1549年8月15日(天文十八年),耶稣会创始人之一方济各·沙勿略([西]Francisco Javier [葡]Francisco Xavier,1506-1552)在一位日本朋友弥次郎的引介之下,携同两位耶稣会士(神父托雷斯Cosme de Torres和修士费尔南德斯Juan Fernandez)经马六甲海峡,辗转抵达弥次郎的家乡,日本南部九州的鹿儿岛。成为第一位踏上日本国土的天主教传教士。大名岛津贵久会见了沙勿略,并允许其传教。年底,鹿儿岛已经有一百五十人、附近地区有四百五十人领洗入教。
1555年(弘治元年),葡萄牙商人路易斯?德?阿尔梅达(Luis de Almeida)投入私财,在丰后府内开设育儿院。1557年,于56年加入耶稣会的阿尔梅达建起了麻风病院、一般病院等各种西式医院。这些医疗设施在天主教信徒所组织的“慈悲之组(ミゼルコルディア)”运营下发挥着巨大作用,为日本带来了先进的欧洲外科医学。
路易斯?弗洛伊斯出生于里斯本,十六岁时加入耶稣会。1563年到日本传教,并长期定居日本。与织丰时代的两大统治者都保有很好的关系,也见证了日本时代的变迁,其著作《日本史Historia de Japan》及《日欧比较文化》是重要的研究史料。 《日本史》(Historia de Japan),时间跨度在1549-93年之间的著作。该书旨在记载耶稣会的历次行动,但也提供了关于当时日本的很多情报。
1593年,丰臣秀吉于名护屋城接见菲律宾总督使节佩德罗?巴蒂斯塔(Pedro Bautista,1545—97)。此人同时也是西班牙方济各会传教士,驻日期间大力扩张方济各会势力,与耶稣会对抗,后死于圣菲利普事件。 同年,塞斯佩德斯(Gregorio de Céspedes,1551?611)被遣往朝鲜战场,归在小西行长麾下,负责处理日本天主教徒士兵的宗教信仰事务。
1604年,耶稣会传教士,葡萄牙人罗德里格斯(Rodrigues,1561—1633)发表《日本大文典》(〈Arte da ligoa de Japam〉)。这是一部对日语读写作详尽介绍的葡萄牙文著作。同年,“丝割符仲间”制度出台,使长崎、京都、堺的豪商集团能够议定葡萄牙商船所输入生丝的价格并统一购入自行分配利益,然后转销给国内市场。这种垄断行为对葡萄牙商人造成重大打击。
1609年,为向德川家康澄清澳门日本人被杀事件之因果,当时负责镇压包括有马朱印船员在内的日本暴徒的指挥官安德雷?佩萨(André Pessoaアンドレ?ペッソア)亲自乘海船“圣母号” ([葡]Nossa Senhora da Gra?aノツサ?セ ニョーラ?ダ?グラサ [西]Madre de Deusマードレ?デ?デウス)前往长崎。
1610年,由于佩萨与长崎奉行交涉时态度强硬导致谈判破裂,无视德川家康下达的传唤令,强行出港,于是有马晴信率军追击,最终在一月六日将之困住。佩萨见突围无望,自爆沉船。“圣母号事件”导致日葡贸易中断。 德川家康遣人护送罗德里格?维维罗(Rodrigo Vivero Y Velesco)返回新西班牙(墨西哥)。
1620年,因为德川幕府的锁国政策而在菲律宾滞留了两年的支仓常长孤身一人回到日本。同年,“平山常陈事件”发生。从马尼拉出发,满载鹿皮驶向长崎的平山常陈(教名:Joachim Diaz)船长的朱印船,因为有着中国帆船的式样,被英荷联合舰队捕获,押往平户。原本只是一场误会的非法扣押日本船只事件,却因为在检查舱室时搜出了藏身船货中的两名传教士—奥古斯丁会士佩德罗?德?兹尼加(Pedro de Zuniga)和多明我会士路易斯?弗洛雷斯(Luis Flores)而性质大变—由于之后弃教者的供述,两人身份暴露,形势急转直下。 1621年,审判于十一月末展开。多明我会士柯略多(Diego Collado)获得长崎的西班牙商人和日本天主教徒的协助,计划要救出被捕的传教士,但最终行动失败,计划败露,反而激怒了将军德川秀忠。
1622年,幕府判处平山常陈和两名传教士火刑,12名船员被全部斩首。此事件标志着幕府大规模镇压天主教势力的开始。9月10日,“元和大殉教”发生。包括日本早期天主教徒代表人物赛巴斯蒂安?木村、耶稣会士意大利人卡洛斯?史宾诺拉(Carlos Spinola)、多明我会士西班牙人方济各?莫拉雷斯(Francisco de Morales)等多国籍、有影响的人士在内的21神职人员,及4名留宿教士者于长崎西坂的山丘上被处以火刑;其他信徒均被斩首于火刑柱前。
长崎殉教
1623年,秀忠引退,德川家光继任为三代将军。同年,江户大殉教。包括原主水胤信(教名:Joannes)、耶稣会士安吉里斯(Girolamo De Angelis)、方济各会士盖尔维兹(Francis Galvez)在内的52人被押往“札ノ辻”的刑场;其中一人弃教,其余被烧死,殉教者总计51人。