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常用生物信息在线工具(一)
现如今,生物信息分析的入门门槛并不高。不懂编程、不会算法或是不了解统计都没有关系,越来越多的便捷在线工具帮助了许多想利用计算机进行生物信息分析的生物学、医学的研究人员进行数据整理、可视化及数据分析。以下生信技能树各位版主对生物信息常用的在线软件进行了收集整理,在此向辛勤工作的人儿们撒花表示感谢!
根据染色体起始终止点坐标来获取碱基序列http://www.bio-info-trainee.com/1049.html
热图http://sebastianraschka.com/Articles/heatmaps_in_r.html
热图http://www.chibi.ubc.ca/matrix2png/
韦恩图http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html
基因预测http://linux1.softberry.com/berry.phtml?topic=fgenesh&group=programs&subgroup=gfind
phylogenetichttp://itol.embl.de/index.shtml
启动子区预测http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/
蛋白质一级结构分析https://www.predictprotein.org/home
蛋白质磷酸化位点http://www.cbs.dtu.dk/services/NetPhos/
信号肽http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/
跨膜结构域http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/
蛋白质亚细胞定位http://psort.hgc.jp/form2.html
蛋白质二级结构分析https://npsa-prabi.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_sopma.html
蛋白质三级结构预测http://swissmodel.expasy.org/interactive
短序列拼接http://doua.prabi.fr/software/cap3
多序列比对相似性展示http://cotton.hzau.edu.cn/EN/tools/BioERCP/simitrix.php
绘制GO注释结果http://wego.genomics.org.cn/cgi-bin/wego/index.pl
蛋白质domainhttp://pfam.xfam.org/
基因组杂合性评估http://qb.cshl.edu/genomescope/analysis.php?code=example2
circos图http://mkweb.bcgsc.ca/tableviewer/visualize/
序列比对musclehttp://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle/#
富集分析http://bioinfo.vanderbilt.edu/webgestalt/login.php
富集分析http://amp.pharm.mssm.edu/Enrichr/
DNA序列过滤器http://www.bio-soft.net/sms/filter_dna.html
序列比对http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle/#
在线DNA和蛋白序列处理工具集http://www.biotrainee.com/thread-363-1-1.html
annovar对snp位点注释http://wannovar.wglab.org/
Mutation-Assessor对突变位点对基因或者蛋白功能的影响http://www.bio-info-trainee.com/1270.html
MutationMapper来查看基因突变的分布http://www.bio-info-trainee.com/1270.html
GO分析https://david.ncifcrf.gov/tools.jsp
构建进化树http://www.atgc-montpellier.fr/phyml/
格式转换器http://sequenceconversion.bugaco.com/converter/biology/sequences/fasta_to_phylip.php
GenBank文件特征序列提取器  http://www.bio-soft.net/sms/feat_extract.html
GenBank to FASTA  http://www.bio-soft.net/sms/gen_fasta.html
随机DNA序列http://www.bio-soft.net/sms/rand_dna.html
反序与补序工具  http://www.bio-soft.net/sms/rev_comp.html
打乱DNA序列工具http://www.bio-soft.net/sms/shuffle_dna.html
DNA序列分组工具  http://www.bio-soft.net/sms/group_dna.html
引物显示工具  http://www.bio-soft.net/sms/primer_show.html
限制酶位点与翻译工具  http://www.bio-soft.net/sms/rest_trans_map.html
序列翻译工具http://www.bio-soft.net/sms/show_trans.html
密码子图表  http://www.bio-soft.net/sms/codon_plot.html
密码子使用工具  http://www.bio-soft.net/sms/codon_usage.html
CpG岛  http://www.bio-soft.net/sms/cpg_island.html
DNA特征序列查找  http://www.bio-soft.net/sms/dna_pattern.html
DNA统计  http://www.bio-soft.net/sms/dna_stats.html
ORF查找器  http://www.bio-soft.net/sms/orf_find.html
位置碱基频率  http://www.bio-soft.net/sms/uneven.html
限制位点概要  http://www.bio-soft.net/sms/rest_sum.html
碱基比例图  http://www.bio-soft.net/sms/simple_plot.html
测试编码  http://www.bio-soft.net/sms/testcode.html
DNA翻译http://www.bio-soft.net/sms/translate.html
蛋白过滤器  http://www.bio-soft.net/sms/filter_prot.html
GenBank翻译提取器  http://www.bio-soft.net/sms/trans_extract.html
随机蛋白序列http://www.bio-soft.net/sms/rand_prot.html
一到三:单字母氨基酸残基编码到三字母编码序列  http://www.bio-soft.net/sms/oneToThree.html
打乱蛋白序列  http://www.bio-soft.net/sms/shuffle_prot.html
三到一:三字母编码的蛋白序列转换为单字母编码氨基酸的蛋白序列http://www.bio-soft.net/sms/threeToOne.html
COMBOSA  http://www.bio-soft.net/sms/combosa.html
蛋白序列分组  http://www.bio-soft.net/sms/group_prot.html
多序列对比显示http://www.bio-soft.net/sms/multi_align.html
一致和类似性值  http://www.bio-soft.net/sms/ident_sim.html
蛋白序列统计  http://www.bio-soft.net/sms/protein_stats.html
蛋白特征序列查找  http://www.bio-soft.net/sms/prot_pattern.html
蛋白分子量  http://www.bio-soft.net/sms/prot_mw.html
Multi Rev Trans  http://www.bio-soft.net/sms/multi_rev_trans.html
Reverse Translatehttp://www.bio-soft.net/sms/rev_trans.html
Acknowledgements  http://www.bio-soft.net/sms/ack.html
Browser Compatibility  http://www.bio-soft.net/sms/browser_comp.html
Download  http://www.bio-soft.net/sms/d_load.html
序列比对http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle/#
在线DNA和蛋白序列处理工具集http://www.biotrainee.com/thread-363-1-1.html
annovar对snp位点注释http://wannovar.wglab.org/
Mutation-Assessor对突变位点对基因或者蛋白功能的影响http://www.bio-info-trainee.com/1270.html
MutationMapper来查看基因突变的分布http://www.bio-info-trainee.com/1270.html
GO分析https://david.ncifcrf.gov/tools.jsp
构建进化树http://www.atgc-montpellier.fr/phyml/
格式转换器http://sequenceconversion.bugaco.com/converter/biology/sequences/fasta_to_phylip.php
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