代谢组学数据库多种多样。对于部分初生代谢物的气相质谱分析，有参考性较好的数据库；而对于液相质谱分析，目前没有固定的数据库，不同的液相质谱检测条件差异很大，对应检测的物质，在保留时间，一级分子量，二级及多级分解谱差异也很多，难以统一标准进行比较。通过多种数据库查询，比较、推断和分析将有助于解析物质结构。
第
二七
式
关于代谢组数据库问题，老师经常问起数据库是商业库还是自己建的库，类型？
GC-MS数据库：Nist、feihn；
LC-MS数据库：HMDB、Metlin、自建库（大连化物所-许国旺组）。
第
二八
式
TIC图形应以平行的方式将各组放在一个图中进行峰的比较，
还是单独进行展现？
代谢组学的文章中，基本上都是单图展示，看起来比较清楚，当组别较多时放在一起会很混乱，项目组别少的时候，可以放在一起展示。
第
二九
式
*ChromaTOF软件是用于色谱峰的解卷积吗？
*能否用来对其他类型仪器所得数据进行分析？
*进行解卷积确定代谢物峰的依据是什么？
*另外，解卷积是仅对多重峰进行处理吗？
*还是将原始数据导入软件后的流程化处理？
*如果有对单一色谱峰进行解卷积处理的话？如何保证准确性？
所谓解卷积指对软件能将重叠的质谱图分开为“单一组分”的干净质谱图，以便更准确地定性和定量。ChromaTOF软件的优点是可以将去噪、解卷积、定性以及峰对齐一起快速地流程化完成，对GC-MS的数据来说，是最方便的处理软件，其它的软件，应该能完成其中的一两步。单一色谱峰无需进行解卷积。
第
三十
式
峰与代谢物如何一一确定？
以标准品还是搜库，若是搜库，通常一个色谱峰对应的化合物会有一个列表，给出可能性从大到小的排列，如何从中选择，若是选可能性最大的化合物，可能不准确，若是选其他化合物，如何保证准确性？
先搜库，以软件给出的默认的那个代谢物为最大可能性的代谢物；若有标品，需要进样比对才能确保准确性。
第
三一
式
丰度是以峰面积数据，单位什么？
丰度较低的怎么确定是不是背景？
丰度就是代谢物的质谱响应强度，没有单位的。在用软件对原始数据进行前处理时（包括去噪音、解卷积等）设置信号与噪音的比值为10作为搜库的阈值，所以不会是背景噪音。
第
三二
式
代谢物的鉴定结果50%的相似度
一定不可靠吗？
50%的相似度的定性结果未必不正确，而70%的相似度结果未必就正确，因为GC-MS分析中，总会有很多共流出的峰或低响应强度的峰，这些峰的定性时软件给出的相似度就会偏低，但它的定性结果未必就不准确，这个相似度讲的只是一种可能性，为了让研究者得到更多可供选择的差异代谢物，以防我们筛选标准过严而漏掉一些研究者感兴趣的差异代谢物，我们一般会将50%以上的结果都列上，这样研究者根据自己的实际情况取舍。
第
三三
式
*相应Type对应的参数(R2X, R2Y, Q2, R2, Q2)的值在哪个范围最好？
*OPLS-DA为什么会有两个Q2？
*另外cum表示什么？
PCA分析中R2X >0.4为好；PLS-DA 和 OPLS-DA分析中，R2X 这个参数不重要了，主要是R2Y 和Q2，这两个值>0.5 为好，越接近1越好。OPLS-DA中Q2(cum)，是指建模后模型的预测能力，以大于0.5为宜，越接近1越好，cum 表示累积的意思。另外一个Q2 是进行模型验证，以防止随机拟合或过拟合的一个评价参数，这个值的计算方法和数值的大小及评价标准见报告中 4.2.3 响应排序检验”中的描述。
第
三四
式
同一个处理，不同的重复之间进行非靶向代谢测定，每一个重复是一个单独的叶片，是不同株的，物种是烟草，大田的样品，
测出来的结果差异影响大不大？
不同植株同一处理，生物学重复。样本确保一致（生长情况，植株大小，采样步骤等均要一致），8个重复间的差异一般都是能接受的。
第
三五
式
如果找到的差异代谢物没有标准品，
该如何进行鉴定？
一般情况下，如果没有找到合适的标准品，结构相近的物质也可以替代。
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