一、昌明登基
东晋司徒会稽王司马昱在绝嗣多年之后，终于盼来了一个儿子。
司马曜诞生时，正当东方始明，司马昱因此给他起名曜，字昌明。有一天，司马昱打开一本谶书。见上面写着一句话： “晋氏祚尽昌明。”他领会这句话的意思，是到了昌明的时候，东晋的国祚就要完结。一想儿子的字是昌明，正与谶意相应，便哭了起来，说：“没想到家里竟出了昌明!”其实，这完全是附会。
司马昱做了九个月的皇帝，临终前把11岁的司马曜立为皇太子。这位皇太子在他父亲灵前一滴泪也不掉，左右人提醒他，应按常礼大哭一场表示悲痛。他却回答：“哀至则哭，何常之有!”
拥有重兵的大司马桓温，驻扎在姑熟(今安徽当涂)。要不要先请示桓温，然后再让司马曜继皇帝位，群臣对此有意见分歧。有的主张： “当须大司马处分。” 王彪之却说：“皇帝驾崩，皇太子理应继位，没有请示臣下的道理。”这样，司马曜才算顺顺当当即了位。这时是咸安二年 (372) 七月。
第二年，司马曜又有一种异乎异常的表现。寒冷的冬季，他白天只套穿着几件单衣，夜间却厚厚地盖上好几床被子。谢安劝谏他：“保养身体应循常规。陛下白天过冷，夜间太热，有违养生之道。”他简练地回答了四个字： “昼动夜静。”
当时，举国上下盛行着清谈玄理的风气，这些言行都深合玄理。司马昱就以 “清虚寡欲，尤善玄理”而著名当世，司马曜被认为 “精理不减先帝”。
二、桓温跋扈
桓温在朝廷中有很大的势力，他的亲信们通过崇德太后下令：“皇帝年幼，国丧期间请桓温居摄政事。这实际上是请桓温做代理皇帝。王彪之又说： “居摄是国家非常大事，不可行。”居摄被搁置起来。
桓温本来指望司马昱临终禅位，由他来当皇帝; 起码也会象周公一样居摄，当个代理皇帝。司马昱遗诏让他以诸葛亮和王导为榜样，辅佐司马曜，自然十分恼火。他断定这是谢安等人从中作梗，恨得咬牙切齿。
宁康元年(373)二月，桓温带着大兵，杀气腾腾地向首都建康(今江苏南京)赶来，谢安和王坦之带领满朝官员前去迎接。这时，上上下下，人心惶惶，传说桓温要杀王、谢两人，灭掉东晋，改朝换代。王坦之也胆虚起来。谢安却神气不变，说：“东晋存亡，在此一举。”桓温一到，全体官员一齐跪拜在道路两旁，一个个颤慄失色。
桓温召见，大陈兵卫。王坦之冒着虚汗，衣服都湿透了，心慌意乱，手板也拿颠倒了。谢安却从从容容地入席，坐定后，用手指了指围得象铁桶似的卫兵说： “有句话说‘诸侯有道，守在四邻’。明公入朝，召见大臣，布置这么多的卫兵是什么意思?”桓温反被这种安详劲给镇住了，陪笑说： “正自不能不尔。”便命令把卫兵撤去，同谢安谈笑了好几个时辰。这样，朝廷总算把这场虚惊度过去了。
桓温靠郗超出主意。谢安和王坦之去见桓温的时候，郗超总是躺在桓温的帐子里偷听。一次，风吹帐开，郗超露出来，谢安幽默地取笑他说：“郗生真可称为入幕之宾了。”说得郗超满脸通红，无言可答。
当时，皇帝幼弱，外有强藩，全靠谢安和王坦之等大臣忠心辅佐，才把局面安定下来。
到了三月，桓温忽然生起病来，将养了14天，就返回了姑熟。
桓温病势越来越重，暗示朝廷给他加九锡，并屡次派人来催促。袁宏起草加九锡的诏文，草稿送给谢安审批，送一次，谢安改一次，拖了几十天，还没定稿。袁宏对此很是不解，便个别问王彪之这是怎么一回事。王彪之说：“听说桓温病势越来越重，活不多长了，谢安用的是拖延之计。”这样一直拖到七月，这个权臣寿终正寝，司马曜被废黜的危机总算度过去了。
三、谢安辅政
在同桓温周旋中表现出超人智胆的谢安，成为朝廷的中流砥柱。太元元年(376)，14岁的司马曜亲政，任命谢安为中书令、录尚书事;第二年，又任命为侍中、都督扬豫徐兖青五州诸军事。这样，谢安掌起了东晋的军政全权。
这时，氐族在北方建立的前秦日益强大，经常骚扰东晋的北部边境。司马曜颁发诏书，寻求良将。谢安的侄子谢玄应征。谢玄在当时称为“北府”的京口一带招募士兵，组织起一支新军，得到了刘牢之等猛将。刘牢之率领精锐部队为先锋，战无不捷。这支新军号称“北府兵”。
太元八年(383)八月，前秦王符坚以符融为前锋，亲自统率骑兵二十七万、步兵六十万南下伐晋。这支号称百万的大军，旌旗相望，钲鼓千里，大有把东晋捣为粉末之势。司马曜和谢安派遣谢石为征讨大都督，谢玄为前锋都督，统兵八万，进行抵抗。
十月，秦军前锋到达寿阳(今安徽寿县)，与前来抵抗的东晋前锋隔淝水对阵。谢石和谢玄分析形势，认为：倘若百万秦军到齐，是难于为敌的。应当乘他各路军队还没会齐之时，迅速出击; 只要击败了这支前锋军，整个秦军就会崩溃。
谢玄派使者对符融说：“你们逼近水滨安营扎寨，这是持久战的阵势，并不是速决战的阵势。请你们把阵营向后撤退一下，在水边腾出一块空地作为战场，让我们晋军渡过淝水，与你们决一胜负。”前秦将领都说：“我众彼寡，不如遏之，使不得上，可以万全。”赶来督战的符坚却主张： 把前秦军向后撤退一下，乘东晋军渡江之时，派骑兵冲杀，没有不胜的。符融也同意这个主意，于是下令向后撤，谁知这一撤，秦军立刻大乱，谢玄乘机率晋军渡过淝水，攻上岸来。符融来到阵前，想押住阵脚，坐骑竟被乱兵撞倒，他自己也被攻上来的晋兵所杀。秦军失去主帅，全线溃败。晋军乘胜追杀，秦军自相践踏，尸体蔽野塞川。
前秦其他各路军队，听说前锋溃败，都调头逃跑，听到风声鹤唳，也疑心是追赶的晋军来了，昼夜不息地逃奔，草行露宿，又冻又饿，秦军损失十分之七八。
淝水之战胜利了，司马曜又逃过了一次亡国的危机。
四、司马道子专权
司马曜的同母弟司马道子，9岁时封为琅玡王，食邑多达七千六百余户。太元八年(383)九月，正当前秦南侵时，20岁的司马道子被委以录尚书六条事的重任，开始干预朝政。淝水之战结束后，他便开始倾轧谢安。
谢安的女婿王国宝，品行恶劣。谢安厌恶他的为人，不重用他，让他做并不清显的尚书郎。王国宝自以为象他这样出身于琅玡王氏名门大族的子弟，从来都做清显的吏部郎，因而对谢安怨恨在心。王国宝的从妹是司与道子的妃子。王国宝经常在司马道子面前说谢安的坏话，司马道子便把这些坏话当做在司马曜面前攻击谢安的炮弹。谢安在淝水之战中立有大功，那些忌嫉他的无耻之徒也都竭力败坏他。
司马曜听任谗言，对谢安的信任大不如以前了。
太元十年 (385)，谢安被排挤出建康，出镇广陵 (今江苏扬州)，在步丘垒筑新城，过起闲居生活。九月，谢安病逝，东晋失去了最后一根顶梁柱。
谢安去世后，司马道子领扬州刺史、录尚书事、都督中外诸军事，全面操掌起军政大权。
司马曜渐渐沉溺于美酒和女色; 而司马道子是个酒色之徒，常常和他的皇帝老兄喝得醉醺醺的。兄弟二人又信奉佛教，所建佛寺穷奢极费，所亲昵也多是那些男女僧徒。左右之人，争权弄柄，交通请托，贿赂公行，官赏滥杂，刑狱谬乱，局势开始大坏。大臣陆纳望着宫阙叹息说： “多么好的家居，无知的顽童就要把它毁坏了!”
司马道子势倾内外，远近奔凑，司马曜意渐不平，兄弟二人开始矛盾起来。
王国宝煽动朝臣，联名上书皇帝，要求给司马道子加殊礼。车胤认为，年幼的周成王给他摄政的叔父周公加过殊礼，当今哥哥做皇帝，怎能给弟弟加殊礼呢?便称说有病，不参与签名。司马曜见到这份奏疏，十分恼怒，而对车胤不签名很赞赏。
范宁为司马曜所亲信，多次进忠言，补正缺失，指斥奸党。王国宝是范宁的外甥。对这个专会阿谀奉迎司马道子的外甥，范宁劝司马曜贬斥他。袁悦之也有宠于司马道子，和王国宝是一条线上的人。王国宝便让他通过尼姑妙音致书于陈淑媛，让陈淑媛在司马曜面前称说王国宝忠谨，应当信任。后来，这件事被司马曜察觉，以别的理由把袁悦之斩了。王国宝转而与怡与道子一起说范宁的坏话，把范宁贬为地方官。
司马道子专权奢纵，他所亲信的赵牙和菇千秋，一个原是唱戏的，另一个原是捕贼小吏，都靠谄媚和贿赂做了大官。越牙为司马道子建筑了一所府第，里面筑山穿池，费用巨万。司马曜来到这所府第，批评说： “府内有山，很好; 但修饰太过。” 司马道子对答不上来。菇千秋则卖官招权，被人揭发出来。司马曜对他弟弟的行为越来越厌恶，但碍于手足情份，下不了废黜的决心。于是，他选拔一批有名望并为自己所亲信的大臣，如王恭、郗恢、殷仲堪、王珣和王雅等，委以地方要任，来防遏司马道子的势力。司马道子也引王国宝和他的弟弟王绪为心腹。这样，朝廷内部形成了结党营私的两帮势力。
五、被毒暴崩
司马曜的皇后王法慧，出身名门大族太原王氏。她的父亲王蕴是吴兴太守，她的姑母是晋哀帝的皇后。
当初司马曜选皇后的时候，征求公卿们的意见。谢安便推荐说：“如果皇帝选娶皇后，家世地位应该象王蕴那样。”即而访听王蕴的女儿，都说容德淑令，便举她应选。宁康三年(375)，桓冲等大臣又上表奏称：“王法慧天性柔顺，四业允备”，而且“盛德之胄，美善先积”，可以 “母仪天下”。这样16岁的王法慧便被选纳为皇后。
谁知王法慧有酗酒的恶习，性情又骄又妒，弄得司马曜没办法。一天，司马曜把王蕴召到东堂，说他女儿的过错，让他训诫。此后，王法慧稍有收敛。大概是酒喝得太多了，她只活到21岁。
司马曜的两个儿子都是淑媛陈归女生的。
陈归女是倡优陈广的女儿。她长得很漂亮，又善歌舞，被选进宫做了淑媛，生下司马德宗和司马德文兄弟。她也寿命不长，太元十五年 (390) 归天了。
此后，司马曜最宠爱的是张贵人。
司马曜酗酒越来越厉害，几乎天天沉醉在内殿，外人很少见到他。太元二十一年(396)九月的一天，他和张贵人在后宫饮酒，妓乐相陪。张贵人年近30，司马曜带着酒色，跟她开玩笑，说： “你已到了失宠年龄，我正在物色更年轻漂亮的。”她认了真，怀恨在心。傍晚，大醉的司马曜酣睡在清暑殿。张贵人将大大小小的宦官灌醉，打发他们各自安歇。然后，她让侍女用一床厚厚的被子蒙住司马曜的头，把他活活憋死。她又用重金贿赂左右的人，说是“因魇暴崩”。当时，太子司马德宗闇弱，专权的司马道子昏荒，这件弑君大逆之事，没人过问，蒙混过去。
司马曜死时35岁。这年十一月，葬于隆平陵。庙号孝武帝。
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