应当说，这是个老生常谈的问题了，税务界里，也是公说公有理婆说婆有理，赞成纳税的理由和依据主要包括这样转让股权，实质上就是转让房地产，是间接转让，是一种避税筹划，按照税务总局作出的三个批复（国税函〔2000〕687号 、国税函〔2009〕387号、国税函〔2011〕415号）的规定，应该予以纳税；反对纳税者则认为，税总的这三个批复不是税收规范性文件，不能引用作为纳税或征税的依据，股权和房地产在法律上和经济实质上是完全不同的东西，现行土地增值税暂行条例及其实施细则没有规定转让股权需要缴纳土地增值税。笔者之所以决定现在再次谈及该问题，是因为现有可见的文章中仍然有未阐明之处，且相当部分实务工作者仍较为忌惮上述三个批复，征税的达摩克利斯之剑似乎仍然高悬。
那么，我们究竟应该怎样看待这一问题呢？笔者打算从业务实质、相关法律分析、税法依据及税务处理、征税必要性等四个方面去讨论这一问题。
一、业务实质
以转让百分百股权的方式转让房地产，实质上确实是在转让房地产，这一点我想大多数的业界同仁可以达成共识。以这一方式转让房地产，确实可以达到避税和控制目标公司名下房地产的目的，支持对这一行为纳税似乎也就具有了某种程度上的合理性，否则将会使转让方逃逸于税法之外。然而，我们真的可以只看经济实质就要求纳税人纳税吗？税法也是法，法的属性要求其必须重视法律形式，实质重于形式主要是会计原则，可能也仅在两个所得税或国际税领域得到一定程度的适用（且必须有合法、有效税法依据作为适用前提），在大多数情况下它是无法适用尤其是无法在执法环节适用的，土地增值税也不例外。纳税人在法律形式上并未转让房地产，虽然实际在某种程度上达到了这样的效果，但在没有税法依据作为适用前提的情况下，对其进行征税是不恰当的。
二、相关法律分析
股权和房地产是不同的物，不同的权利，转让股权的是公司的股东，而转让房地产的是公司本身，这一认识笔者认为不需要引用法律也可以达成共识。当税务机关试图要求纳税人对股权转让缴纳土地增值税时，我们将尴尬地发现，纳税人由公司变成了其股东，这将违背公司法的基石条款——第三条“公司是企业法人，有独立的法人财产，享有法人财产权。公司以其全部财产对公司的债务承担责任。有限责任公司的股东以其认缴的出资额为限对公司承担责任；股份有限公司的股东以其认购的股份为限对公司承担责任。”在一定意义上，造成了公司与股东的混同，同时也是税法与公司法的冲突。须知，与公司法冲突的是三个税务总局的函啊！
在物权法层面，我们会发现，不动产物权的所有人——公司并未转让其名下的房地产，在民法上没有发生转让不动产的民事行为，却被税法所无视，要求其缴纳因转让房地产而应缴纳的土地增值税，造成税法与物权法的冲突。上述两个冲突，在笔者看来，是不合适也是不必要的。
三、税法依据及税务处理
这是本文的重点。我们先来看《土地增值税暂行条例》第二条的规定，“转让国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物（以下简称转让房地产）并取得收入的单位和个人，为土地增值税的纳税义务人（以下简称纳税人），应当依照本条例缴纳土地增值税”。有观点认为，这一条款按照法律解释方法，还是有一定的空间，即转让既包括直接转让，也包括以转让股权方式间接转让。那么这一观点对不对？仅在这一步进行讨论似乎无法否定它的正确性。然而，就如我们在本文第一、第二部分所论及的那样，公司并未转让其房地产，如果股东成了土地增值税的纳税人，那么在公司日后将房地产再转让或者开发成商铺、住宅、写字楼等开发产品进行销售时，其所扣除的“取得土地使用权所支付的金额”是多少？是公司当初购入房地产时所支付的金额，还是其股东转让其股权的金额？如果已经缴纳了土地增值税，再按前者扣除相信列位看官都会认为不合理，那么按后者如何？可是，此前的土地增值税明明是股东缴纳的，转让股权价款不是公司购入房地产的价款啊，怎么能这样扣除？再者，在扣除凭证上也不合规啊。言至于此，我们应该可以得出结论，《土地增值税暂行条例》第二条所规定的“转让”，是不包括间接转让的。
如果各位同意笔者的上述分析，我们再回头来看看文章开头时的三个批复。经笔者检索国家税务总局历年的税收规范性文件清理公告，发现在历次公告中，税务总局均未将这三个批复列入有效、部分废止、废止的目录中，考虑到前两个批复制发时，税务总局尚未颁布《税收规范性文件制定管理办法》（国家税务总局第20号令），如果前两个批复在批复广西地税时抄送了全国各省区市地方税务局，则意味着它们也是税收规范性文件。由于公文系统不完善等原因，笔者无法查知前两个批复是否抄送全国。笔者认为，这三个批复没有列入历次清理文件的目录中可能有两种原因，一是税务总局认为这三个批复不是税收规范性文件，只是个案批复，故无需在历次公告中进行清理；二是这三个批复被税务总局遗忘了，所以没有把它们列入进行清理。
那么哪种可能性大呢？笔者认为，应当是前者的可能性大。一来按照《税收规范性文件制定管理办法》（国家税务总局第20号令）第二条“本办法所称税收规范性文件，是指县以上（含本级）税务机关依照法定职权和规定程序制定并公布的，规定纳税人、扣缴义务人及其他税务行政相对人（以下简称税务行政相对人）权利、义务，在本辖区内具有普遍约束力并反复适用的文件”（41号令中也有此条款） 和《税收个案批复工作规程（试行）》（国税发〔2012〕14号）第四条“税收个案拟明确的事项需要普遍适用的，应当按照《税收规范性文件制定管理办法》制定税收规范性文件”的规定，如果我们认为415号函是税收规范性文件，那么它以批复的形式存在是不合规的；二来税务总局清理了这么多次文件，都没有把这三个批复想起来，这种可能性是微乎其微的，所以这三个批复应当都不是税收规范性文件。
明确了这三个批复不是税收规范性文件对我们来说是非常重要的，这意味着在纳税和征税过程中，它们将不可以被适用作为执法依据，如果想对以转让股权形式转让房地产征收土地增值税，仅有的税法依据只是《土地增值税暂行条例》及其实施细则，而按我们刚才的分析，它们无法成为这样的征税依据。
四、征税必要性
这是跳出法律事实界定和税法适用层面的认识。由于土地增值税是超额累进税率，没有对这样的避税行为征税，非但不会造成税收的流失，反而会在公司以后将房地产开发完成，销售开发产品时，征到更多的土地增值税。有鉴于此，一定要在股转环节把这一道土地增值税征上来是不必要的，除了违法，也是不经济的。也许许多人会认为，这是税收公平，不能让公司的股东取得巨额收益却不承担相应税款。可是，我们要知道的是，市场经济讲究交易平等自愿，哪怕金贵如房地产，它也是商品，买家既然决定以这样的方式承接房地产，说明其对以后要缴纳的土地增值税是愿意承担的，我们没有理由去干预他们的选择。如果其系因不了解税法，吃了哑巴亏，那他们应该去好好学习税法，在收购项目前咨询专业人士，税务机关没有发善心替其主持“公道”的职责。税法作为法，永远是有漏洞的，我们不能指望法网严密得没有任何漏洞可钻，这样的情景不会出现在人世间。从税法的谦抑性来说，征税人应当对避税行为保有一定的宽容。因为只有这样，纳税人才会对税法有良好的预期，市场经济的运行才不会被税局的意外或突然地出现而打断。
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