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全基因组鸟枪法测序
   对某基因组文库全部克隆片段进行末端序列测定中未测到的碱基数,即缺口(gap),与已测定的总碱基数相关。随着已测定碱基数的增加,缺口的总碱基数目会按照泊松公式的一个推论(P=e-m)迅速减小。其中P为基因组中某个碱基未被测定的概率,m为所测定的碱基数与基因组大小相比的倍数。m越大P值越小。当m值达到5(即随机测定的碱基数达到基因组5倍时),基因组中未测定的碱基数为基因组总碱基数的0.67%(e-5=0.0067)。对流感嗜血杆菌这样大的基因组(1.83Mb),可能留有128个平均长度为100bp的缺口。

 全基因组鸟枪法测序的主要步骤是:第一,建立高度随机、插入片段大小为2kb左右的基因组文库。克隆数要达到一定数量,即经末端测序的克隆片段的碱基总数应达到基因组5倍以上。第二,高效、大规模的末端测序。对文库中每一个克隆,进行两端测序,TIGR在完成流感嗜血杆菌的基因组时,使用了14台测序仪,用三个月时间完成了必需的28,463个测序反应,测序总长度达6倍基因组。第三,序列集合。TIGR发展了新的软件,修改了序列集合规则以最大限度地排除错误的连锁匹配。第四,填补缺口。有两种待填补的缺口,一是没有相应模板DNA的物理缺口,二是有模板DNA但未测序的序列缺口。他们建立了插入片段为15-20kbλ文库以备缺口填补。

鸟枪法测序的缺点
随着所测基因组总量增大,所需测序的片段大量增加,各个片段重叠或一个连续体的概率是2n2-2n
高等真核生物(如人类)基因组中有大量重复序列,导致判断失误。

对鸟枪法的改进
(1) Clonecontig法。首先用稀有内切酶把待测基因组降解为数百kb以上的片段,再分别测序。
(2) 靶标鸟枪法(diretedshotgun)。首先根据染色体上已知基因和标记的位置来确定部分DNA片段的相对位置,再逐步缩小各片段之间的缺口。

SSLPs, simple sequence lengthpolymorphisms;

STRs, simpletandemrepeats;   SNPs, single nucleotide polymorphisms.
LINEs, long interspersed nuclearelements;   SINEs,short interspersed nuclear elements;
LTR, long terminalrepeat.   FISH,Fluorescent in situ Hybridization;
STS,Sequence Tagged Site  EST, EndSequence Tag.

  STS一般为100-500bpDNA片段,只在整个genome或染色体中出现1次。

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