1260年，忽必烈所掌控的军队虽然比阿里不哥多一些，但是这并不足以确保他汗位的稳固。尤其是当时的军队都掌握在各个宗王手中，这些宗王也有各自的想法，大都摇摆不定，随时可能反叛。
更何况有些宗王也对汗位虎视眈眈，有些大臣还想割据自立。例如即将发生的李璮之乱以及后来的海都之乱，都足以证明此言非虚。他们这两位实施了自己的想法，估计还有一些只是停留在想这个阶段，而没能最终实施的。此时他们巴不得忽必烈与阿里不哥斗个两败俱伤，自己好坐收渔翁之利。
而且，南宋的实力也不容小觑。如果处置不当，南宋趁机派大量兵力北上，忽必烈将会腹背受敌。虽然此事发生的概率不高，但是哪怕南宋只是派一些小股兵力北上袭扰，也会使忽必烈遭受不必要的损失。
面对这些内外矛盾，为保证自己的汗位稳固，忽必烈在汉臣们的建议下相继做出了一系列重大调整。这些措施使忽必烈迅速变被动为主动，为战胜阿里不哥、李璮、海都等打下了基础。
一、增加岁赐，犒赏属民。从窝阔台时期开始，蒙古汗国就有个传统，蒙古大汗每年要赏赐给各宗王一定数量的金银财物，称为岁赐。忽必烈称汗后，对支持自己的宗王们大加封赏、增加岁赐，并且还默认贡献最大的东道宗王们拥有辽东、高丽地区的控制权。
同时，为了稳定军心、提升自己在民间的形象，忽必烈还拿出大量金银财宝犒赏三军、赈济饥民。这使当时蒙古汗国的百姓们更愿意归附到忽必烈这边。百姓来投，士兵自然也就多了。
二、与宋议和，休战通商。忽必烈称汗不久后，立即派郝经为正使，何源、刘人杰为副使出使南宋，向南宋宣告自己已经成为蒙古汗国新任大汗，并提出在鄂州时的议和还要继续谈。
忽必烈这样做，是想麻痹南宋来拖延时间，自己好把主要精力放在对付阿里不哥上。同时为表诚意，忽必烈还适当放开了蒙古汗国与南宋之间的口岸，恢复通商贸易，并下令禁止边境守军擅自南下劫掠。这样做不但可以安抚南宋，还能从通商中获利以充实国库。古代打仗，打的就是钱粮，有钱、有米才能打胜仗。
三、重建怯薛，设立武卫。怯薛军是成吉思汗时期建立的一种禁卫军，由一千弓手、一千宿卫，八千散卫组成，这一万怯薛军直接听命于大汗，任何人都不能调动。蒙哥去世后，怯薛军也随之分散，大部分跟随蒙哥的灵柩返回哈拉和林，归附了阿里不哥，剩下一小部分投靠了忽必烈。
忽必烈任命博尔忽后人赤察儿、博尔术后人玉昔帖木儿、木华黎后人安童为新怯薛军统领，再加上蒙哥时期的怯薛长者勒蔑后人不花，组成新的“四大怯薛官”，再从下属蒙古千户中选拔贵族子弟加入怯薛军，恢复了怯薛军制度。
但是，新组建的怯薛军战斗力肯定不如阿里不哥手中那些久经沙场的老怯薛军，而且怯薛军都是由蒙古人组成，容易在阿里不哥的煽动下叛变，毕竟打断骨头连着筋，很可能哥哥在阿里不哥军中，弟弟却在忽必烈军中。都是一家人，真打起来怎么下死手呢？
所以，在汉臣们的建议下，忽必烈又参照中原王朝的制度建立了武卫军。武卫军的名字最早可以追溯到三国时期，当时曹丕曾建立武卫营守护宫廷。金国时期护卫京城的军队也叫武卫军，忽必烈的武卫军也是模仿金国建立的。
忽必烈的三万武卫军将士都是由汉军万户中的精锐组成，分别驻扎在京城东西两侧，专门负责守卫京师重地，可以和怯薛军互相牵制。
武卫军军官的人选也是很讲究的，总指挥李伯祐是董文炳和史天泽的姻亲，副总指挥刘复亨、郑江分别是严忠济、史天泽的部将，军中千户也是张柔、张荣等人的子弟与部将。忽必烈还在武卫军中抽调汉军贵族子弟组成宿卫营，类似怯薛军的宿卫。
武卫军的设立，弥补了新怯薛军战斗力不足的缺陷，还可以牵制怯薛军、控制汉军。这是阿里不哥所不具备的。
四、重用汉臣，扩编汉军。忽必烈称汗之初，麾下汉军的人数、战斗力都超过了其掌控的蒙军，是忽必烈手中的王牌。如果沿用之前的方式，还是由蒙军管理汉军，势必会使汉军将士的不满情绪加重，影响军队整体的作战能力。
所以，忽必烈提拔、重用了一批表现优异的汉臣、汉将，让汉臣治理汉地、汉将管理汉军。同时，忽必烈还在民间扩招汉军，组建临时签军。后来与阿里不哥的战事结束后，这批新签军又解甲归田，重新成为普通百姓。
忽必烈采用这些汉臣们的建议，使自己的实力在短时间内获得了大幅提升，在军事、经济上都超越了阿里不哥一大截。阿里不哥焉有不败之理？
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