虽然针灸疗法具体的方法与操作技术颇为复杂，但其基本的治疗原理与经络学说有着密切的关系。
由于经络沟通人体各脏腑组织，故此，脏腑与组织器官在生理功能上就具有了紧密的联系。如果内脏产生了疾病，经络在相应的部位会有所反映，医生就可以根据经脉的循行部位与相应的脏腑的生理、病理特点，来进行辨别诊治。
我们已经知道，经络能够通行气血，沟通上下内外，联络脏腑形体官窍，感应传导信息，协调阴阳，同时又是病邪入侵和疾病传变的通道。在正常情况下，气血在经络中循环往复的运行是维持人体健康必不可少的条件，如果出现疾病，都必然会表现为气血的运行受到干扰或失调，由于经络有其循行路线与对应的脏腑器官，故此针灸疗法就是通过针刺与艾灸，刺激某些穴位，通过经气的传导作用和脏腑的反应来调整人体气血和脏腑机能，使之恢复正常，这样，疾病也就痊愈了。所以针灸的治疗原理就是“通其血脉，调其血气”。
由于针刺的原理在于调气血，故此施行针刺治疗时，格外强调针刺“得气”与疗效的关系。如果针刺之后，病人没有感到酸麻肿胀等感觉，或者医生没有感到针下沉紧涩滞的感觉时，说明没有得气，需要重新来过。如果下针之后，感到气至，一次就可以了。由于“得气”与否事关疗效，所以要求医生要全神贯注，注意候气、得气、守气及运针手法，强调静志候气是针刺手法的关键。
针灸疗法有“补法”和“泻法”之分。“补法”可以使人体的机能增强，“泻法”可以使病邪从体内排除。这也正是针灸疗法的基本原则。至于如何达到补与泻的效果，与针刺时的针灸手法有关，如进针缓慢而出针迅速是补，进针迅速而出针缓慢为泻。《内经》中总结了不少补泻的手法，如“呼吸”、“迎随”、“徐疾开合”等。
为了取得良好的疗效，针刺的时机也很重要，强调“因时施治”，主要包括“因季而刺”和“因月而刺”。前者主要是针对不同的季节人体易发不同病的规律；后者主要针对月球对人体生理活动的影响而设，在月廓圆的时候经脉气血充盛，月廓缺的时候经脉气血较弱，故此应该根据具体情况选择针刺手法与时机。
在针灸时选取合适的穴位至关重要，中医讲究“循经所过，主治所及”，也就是说哪一经的病就在哪一经来选择穴位。比如说属于肺经的疾病，主要就在手太阴经上来取。循经取穴只是基本的取穴原则，在面对变化多端的疾病时，由于经络循行有交叉纵横、错综分布的现象，所以要有所变通，灵活运用。比如说如果病人得了肝病，按照常理来说，是在足厥阴肝经上选取，但如果发现引发肝病的原因是肾病所引起，这种情况下不能单独治肝而要考虑治疗肾病，这便可能要在足少阴肾经上取穴了。自然，这里列举的例子都是为了说明问题而已，针灸临床中遇到的问题要复杂得多，但基本道理是一样的。针灸学在实践中总结出的各种取穴方法如三部取穴、十二经表里配穴、阴阳配穴等，都以经络的循行为依据而灵活运用的总结。
针灸疗法随着科技的进步也在不断地创新，比如目前广泛应用于临床的针刺麻醉，以及电针、耳针、头针、穴位注射等治疗方法，同样是在经络学说指导下创立和发展起来针灸疗法的应用。
经络的发现与针灸疗法的发明无疑是中医学对人类的一大贡献。虽然截至目前，经络的本质依然是个谜团，但是我们有理由相信终有破解谜题的一天，古老的科技与现代的科技相结合，一定能够焕发出更多的活力。
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