使用python得到TCGA表格

我们首先先点击表格右上角的JSON下载为JSON格式(假设保存的为data.json格式)，打开可以发现其数据与表格上的数据是有差别的，我们用如下代码进行处理:

1234567891011121314151617181920212223

#-*-coding:utf-8-*-# author:kangsgoimport jsonmodel={}#解码jsonwith open('data.json','r',encoding='utf-8') as json_file:model=json.load(json_file)#写入到data.csv文件中f=open('data.csv','w')count=0for i in model:a=[]for j in i['consequence']:a.append(j['transcript']['aa_change'])a=list(set(a))f.write(i['genomic_dna_change']+';'+i['ssm_id']+';'+i['mutation_subtype']+';' +str(len(a))+'/567'+';'+str(len(i['consequence']))+'/10188')f.write('n')count += 1f.close()

将会得到data.csv的csv文件，可以用excel等工具进一步处理分析。