽灭段氏，叛乱者四十余年，得赛典赤敷治，夷始贴服。末年，其俗殷富，墟落之间，牛马成群……”云南在经历了战乱和数十年社会动乱之后，社会开始稳定下来，经济也得到较大恢复。
然而，在赛典赤去世后的1285年，忽必烈明令行省“事不议于云南王也先贴木儿王者，毋辄行”，行省的权力受到很大的制约。1290年，皇孙甘麻剌被封为梁王。在分封镇守云南的诸王中，梁王为一等王，位在云南王之上，成为凌驾于行省和云南王之上的实际统治者。梁王、云南王以及其他诸王凭借王权大肆侵占良田、掠夺人口、扩充宿卫，并放马践踏农田残害百姓，搞得“民无宁居”、“不胜供给”，怨声载道，民不聊生。
为缓解日益尖锐的社会矛盾，忽必烈将时任陕西省御史中丞的赛典赤第三子忽辛改任为云南行省右丞，采取了减除宿卫还籍为民、圈地为牧场、改良租税和还田于庙学等整顿除弊措施，在一定程度上缓解了王室与百姓之间尖锐的矛盾冲突。尽管如此，由于元王朝官僚机构重叠复杂，以梁王、云南王以及诸王为代表的王政，以云南行中书省为代表的省政，以及名目繁多的监察御史台等中央派出机构，还有从段兴智时起就一直受封世袭的大理总管府等等，造成相互制约、相互依存的错综复杂的统治关系。所以，忽辛采取的措施，只能从局部上调整改善一些社会矛盾，而未能从根本上改变以梁王为首的元朝王族鱼肉百姓、一手遮天的局面。直到元代中叶，随着大理总管府的势力逐渐壮大起来后，这一局面才被打破。
早在忽必烈消灭大理国时，元朝为了减少云南各部族的抵抗情绪，稳定边疆局势，赐段兴智为“摩诃罗嵯”（大王），任命其为“大理总管”。此后，段氏子孙一直世袭大理总管。元初，由于远征云南的蒙古军队人数较少，不敷征战之用，就征用以白族和彝族为主的“爨僰军”，配合元军北征南宋和镇压舍利畏起义。南征北战中，爨僰军在被锤炼成一支能征善战军队的同时，也成为大理段氏维护统治的有力工具和与梁王等元朝宗王相抗衡的筹码。元代中叶，宗王们尔虞我诈、相互残杀，势力不断减弱。而大理段氏总管府的势力，在借助元军除掉长期擅权的高氏后又逐渐得到恢复。在此情况下，当时的云南，实际上被分割成两个部分：在滇东和滇中以中庆城为中心，由蒙古贵族梁王等宗王统治；在滇西以大理为中心，由段氏大理总管府统治。为消灭异己独霸云南，以梁王为首的宗王集团曾多次采用武力征讨和行刺、收买等手段，企图消灭大理段氏家族，但均未能如愿。
1363年，在四川建立“大夏”政权的红巾军首领明玉珍，派大将万胜等人率军分三路进取云南。四月，万胜军队攻占中庆（昆明）城，梁王把匝剌瓦尔密带妻儿向滇西窜逃，与同样受到红巾军威胁的大理府总管段功联合，向红巾军反扑。在段功军队的袭击下，红巾军撤回四川。梁王返回中庆城后，保奏段功为云南平章政事，并将女儿阿盖公主嫁给段功，建盖了豪华的房宅给段功夫妇居住。段功因而长期滞留中庆城不再想返回大理，直到大理原配夫人高氏写了一首缠绵悱侧的乐府诗给他后，段功才有所触动而动身返回大理。次年春天，段功因留恋阿盖公主，不顾高夫人和部将提醒他要提防梁王加害的再三警告和极大劝阻，再次“倍道至中庆”。果不其然，正如高夫人和部将所意料到的那样，尽管段功有功于梁王，但在梁王心中，长期积累下来的嫉恨和怨仇并没有一笔勾销。更何况，段功经过救驾战役之后，威望和实力已大大增强，客观上已威胁到梁王的王权统治地位。因此，段功去而复返，极大地引起了梁王的恐慌，怀疑段功有“吞金马咽碧鸡之心”，决意除掉段功。
一开始，梁王把希望寄托在女儿阿盖公主身上，要女儿将有剧毒的孔雀胆调和入酒中毒死段功。阿盖公主是一位正直而忠贞于爱情的女子，她不仅不愿按父亲的旨意行事，还劝父王改变初衷，与段功同舟共济、和平相处，然而，梁王主意已定，执意要阿盖按自己的意见行事。阿盖断然拒绝了父亲的要求，把父亲的阴谋告诉了段功，劝丈夫早日离开中庆返回大理。段功全然不相信妻子的劝告，毫无戒备之心。次年七月梁王邀段功到东寺听经，预先在通济桥下埋伏好杀手将段功“掖杀之”。噩耗传来，阿盖公主绝食身亡。梁王虽然费尽心机杀死了段功，又失去女儿，但并没有达到除去段氏独霸云南的目的，反而“梁段失好，年年构兵”，带来更大的动乱。没过几年，元朝即被明朝所代替，梁段之间的争斗也随之结束。
值得一提的是，阿盖公主的这一爱情悲剧故事，在民间广为流传，成为千古绝唱。1942年9月，郭沫若先生就这一段历史还专门写了四幕大型历史话剧《孔雀胆》，成为当时轰动一时的剧目。
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