《先行登记保存物品通知书》是证据保全措施文书，适用于食品药品监督管理部门在案件证据可能灭失或以后难以取得的情况下而先行保全证物时使用，具有强制性和执行性。它与《查封（扣押）决定书》有所不同。
第一，文书种类不同。《先行登记保存物品通知书》属于食品药品监管处罚法律文书，目的是为了保存案件证据。《查封（扣押）决定书》属于行政强制措施法律文书，目的是制止违法行为、防止证据损毁、避免危害发生、控制危险扩大等情形，依法对公民的人身自由实施暂时性限制，或者对公民、法人或者其他组织的财物实施暂时性控制的行为。就食品药品监督执法而言，主要是通过对物品（食品药品等）的控制，防止这些物品的危害性产生或进一步扩大。
第二，法律依据不同。食品药品监督管理部门制作《先行登记保存物品通知书》依据《行政处罚法》规定，而制作《查封（扣押）决定书》是依据《行政强制法》的规定和单行的食品药品法律法规，如《药品管理法》、《医疗器械监督管理条例》等。
第三，适用的情形不同。《先行登记保存物品通知书》必须在案件证据可能灭失或以后难以取得的情况下使用，在食品药品行政处罚过程中，该案件证据可能是具体的物品（食品或药品），也可能是与案件有关的其他资料（如当事人购、销假劣药品发票、合同等）；而《查封（扣押）决定书》只适用于《药品管理法》、《医疗器械监督管理条例》法律法规规定的特殊情形。
第四，期限及效力不同。《先行登记保存物品通知书》的有效期限为7日，食品药品监督管理部门应在7个工作日内对保存的证物作出处理决定：对当事人进行行政处罚或不进行行政处罚；对不需进行行政处罚的，必须在规定时解除先行登记保存物品。《查封（扣押）决定书》的有效期限根据不同的食品药品法律法规，有不同的规定。《行政强制法》第二十五条规定：“查封、扣押的期限不得超过三十日；情况复杂的，经行政机关负责人批准，可以延长，但是延长期限不得超过三十日。法律、行政法规另有规定的除外。”《药品管理法》第六十五条第二款规定：“食品药品监督管理部门对有证据证明可能危害人体健康的药品及其有关材料可以采取查封、扣押的行政强制措施，并在七日内作出行政处理决定。”
第五，当事人的权利不同。当事人对食品药品监督管理部门查封、扣押行政强制措施不服的，可以依法申请行政复议或向人民法院提起诉讼；但对先行登记保存证据措施不服的，则不存在这样的权利。
综上，《先行登记保存物品通知书》在食品药行政处罚中的作用并不影响食品药品监督管理部门依照《药品管理法》等法律法规行使强制措施权。对有权采取查封、扣押行政强制措施的，食品药品监督管理部门可以按照相关法律、法规规定执行。现行食品药品法律法规中没有规定采取行政强制措施的，如某单位无《药品经营许可证》经营合格药品的，食品药品监督管理部门对当事人违法行为经立案后，在决定行政处罚之前，可以采取先行登记保存物品的措施。
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