孙一奎（1522－1619），字文垣，号东宿，别号生生子，安徽休宁县人。孙一奎是明初名医汪机的再传弟子，明代温补学派重要人物，命门动气学说的倡导者，在中医的理论与临床两方面都做出了重要的贡献。孙一奎的主要著作有《赤水玄珠》30卷，《医旨绪余》2卷，《孙文垣医案》5卷，后来合称为《赤水玄珠全集》。
孙一奎幼年时聪慧过人，初习儒，塾师稍事点拨，即能了然昭彻大意。其父业儒，曾多次应试不第，积劳成疾。时值嘉靖年间，朝中奸佞当道，闭塞贤路。孙一奎虽习儒颇有所得，但也看清了仕途的艰辛，又见其父日夜攻读导致“体疲惫而弱益甚”，便萌发了“不为良相，便为良医”之念。稍长后，曾遵父嘱前往浙江经商，遇到一个精通医术的修道之人，传授以方书，读而验之，颇有奇效，遂立志舍儒从医。
开始学医时，孙一奎苦读医籍，不论寒暑，都十分专注。上至《灵枢》、《素问》、《难经》，下及古今名家，无所不及，对儒、释、道三教经典中与医学有关的部分也无不猎及。研习三年之后，自念“索居而窥观”不若“广询而远览”，故决意离家远游，广寻名师。他的足迹踏遍江南，一边行医，一边寻求有识之士，博采众长，不拘门户，凡遇高明的人就虚心而尊敬地来到他跟前，和他探求医理。后来曾随徽州黟人黄古潭先生学习。古潭先生治病常有超常见解，孙一奎凡是遇到疑难的病证，都会向他请教，对临床中一时不能下诊断而犹豫不决的，决不轻易放过。黄古潭的高超医术，使孙一奎在医理和临证诊疗上受惠不浅。孙一奎学验俱丰，理论上可“镜莹于中”，实践上则“投剂辄效”，终成一代名医。
孙一奎是命门学说的倡导医家之—。他认为命门为两肾间动气，为原气之所系。原气来源于先天，由父母之精相合，在胎儿孕育期间即已经存在。此原气是人体生命活动的根本动力，所谓“生生不息之机”。原气即人身太极之本体，所谓太极，是从《周易》而来，“易有太极，是生两仪，两仪生四象，四象生八卦。”宇宙自然界间，先无极而后太极，太极而后阴阳。太极的哲学概念是指原始混沌之气，指阴阳未分之前的混元一气，是阴阳之根。孙氏以太极来比喻原气，是说明原气乃是人体阴阳之本，是人体生命之本源。所以，孙氏进—步总结命门之功用则说：“命门乃两肾中间之动气，非水非火，乃造化之枢纽，阴阳之根蒂，即先天之太极，五行由此而生，脏腑以继而成。”孙氏认为，从根本而言，人体呼吸的原动力在于肾间动气，即先天之气。
孙氏反对称命门内寄相火，但确认三焦当为相火。孙氏认为，三焦属腑，包络属脏，但其又不同于其他五脏与五腑的关系。包络为血母，为里；三焦为气父，为表，二者俱属于手经，相为表里。也正由于二者—主气，一主血，相互配合，协同主持一身之气血，以维持人体的正常生理功能。然而，三焦虽不与命门相配，但并非二者没有关系。孙氏认为，命门却是三焦之原，三焦之相火化生于命门之原气，为原气之别使。孙氏论君相之火，认为天人均有君相之火，而在人之君火属心，相火寄于包络、三焦，是属于正火范围，而肝肾之火则为贼火，从正邪角度将其加以区分。孙氏这一论述，无非是强调了肝肾命门无相火的观点，用以反对一些医家滥用寒凉之剂滋阴降火，损伤命门动气的弊端。
孙氏治病，首重明证。认为“凡证不拘大小轻重，俱有寒、热、虚、实、表、里、气、血”八个字，且病变多有始同而终异的情况，故治法不可执一而无权变。基于这种指导思想，他指出时医对内伤发热、虚损、血证等滥用苦寒，畏投甘温的偏弊。他十分重视三焦元气的保护和治疗，既反对滥用寒凉，又指出了过用辛热、疏导及渗利之剂的危害，认为不但纯阴苦寒之剂可致脾胃虚弱，元气损耗，而且“若用辛香散气，燥热伤气，真气耗散”，或疏导太过，也可耗损元气。若淡渗过剂，也多致肾气夺伤。由于三焦为原气之别使，又为“相火之用”，故凡命门原气不足，或相火衰弱，可出现三焦元气不足之证，其病变有气上不纳，水谷不化，清浊不分等情况。在三焦病变中，孙氏对下元虚寒尤为重视。其论气虚中满、肾泄等症，认为都属于下焦元气虚寒。又如癃闭、遗溺、小便失禁诸证，亦或与之有关。同时，对于下消及肾不纳气的治疗，孙氏又注意精气同治。
孙氏学说，以命门为两肾间动气，三焦为原气之别使。动气为生生不息之根，相火有裨助生生不息之功，其论说不仅阐发了祖国医学的有关理论，且能自出机杼，并与临床辨证施治相结合。因此，其学术理论和实践经验对祖国医学作出了一定贡献。不论对于临证治疗，还是对于养生保健，孙氏学说都有不可忽视的研究价值。
孙一奎所处的时代，正是上至帝王，下至百姓都笃信道教而不能自拔的时代，所以道家对他的影响最深。在他的医学著作中必然要夹杂一些荒诞的内容，如《赤水玄珠·虚怯虚损痨瘵门》中所述的“方外还丹”“环丹秘要论”及取“红铅”，取“梅子”等诸法，实为道家用以惑人的谬论。《四库全书总目提要》批评说：“专讲以人补人采炼之法，殊非正道。”“遂为全书之大瑕”。另外《孙氏医案》中也有多笔之处。《四库全书总目提要》说：“傍文多于正论，亦为冗漫，盖大意主于标榜医名，而不主于发挥医理。”这些不当之处，就全书来看仅是支流、末节而已，丝毫不影响孙一奎杂病大家的风度。
期间诊余之时，先后著有《赤水玄珠》30卷，《医旨绪余》2卷，《孙文垣医案》5卷，后来合称为《赤水玄珠全集》。“赤水玄珠”之名，取之于象罔得珠故事。《赤水玄珠全集》对后世医学界产生了重要的影响，并给后学医者留下了宝贵的财富。
经过三十年的勤求博采，刻苦钻研，孙一奎耳目渐广，经验渐丰，终于达到了理论上“镜莹于中”，实践上“投剂辄效”的境界。其医术已有非常的造诣，为人决断死生多能应验。临证投剂常常使顽固的疾病治愈，从此医名显赫，名士显宦争相交往。
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