在中国历史上，统治集团的内部互相猜忌提防，甚至以残杀来解决矛盾，这种政治瘟疫的传播必然导致统治危机。东晋南朝一个个小朝廷，大多都是因为这种瘟疫短命而亡。
西晋八王之乱的惨痛教训对于南朝的统治者是一个严重的警告，而东晋时权臣凌驾于皇室之上的情况，更是南朝皇帝的噩梦。
东晋皇权依靠世家大族的支撑，尤其缺乏皇室直接控制的军队，尽管仍然像西晋那样分封皇子为国王，或由国王出镇一方独掌地方军政大权，但绝大多数国王出镇只是在名义上掌握兵权，实际受制于权臣，还有几个国王是被权臣废黜甚至杀害的。如晋元帝的儿子武陵王司马晞颇有军事才能，为大将军掌握朝廷兵权，后来被权臣桓温诬告而废黜。
东晋后期的晋安帝是个白痴，从小到大就连季节转换天冷天热都说不清楚，全靠叔叔会稽王司马道子掌权。司马道子曾任都督掌管中外诸军事，他的儿子司马元显才16岁就任征讨都督，实际掌握朝廷的兵权。
但后来在讨伐桓玄的战争中大败，朝廷军队的主力北府兵将领刘牢之倒戈，司马元显及其6个幼子一同被杀，司马道子在放逐后被毒死。这样，防止皇族内部争斗和防止权臣篡权成为南朝时各个朝代的首要任务。
东晋灭亡后，南方相继由刘宋、萧齐统治。这两个朝代有相当多的共同之处。比如，两个朝代的开国皇帝都是素族出身，都是走从军道路而得以发迹，并都依靠军权篡夺政权。刘宋的开国皇帝刘裕（史称宋武帝）原籍彭城，祖上在西晋末年南迁京口。刘裕父亲只不过是个郡里的小吏，家中贫困。
刘裕本人是个无赖，史书上称之为“不事廉隅小节”，靠割芦苇换钱。乡里的豪强刁逵为社日（祭祀土地的节日）的仪式向大家收钱，刘裕拖欠了3万钱，被刁逵捆绑拘押，幸好东晋的琅琊王司马谧代他出钱偿还，才得以脱身。
后来投入刘牢之的北府兵，参与平定孙恩武装的战争，以军功逐步升为大将。刘牢之在东晋末年的政争中失败自杀，刘裕成为这支东晋朝廷最精锐部队的统帅，并且凭借这支武装最终颠覆东晋皇朝。
萧齐的开国皇帝萧道成（史称齐高帝）比刘裕的出身要高贵得多，他的高祖父从东海兰陵郡迁到江南的武进（当时设侨郡，称南兰陵），世代为小官，到他的父亲已官至太守，然而仍然只算是素族。
萧道成称帝后曾说：“我本布衣素族，当初从没想到会到这一步。”他小时候读过书，从师学儒经的“三礼”和《左传》，但后来弃文从武，15岁就进入军队当低级军官，在与北朝的战争及平定叛乱的内战中战功卓著，掌握了朝廷的兵权，最后发动政变建立自己的皇朝。
这两个开国皇帝都是在前朝皇帝与权臣、皇族与皇族的血腥厮杀中异军突起乘乱夺权的。他们都是在大权在握的情况下先废掉一个皇帝，拥立一个小皇帝后，再以“禅让”的名义改朝换代，而且都是在称帝后没几年就死去，宋武帝是3年，齐高帝是4年。
这两个朝代开国背景的相似，决定了对于统治经验的总结与汲取方面的高度一致性，形成了基本相同的政治指导原则。
这些原则就是：首先要防止东晋时皇帝大权旁落的历史重演，对于传统的世家大族保留其政治、经济等方面的特权，但政治决策权力收归皇帝亲自掌握。其次要保证军队牢牢掌握在皇帝手中，出镇一方、统管军民的都督尽可能不让权臣担任，尤其不让世家大族的官员出镇，而代之以皇帝的皇子皇孙；可又鉴于西晋八王之乱的教训，即使对于自己的皇子皇孙也不能完全放心，对于有可能取代自己的皇兄皇弟更是要千方百计地加以提防，甚至“先下手为强”。
总而言之，皇帝要时时刻刻提防各种潜在的、可能的威胁，尽可能把这些威胁都消灭在萌芽状态之中。皇帝不能相信任何人，哪怕是自己最亲的亲人。这样一来，这两个朝代政治的通病就是“猜忌”，而且这个政治通病成为南朝政治的传统，这两个朝代开创的一些政治措施也被南梁、南陈沿袭。
为防止东晋皇权旁落的历史重演，刘宋开始在朝廷政治中尽力排挤世家大族的势力，可是又不敢和士族阶层全面对抗，只得采取架空的办法。传统的朝廷要害部门如三公（太尉、司空、司徒，为最高级官员）、八座（尚书令、仆射、六曹尚书）、中书令等等官职全都照旧保留，仍然由世家大族的代表人物担任。
不过真正的决策部门已经转移到了皇帝周围一些侍香从性质的官职中。比如中书通事舍人，原来只是在皇帝周围替皇帝传达诏旨的九品低级小官，一开始是给素族出身的人准备的官职，后来才“士庶杂选”。
刘宋时开始任用中书通事舍人起草诏旨，参与机密，进而掌握决策权力，原来辅佐皇帝进行决策的中书令、尚书令、仆射等反而被排斥在决策圈子之外。中书通事舍人一共有4员，设有专门的办公机构，办公地点在皇宫内，每人住一区，有从事文书工作的令史。所有尚书省的文件资料中书通事舍人都有副本，俨然成为朝廷的中枢。又如侍中，原来也是皇帝的亲信侍从官职，刘宋时开始给亲信大臣侍中的官称，得以出入宫廷，参与机密决策，成为实际上的 宰相。
从刘宋开始，南朝各代皇帝与之商量做出决策的往往是一些寒素出身的亲信，在历史上称之为“寒素掌机要”。这是出于排挤士族势力的需要，同时也因为当时的士族子弟视高官厚禄为自己的囊中之物，大多居官无所事事，终日高谈阔论，文不能治民，武不能打仗。在皇帝看来，没有世家大族背景的人对自己更加忠心，更容易控制，即使滥用职权，收拾起来也方便，没有盘根错节的势力需要铲除。
比如刘宋孝武帝由藩王起兵夺取皇位，他任用卖布出身的戴法兴、“人士之末”的巢尚之等寒素为中书通事舍人，执掌机密，官职任命、重大案件、军政大计之类的事务都和这些人商量，决定处理的方针。
当时孝武帝的叔叔江夏王刘义恭为太宰录尚书事，按官职是仅次于皇帝的朝廷首领，可实际上权力被架空，反过来事事要听戴法兴等人的指示。孝武帝死后，太子刘子业登基（史称前废帝），虽然年已16岁，可戴法兴掌权日久，事事专断，皇帝的诏旨都由他一手包办。
没过多久，刘子业就觉得戴法兴实在是太跋扈了，他身边最得宠的太监华願儿向他密报说，民间都在传言皇宫里有两个天子，戴法兴是真天子，皇帝是假天子。又报告说戴法兴收受贿赂，家产千金，还养了几百名门客，朝廷百官都怕他，再这样下去，恐怕宝座就不是皇帝坐的了。刘子业立刻下令免去戴法兴的官职，接着又赐死。戴法兴临死一一封闭家中的钱财仓库，交代后事。想不到他死后第二天，皇帝又下令处死他的两个儿子，并把他的家产全部没收。巢尚之不像戴法兴那样胆大妄为，做了三朝皇帝的中书通事舍人，得以善终。
刘宋以后寒素掌机要成为南朝政治的惯例，几乎每一个皇帝都依靠寒素出身的中书通事舍人来办理政务。宋齐之交时，原来是卖字画出身的中书通事舍人刘係宗接连为宋明帝、宋后
废帝、宋顺帝、齐高帝、齐武帝、齐明帝6个皇帝服务，熟悉朝政典故，为皇帝出谋划策，处理事务都很恰当。萧道成发动政变时，死党王敬则先在宫内动手杀死宋后废帝（刘昱，历史上也称之为苍梧王）后，提着皇帝的脑袋去报告萧道成，萧道成把鲜血淋淋的脑袋洗干净，仔细辨认无误，才在第二天一大早带领亲兵进入皇宫，接管朝政。
值班的中书通事舍人酒醉糊涂，无法办公，萧道成招来刘係宗，要他起草各种公告文书以皇帝诏书名义发往朝廷各部门及全国各地，并对他说：“今天天地重开，是你效力的好时候。”刘係宗一个人口授，动用10个主书记录，20个书吏誊抄，圆满地完成了萧道成篡夺权力的程序，大得萧道成的赞赏。
后来齐明帝曾说：“学士（指士族子弟）不堪治国，唯大读书而已，刘係宗一个人足抵他们500个。治理国家他一个人就够了。”
史称南梁武帝“优惜土族”，和宋齐排挤士族势力有所不同，梁武帝开始以士族出身的周捨为中书通事舍人执掌机要20多年，但南梁的士族仍然抱怨梁武帝“爱小人而疏士大夫”。梁武帝在周捨死后又依靠寒素出身的朱异掌握机要事务。朱异是吴郡钱塘人，他的祖辈是庶族读书人，他的叔叔因为族人不慎烧了母亲的坟墓，就杀死族人为母报仇，这在当时被认为是孝行，皇帝下诏特赦。而族人的儿子又杀死他叔叔为父复仇，朱异的父亲再杀死族人的儿子为弟弟复仇。皇帝认为这都是“义事”，全都赦免。
朱异的父亲由此出名，还得以进入官僚阶层，当过一任县令。朱异少时博通经史杂艺，21岁上书朝廷，建议在建康设立单独的司法机构，得到朝廷重视，破例让他任官（当时规定25岁以上才可任官），后来被人推荐给梁武帝，梁武帝很是欣赏，称之为“朱异实异”，从此朱异就任中书通事舍人、侍中等职，执掌机要30多年。
他富于才智，批阅文件、起草诏旨一挥而就，深得梁武帝的宠信。但他收受贿赂，作威作福，对于朝中的显贵士族很不客气，说：“我是寒士出身，侥幸得到今天的位置，显贵们凭借他们祖先坟墓中的枯骨得到高官厚禄，看不起我，我要是对他们客气，就更要被他们轻视了。”因此引起士族的不满。侯景起兵反叛，就以讨伐朱异为名，兵临建康城下时宣布朱异的罪行，说如果梁武帝杀朱异就马上撤退。梁武帝和太子萧纲（史称梁简文帝）商量，太子说朱异的罪行是确有其事，不过这只是侯景的借口，现在就是杀了朱异，侯景也不会退兵，只会让人耻笑。梁武帝这才没有杀朱异。可朱异知道大势已去，又急又气，一病而亡。
直到南朝的最后一个朝代，寒素掌机要的局面依然存在。南陈后主时，重用家世“吏门”的施文庆及其朋友沈客卿为中书舍人（南梁时改中书通事舍人为中书舍人），掌握机要。两人都颇有才干，处理一般事务也很有条理，但遭到世家大族的忌恨。而以他们为首的一些陈后主的佞幸揽权纳贿，搞得朝政混乱。尤其施文庆、沈客卿对于军国大事缺乏处置能力，对于南陈面临的威胁毫无感触。
公元589年，北方的隋朝开始大举进攻，文武朝臣会议防务，可他们两个竟然不向陈后主汇报讨论的防务计划，只说这是北军常有的调动，只需边防将领处理就是了，不用兴师动众。直到隋军开始渡江，施文庆还想自己亲自指挥军队，排斥武官将领，导致根本就无法进行有组织的抵抗，被隋军各个击破，施文庆等人都被隋军统帅晋王杨广下令处死。
中央机要朝政由皇帝所信任的寒素掌握，对于各地的军政大员更是要派出皇帝的亲信前去监视。刘宋时开始向各地都督的军镇及各州派出由皇帝的亲信担任“典签”，专门监视都督及州刺史。典签原来只不过是处理文书的小吏，因为习惯上将各地官府办事的文书称之为“签”，前面写内容，最后写“某官某签”，典签顾名思义就是管理这种签的吏。
刘宋时鉴于东晋时地方都督经常要挟朝廷甚至起兵反叛的教训，改由皇子出镇重要地区；又为了防止西晋藩王起兵的历史重演，再派皇帝的亲信为典签，名义上是帮助皇子处理文书，实际上是监视藩王。以后又对所有的都督和刺史派典签进行监视。典签地位卑下，只能是寒素担任，其实际权力又没有明确的范围，有的与都督、刺史争权夺利，有的每年回京几次密报造谣生事。
孝武帝时功臣宗悫为豫州（辖境约今皖北淮河两岸）刺史监五州军事，孝武帝派亲信吴喜公为典签。吴喜公对宗悫的施政总是指手画脚，宗悫大怒，说：“宗悫年近六十，为国家出生人死，才得到一个如斗大的州，绝不能再和典签共管！”吴喜公吓坏了，连连磕头请罪，直到头磕出血来宗悫才放过他。宗悫是宋文帝的老臣，又是拥立孝武帝的功臣，所以有恃无恐，其他的地方大员就没有这样的自信了，只能忍受典签的制约，尊典签为“签帅”，典签由此“威重州郡”。
南齐沿袭刘宋的这项制度，而且实行得更加严厉。齐高帝时开始，凡年幼皇子出镇，一律加派典签和行事辅佐帮助皇子，从政事处置到生活起居，典签、行事都替皇子做主。南海王萧子罕想到王府东堂去游玩，典签姜秀不允许，萧子罕到母亲面前哭诉说：“儿想移动五步都不可以，和囚犯有什么两样？！”江夏王萧宝元为郢州刺史，部下送他一匹马，他想去看，行事刘暄说：“马有什么好看的。”王妃想吃炖肉，刘暄说：“已经煮了鹅了，不用再烧了。”
诸王不得擅杀典签，长沙王萧晃被典签压制，愤而杀死典签，齐高帝大怒，下手诏赐萧晃重杖一顿。鱼复侯萧子响被典签、行事告发，齐武帝派御史前去调查，萧子响害怕，杀死典签、行事，发兵阻止御史到镇。齐武帝听说后和戴僧静商量，说：“子响竟然敢造反！”戴僧静却说：“诸王都该造反。出镇如同被关押，想吃一段藕、想喝一碗羹，如果典签不在就要忍饥挨饿终日。诸州只知道有签帅，不知道有刺史。”萧子响终究被杀，典签制度也照旧施行。
南梁、南陈仍有此制。单纯的制度防范还不足以使南朝的大多数统治者放心，猜忌心更强烈的皇帝经常要采用更加直接的防范措施，那就是抢先消灭潜在的、可能的篡夺者。根据东晋的政治经验，最有可能的篡夺者是拥有兵权的权臣，如王敦、桓玄之流，而宋武帝刘裕本人也是由此而建立皇朝的。所以南朝有不少残杀无辜大臣的事例，最著名的就是宋文帝杀檀道济。檀道济是从北方南迁京口的移民后代，刘裕起兵平定桓玄叛乱时，檀道济投军效力，后来以军功从士兵升为将军。
公元416年刘裕发起北伐，檀道济为前锋，攻克洛阳，有人建议把俘虏全杀了以树威，檀道济不同意，说：“今天是吊民伐罪，怎么可以滥杀。”他此举大得民心，晋军得以顺利北伐。刘宋建国后，檀道济平定叛乱，抗击北朝入侵，战功卓著，为江州（辖境约今福建、江西两省及湖北、湖南各一部）刺史。430年刘宋北伐中原，先胜后败，丧失黄河以南地区。檀道济临危受命，都督北伐诸军，和北魏军队作战30余次，胜多败少，将北魏军队逐回黄河一线，后因粮食供应不上才撤退。
北魏军队害怕檀道济，甚至想用巫术害他。刘宋的北部边境得以维持稳定。檀道济威名远扬，帐下文武人才济济，7个儿子也是才能出众，朝廷却因此唯恐他是司马懿第二。当时宋文帝体弱多病，执政的彭城王刘义康怕文帝万一病死，无人能够制服檀道济，就把他召回建康，不久又以“附下罔上”的罪名逮捕下狱。
去抓檀道济时，檀道济怒发冲冠，目光如炬，喝了一斛酒后，恨恨地把自己的帽子扔到地上，说：“乃坏汝万里长城！”檀道济及其7个儿子都被冤杀。过了15年，北魏伐宋，一直打到长江边，扬言要渡江，建康震动。宋文帝登上石头城，遥望对岸北魏大军，不由得叹着气说：“要是檀道济在，怎么会到这种地步！”类似的冤案在南齐时也有。
宋齐之际，垣崇祖是和北朝作战的名将，他家是下邳（辖境今苏皖交界地区）的豪强，祖上曾做过前燕的高官，后归刘宋，仍守护淮河一线。垣崇祖少年从军，长期率领小部队在河淮之间游击，曾经以几百人马深人北朝防线700余里。萧道成称帝后对垣崇祖交待：“我新有天下，北朝肯定要乘机来进攻，其主攻方向肯定是指向寿阳。要守住这个战略要地，非君莫属。”垣崇祖受命担任豫州刺史，出镇寿阳。第二年北魏号称20万的大军前来夺城，垣崇祖筑堰拦截淝水，故意派几千人守寿阳北的小城，北魏大军猛攻小城，垣崇祖破堰放水，淹死数千魏军，垣崇祖立即出兵追杀，魏军大败。不久垣崇祖又强渡淮河，击败北魏军队，并在淮北组织屯田，积极准备北伐。垣崇祖一直自比白起、韩信，到这时人们才真正相信他确实有古代名将之才。
可是齐高帝死后，即位的齐武帝因为垣崇祖在他当太子时没有奉承他，唯恐这位名将起兵作乱，先是给垣崇祖加官晋爵，把他调回建康剥夺兵权，然后就诬蔑垣崇祖“凶诟险躁”“连谋境外”，处以死刑。武将遭忌，而文臣也不可放过。
刘宋时琅琊王氏子弟王景文以美风度、善清谈而著称，他的妹妹是宋明帝刘彧的皇后，王景文在明帝朝以名士兼外戚，在朝中很有号召力，宋明帝却因此对他百般猜忌。宋明帝病重，考虑自己的儿子年纪幼小，唯恐自己死后，皇后临朝，王景文以国舅身份自然担任宰相，而且王氏的宗族强盛，可能会篡位夺权，于是就派使者给王景文送去毒药，赐死王景文。并下手诏：“与卿周旋，欲全卿门户，故有次处分。”王景文为保全家太平，只得乖乖地饮药而亡。
不过与权臣相比，皇亲藩王对皇帝的威胁似乎更大。刘宋时，宋文帝自己就是由朝臣拥戴以藩王人京继承皇位的，所以对于藩王格外注意，确立典签监视制度。他身患“虚劳疾”，动脑筋久了就会头痛欲裂。为了平衡朝廷中过于强大的朝臣势力，他把弟弟彭城王刘义康召到身边主持朝政。生杀大事、人事任命都由刘义康做决定，宋文帝很少有异议。刘义康逐渐权倾天下，凡朝士有才能的都引入自己府内，天下供奉的贡物好的人彭城王府，差的送给皇帝，他府内的奴婢有6000之多。
有一次宋文帝病危，写遗诏要刘义康辅佐太子，刘义康回到府内对亲信说：“天下艰难，难道是幼主所能控制的吗？”宋文帝病好后有所耳闻，对这位弟弟不再信任，终于在刘义康主政的11年后，突然行动，一举逮捕刘义康的下属亲信，将刘义康放逐外地，名为出镇，实则软禁。
刘义康还盼望着回到建康。他信奉佛教，有一次慧琳和尚来看他，他问自己是否可能回京，慧琳回答说：“可惜你读书太少。”后来刘义康读《汉书》，读到淮南王刘安的传记，废书长叹：“原来古代就有这种事，我获罪是应该的。”可是宋文帝依然忌恨，当北魏打到长江边时，宋文帝唯恐有人会拥立彭城王作乱，派人送去毒药赐死。刘义康对来使说：“佛经上说人要是自杀的话来世不能投胎人身。”不愿自杀，结果被来使用被子闷死。
宋文帝开了刘宋皇室骨肉相残的先例，而他自己也被他那急于抢班夺权的太子刘劭杀死。刘劭才做了两个多月的皇帝，又被他的弟弟武陵王刘骏起兵攻杀。刘骏登上皇帝宝座（史称孝武帝）后，杀了6个兄弟，其中的竟陵王刘诞曾积极支持孝武帝，可却最被孝武帝忌恨。刘诞在其军镇广陵被迫起兵，孝武帝派大将沈庆之前去镇压，命令进行屠城，沈庆之请求放过身高5尺以下的百姓，总算保留了不少生命。
宋文帝的另一个儿子刘彧在以后混乱的政局中抓住机会登上帝位（史称宋明帝），更是以杀皇室子孙立威，竟然杀了4个弟弟、16个侄子（孝武帝的儿子）。后来宋明帝自己的12个（均系过继）儿子则被萧道成杀死一半。宋顺帝刘准被废黜时间会不会杀死自己，萧道成的亲信回答说：“你们祖上是如何对待司马氏的？”刘准痛哭，说：“愿来世不生帝王家。”
萧道成建立齐朝，想汲取刘宋的政治教训，他问儒者刘瓛怎样才能够长治久安，刘瓛说要想长治久安就要宽厚，刘宋就是因为残刻亡国。萧道成也知道自己能够推倒刘宋是因为刘宋皇室自相残杀，他临死时告诫太子萧赜（史称齐武帝）：刘氏不是因为骨肉相残，他族哪会乘乱夺位，你要牢牢记住。
齐武帝残杀了不少大臣，不过对自己的兄弟还算手下留情，他重用弟弟竟陵王萧子良及堂兄西昌侯萧鸾辅政。齐武帝死后，由皇太孙萧昭业即位，竟陵王萧子良不久就病死，大权落入萧鸾之手。萧昭业昏乱，当了一年皇帝（史称郁林王）就被萧鸾杀死。萧鸾又故意立萧昭业的弟弟萧昭文为帝，几个月后又杀死萧昭文（史称海陵王）自己称帝（史称齐明帝）。
萧鸾是齐高帝的侄子，小时候父亲去世，由齐高帝抚养长大。他称帝后，唯恐齐高帝、齐武帝的子孙来夺帝位，就接连进行残杀。齐高帝19个儿子，当时在世的8个都被他杀死；齐武帝23个儿子，当时在世的16个也全被他杀光。
他杀这些堂兄弟、侄子之前常常要焚香默祷，呜咽流涕，当晚就派军队包围王府，一路杀进去。把人杀完了，才装模作样地公布死者的罪名。
他当了6年皇帝，自以为杀光了自己子孙的潜在对手，却不料螳螂捕蝉，黄雀在后，权臣萧衍乘机而起，攻杀他的继任者萧宝卷（史称东昏侯），并且又把他的几个还在世的儿子杀光，萧齐皇朝改换为萧梁皇朝。齐武帝的儿子巴陵王萧子伦在被齐明帝杀死前说：“先朝杀灭刘氏子孙，今日之事，理数固然。”
在中国古代历史上，猜忌残杀是君主专制中央集权政治制度的通病，但像南朝刘宋、萧齐这样典型的事例并不多见。这可以说是当时错综复杂的社会矛盾的集中反映。南朝实力弱于北朝，在政治、军事上都受到北朝的强大压力；而南朝内部皇权与士族阶层之间、南迁士族与江南土著士族之间存在着重重的矛盾，皇权并不具有绝对的优势。
东晋以来绵延不断的政变内争甚至内战，消耗着统治阶级的力量，在统治集团内部散布着互不信任、猜忌提防的致命病毒。政局不稳使猜忌更甚，而猜忌残杀又导致政局更为动荡，恶性循环，造成南朝一个个朝 代都短命而亡。
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