在文学史上，傻瓜或智力障碍者的形象并不少见。从莎士比亚戏剧《李尔王》，到福克纳的小说《喧哗与骚动》，再到斯坦贝克笔下的《人鼠之间》，里面的傻瓜主人公往往惹人怜爱。然而《献给阿尔吉侬的花束》与这些故事不同，故事的主角查理并非是一成不变的傻瓜——他从人生的低谷攀上巅峰，却又再次跌至谷底。这是一个获得而后又失去的悲剧。
作者凯斯先是把这个吸引人的故事写成了短篇小说，小说在第二年便获得了科幻文学界最高荣誉之一的“雨果奖”。而当凯斯进一步将作品扩充为长篇小说，并于1966年出版后，《献给阿尔吉侬的花束》便又摘下科幻界的另一颗明珠“星云奖”。著名科幻作家阿西莫夫也夸赞这部作品：“这个故事完全击中了我，我满心只有敬佩……作者的情感是如此细腻，他讲述故事的手法是那么无懈可击，我真想知道他是怎么做到的。”
查理是一名32岁的成年男子，可他的心智却像个不懂事的孩子。这是因为查理从小患有苯丙酮尿症，所以智力发展受阻，他的智商只有68，查理在一家面包店做最普通的伙计。
比克曼大学心理学系的主任尼姆教授，以及比克曼精神医学中心的斯特劳斯医师主导一项实验研究，内容是通过脑部手术来提升生物智力。他们的实验此前曾在一只小白鼠身上获得成功，这只小白鼠就是阿尔吉侬。查理即将成为第一个接受此实验的人类对象。两位负责人要求查理记录下自己时时刻刻的思想，以便观察他头脑的变化，这份记录就是构成本书内容的进步报告。
手术做完了，但查理并没有马上感受到效果，这让他很着急。尼姆教授和斯特劳斯医师送给查理一台类似电视的学习机器，让他每天睡前收看其中内容来锻炼记忆力。查理通过阅读名著学习知识，读的第一本书是《鲁滨逊漂流记》。
随着大脑被激活，查理开始出现关于过去的记忆。在记忆中，他看到自己小时候在街上被欺负，在学校被愚弄，被自己的妹妹嫌弃，他还看到自己试着去抱婴儿床里的妹妹时被妈妈痛打。查理这才发现在成长过程中，身边的人对自己并不友好。在面包店，查理的工作能力越来越强，同事们却对他产生了敌意。
查理在比克曼大学里和大学生们交流政治、哲学、艺术等等话题，这让他觉得兴奋。而后来，甚至教授的理论都让他难以满意，查理的智力已经超过了绝大多数人类。随着意识发展，查理有了爱的冲动，但他表白爱意时，却被拒绝了，斯特劳斯医师解释说，他现在的感情仍停留在青少年时期的水平。但查理暗暗告诉自己，他有权利去爱。
查理随尼姆和斯特劳斯飞往芝加哥，参加国际心理学会议，作为实验成功的成果被介绍，然而这让查理觉得自己就像阿尔吉侬，不过是一只实验动物而已。在会议上，查理突然意识到实验还不完善，效果究竟能否持久还需要更长时间的观察。当主持人请查理发言时，查理将同样被展示的阿尔吉侬放进外套口袋，趁乱离开现场，并乘飞机飞回了纽约。
查理先是提出申请，要进行独立研究，找出实验存在怎样的漏洞，随后他询问比克曼大学的人员，如果自己的实验失败了他们打算如何处理他。查理得知，如果结果不尽人意，他将被送到福利院。
小白鼠阿尔吉侬的智商水平开始快速退化。查理下定决心去拜访母亲，却没想到母亲的精神状况已经失常，好在他见到了已经成人的妹妹，兄妹俩放下了童年时的心结。回家后，阿尔吉侬死了，查理把它埋在了自己家后院，在小小的坟上放了一束野花。
查理尝试进行走迷宫的测验，发现他曾经轻而易举可以走出的迷宫现在要花很久时间，在联想力测验中，他也不再能够自如地对图形进行联想。查理在家中大声放音乐，然而曾经收集并喜爱的音乐已经听不进去。他把唱片摔碎在地上，把书也撕毁扔在地上。查理的记忆不断减退，运动神经也开始变差。
慢慢地，查理发现书写进步报告开始变得很难，即使简单的词也需要查字典才能拼对。于是，他做了最终的决定，他要离开所有认识的人，独自前往福利院，在那里度过余生。在查理最后一篇进步报告的结尾，他写道：“如果有机会，请放一些花在后院的阿尔吉侬坟上。”
这个故事虽然戏剧化，但其中思索的主题却和每个人息息相关。因此自《献给阿尔吉侬的花束》出版以来，就不停重印，如今已经被翻译成30多种语言在全世界发行，更多次被改编为影视剧、舞台剧等作品，至今仍时常有新作问世。丹尼尔·凯斯的作品包含了人性最深处的关切，得到与失去、光明与黑暗、技术与情感，这些主题是人们在不断追问、不断思考的，正如查理所说，只有想清楚这些，我们才有可能认清自己。
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