大肠菌群并非细菌学分类命名，而是卫生细菌领域的用语，它不代表某一种或某一属细菌，而指的是具有某些特性的一组与粪便污染有关的细菌。菌群的特点有，好氧及兼性厌氧，在37℃、24h能分解乳糖产酸产气等。它们主要来源于人畜粪便，通常可作为水体粪便污染的指标菌。除包括大肠杆菌属外，还包括肠杆菌科的肠杆菌属、枸椽酸菌属、克雷伯菌属。
大肠菌群指的是具有某些特性的一组与粪便污染有关的细菌，这些细菌在生化及血清学方面并非完全一致，一般认为该菌群细菌可包括大肠埃希氏菌、枸椽酸杆菌、产气克雷白氏菌和阴沟肠杆菌等。
大肠菌群是作为粪便污染指标菌提出来的，主要是以该菌群的检出情况来表示食品中有否粪便污染。
大肠菌群数的高低，表明了粪便污染的程度，也反映了对人体健康危害性的大小。粪便是人类肠道排泄物，其中有健康人粪便，也有肠道患者或带菌者的粪便，所以粪便内除一般正常细菌外，同时也会有一些肠道致病菌存在（如沙门氏菌、志贺氏菌等），因而食品中有粪便污染，则可以推测该食品中存在着肠道致病菌污染的可能性，潜伏着食物中毒和流行病的威胁，必须看作对人体健康具有潜在的危险性。
大肠菌群分布较广，在温血动物粪便和自然界广泛存在。调查研究表明，大肠菌群细菌多存在于恒温动物粪便、人类经常活动的场所以及有粪便污染的地方，人、畜粪便对外界环境的污染是大肠菌群在自然界存在的主要原因。粪便中多以典型大肠杆菌为主，而外界环境中则以大肠菌群其他型别较多。
由于大肠菌群指的是具有某些特性的一组与粪便污染有关的细菌，即需氧及兼性厌氧、在37℃能分解乳糖产酸产气的革兰氏阴性无芽孢杆菌。因此大肠菌群的检测一般都是按照它的定义进行。
中国采用的进出口食品大肠菌群检测方法主要有国家标准和原国家商检局制定的行业标准。两个标准方法在检测程序上略有不同。
国家标准
国家标准采用三步法，即乳糖发酵试验、分离培养和证实试验。
乳糖发酵试验：样品稀释后，选择三个稀释度，每个稀释度接种三管乳糖胆盐发酵管。36±1℃培养48±2h，观察是否产气。
分离培养：将产气发酵管培养物转种于伊红美蓝琼脂平板上，36±1℃培养18-24h，观察菌落形态。
证实试验：挑取平板上的可疑菌落，进行革兰氏染色观察。同时接种乳糖发酵管36±1℃培养24±2h，观察产气情况。
报告：根据证实为大肠杆菌阳性的管数，查MPN最大可能数表，报告每100mL（g）大肠菌群的MPN值。具体操作参见GB4789.3—94 《中华人民共和国国家标准 食品卫生微生物学检验 大肠菌群测定》
原国家商检局制定的行业标准
原国家商检局制定的行业标准采用美国FDA的标准方法，用于对出口食品中的大肠杆菌进行检测。
推测试验：样品稀释后，选择三个稀释度，每个稀释度接种三管LST肉汤。36±1℃培养48±2h，观察是否产气。
证实试验：将产气管培养物接种煌绿乳糖胆盐（BGLB）肉汤管中，36±1℃培养48±2h，观察是否产气。以BGLB产气为阳性。查MPN表，报告1mL(g)样品中大肠菌群的MPN值。
具体操作参见 SN0169—92 《中华人民共和国进出口商品检验行业标准 出口食品中大肠菌群、粪大肠菌群和大肠杆菌检验方法》
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