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原始数据极速上传NCBI SRA教程

原始数据极速上传NCBI SRA教程

2017-05-31 罗春 美吉生物
美吉生物

Majorbio

拥有一流的测序平台(Illumina)和先进的质谱平台(Q-Exactive),专业提供基因组、转录组、宏基因组、单细胞测序、目标区域测序、外显子组测序等测序技术服务及蛋白组、代谢组等服务,更能提供多组学解决方案,满足各类科研需求。

近日收到的老师邮件,有相当一部分是咨询如何将数据上传NCBI数据库的。即便小美为老师提供了NCBI上传流程的文件,但还是有部分老师持续反映诸如:

“发来的流程看着很简单啊,但为什么我上传的时候老是报错啊?”

“都过去好几天了NCBI staff为啥还不给我SRP号呢?”等问题。

又再,又再,辗转反侧!

经过与NCBI staff 多次沟通后,美吉精简并优化了SRA上传流程,不但无需单独申请biosample和 bio-project,而且再也不用担心没有服务器、上传慢的情况发生了。

如果说去年给大家带来的批量上传是动车组,那么今天小美这个小司机就带大家坐次高铁吧!

 

 

老规矩,先注册一个“12306”的账号(已有账号的请跳过,*号标记必填,非*号标记可不填,下同):

然后找到NCBI-submit“高铁入口”售票厅,注意不要进错了,下面的普快,你懂得!


然后完成“实名制认证”后就可以买票上车了:



终于上车了,拿着车票左顾右盼地找到自己的座位!屁股还没坐热,乘务员MM就来查票了:

除了身份、车次信息外,还需要核对是否需要“补票”(选择新建bioproject和biosample)? 当然,我们最关心的还是什么时候“出站”(数据的释放时间一般尽可能选择文章发表之后,后续也可以根据实际需要进行更改)!

一路颠簸之后,心中盘算着此行的目的(给你的实验取个名字并给出简要描述):


昏昏沉沉小憩一阵过后,饿意来袭,打开包裹选择自己喜欢的食物Sample Type:选择样本类型,参考下图选择,切勿乱选导致自己摄入过期食物而中毒 (报错)!)


那如果没有带吃的怎么办?简单!到“餐车”查看售货“清单”上都有啥?(下载下图红框标识文件)

选择合乎口味的物品加入“购物车”(tsv文件,可用EXCEL打开,每列表格都有固定格式,特别是organism列切记准确填写,如果爆出“Warn”信息,则需要等待2个工作日方能重新进行该步骤,别问小美为什么知道,说多都是泪),然后“付款”(选择文件上传),当然他们只收“RMB”(只支持tsv或者txt格式文件上传)!

如果没看懂,不要紧,打开链接:http://www.n cbi.nlm.nih.gov/biosample /docs/submission/faq/,喝瓶原装Coca-Cola吧(说明书)!


下一步就是批量上传的关键——SRA metadata


同样的规格,不一样的表格,看下面(填写规则请查看下载的SRA_metadata表格文件sheet3中的Library and Platform Terms信息):

乘客们注意啦!终点站即将到达,请收拾好您的 “行李”(上传原始序列文件。偷偷的告诉你,美吉生物交付客户的原始序列文件是可以直接用于上传SRA数据库的)准备下车!


“行李”太多、太大带不动怎么办(这里许多老师可能会遇到数据量大,上传速度慢,用ftp中断的情况),小编这里提供几种托运行李的工具供各位选择:

最简单的方法

如果您的样本少,数据量小,您可以直接选择现在通过网页上传。

最快速的方法

这里用到NCBI推荐的aspera软件,下载及用法见下图:


将这些文件安装到电脑后;运行dos命令行窗口(怎么用看这个):


试试效果咋样


命令行:

ascp -i 之前下载key文件(带上文件目录) -QT -l100m(上传最大速度) -k1 -d 数据存存放的目录(目录以\”结尾)

subasp@upload.ncbi.nlm.nih.gov:uploads/chun.luo@majorbio.com_KYyRWIub(邮箱_生成的随机码)/存放在NCBI服务器上的文件名称(自定义)/

当然100M您嫌慢,您可以往上调(反正3个样本20秒上传完毕小美已经很满足啦!)

最逼格的方法

如果您有服务器的情况下可在NCBI网页aspera下载处找到linux版本,然后本地化到服务器上(不会?很简单,找度娘)!

同样的方法在服务器里面就高大上了,有木有!

好啦!大家上传完成后就到了终点站(选择链接已上传的数据文件夹);


你看到站了,核实一下车站信息


核实没问题后,下车(点击submit)不一会就到目的地(一般半个小时后即可看到上传成功后的SRP号)啦!


不知道,小美司机这一路的引导,各位的路途是否顺利?

还没有上传过原始数据的老师赶快试试吧!

最后祝大家在科研的道路上一帆风顺,万里长虹!!!

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