现代中医研究中的废医存药思路主要是因为两个因素：
最大的因素就是没有真正的继承中医的精髓，不知道中医到底说的是什么，只知道可以治病，但是怎么治病不知道，知其然不知其所以然，这样，在西医面前就容易出现盲目的崇拜，这是一种无知的学术研究。
第二就是在没有继承中医精髓的前提之下，不能真正的摆正中医的位置，在医学领域中没有真正的话语权，也就不能确定真正的生命医学的行业标准、评价标准。
目前的所谓中医药行业标准，严格的说，都是在西医行业标准之下派生和评价的子标准，一切都已西医的药理、毒理、分子生物学、病理学等知识体系来定的所谓行业标准，完全丧失了中医自身的发展规律，这就是一种异质性的转基因学术行为，所以就导致了马兜铃酸事件、凉茶事件、小柴胡汤事件、砒霜事件等等不符合西医评价标准的“违规”，这种削足适履的学术行为，不仅有中医人和机构自身的学术无知与无能，也有西医资本势力的一手遮天，及其在国内的代理人的龌龊行为（如钟网红）。这是中医丧失社会性地位、导致社会性死亡或社会性奄奄一息的根本原因所在。
其表现手法十分隐秘，它们利用中医对于中医学术本身的学术盲区，误导学术，偷换概念，指鹿为马，张冠李戴，培养代理人，培植傀儡，资本运作等等各种手段，其在学术层面的主要表现之一，就是废医存药。
关于废医存药，其主要形成背景有三个重要因素：一是受早于中国半个世纪而先接受西方科学技术同化的日本对当时中国在政治、经济、科学、文化、法律、制度、教育、军事、医学等等各方面的榜样作用，尤其是汉方医学的实证研究对国医的重要影响和强烈冲击；二是民国时期的中医在“国学大师”们取消中医、废除中医的大背景下，用西方科学手段以自救而采取的研究中医的实证方法；三是建国后，大量的西学中人员在没有完全掌握和领悟中医精髓的前提下，就集中去研究中医，而且这些西学中人员还是研究中医的主流，这就使得中医研究从一开始就没有一个好的开端和方向，以至于后来乃至现在的中医命运颠沛流离，历尽风雨……
江户时代初期，中国医书的内容，特别是《内经》《难经》及金元一书中的阴阳五行、脏腑经络，五运六气学说，以及药物的四气五味、升降浮沉、引经报使等理论，对于绝大多数日本医家说来，是十分费解的，故难于广泛传播。
因此，曲直濑道三等后世派医家在编纂医书时，省去了许多中医基础理论，使中国医学切合日本学者的思路。
江户时代刊刻了大量的医方口诀书，其中有不少是后世派医家编纂的。如后世派学者长泽道寿编纂的，经门人中山三柳增补，又经北山友松子附注的《医方口诀集》(3卷)，就是这类口诀书的代表作。这类口诀书的内容，多参合古今，融己经验，对各种方证的辩证论治要点，及方剂的加减化裁原则，进行高度的总结和概括，切于临床医家实用。
时至今日，许多日本医家仍在运用这种口诀学习、运用汉方。由于日本汉方医学不好理解中医的基础理论，只是识药辨病，这就在无形中开始了汉方医学“废医存药”“方证相对”的肇端。
继名古屋玄医之后的后藤艮山对当时的曲直濑道三流派持否定态度。他摒弃了传统的病因病机学说，提出“气滞”是导致所有疾病的原因，从而提倡“一气滞留论”。其治法也是根据这个学说而确立的。并且他大胆提出了反对中医学的五行学说和脏腑学说的观点，理由是这些学说属于没有根据的臆测和空论。因此，后藤艮山所倡导的医方复古，主要是否定中医理论，其中包括《内经》《难经》的中医基本理论，以及明清时代已系统化的中医辨治理论体系。并且后藤艮山倡导的这些学说与曲直濑道三提倡的察证辩治，以及中医学的辨证论治均有着根本的区别。使日本的“废医存药”“方证相对”的历史又进一步深化。
山胁东洋(1705-1762年)继承了其师后藤艮山的衣钵，在汉方的临床和理论研究中愈发注重对“实证”的考查。山胁东洋的医事医迹颇似中国清末名医王清任。他认为中国古典医籍中关于人体结构和机能的学说是概念上的而缺乏实证，从而为了弄清实际的人体结构亲自参与人体解剖，并作《脏志》一书述其所见。山胁东洋的后人在做尸体解剖的同时，又从事西洋解剖书的翻译，并以此为开端，逐渐接近和接受西洋医学。山胁东洋在亲自观看脏腑的基础上得出了“物先理后”的结论，他在《脏志》中说：“理或可颠倒，物焉可诬？先理后物，则上智不能无失。试物载言其上，则庸人有所立也”。
有日本学者将山胁东洋进行人体解剖的意义归纳为十条，其中的三条是：确立了“物先理后”的实证医学思想；否定了传统中医的五脏六腑说，证实了西医解剖的正确。山胁东洋的门人永富独啸庵，也积极主张将荷兰医学（所谓兰医）的某些内容融进汉方医学之中，并向人进行西方医学启蒙教育。这些，为日本汉医“汉兰折衷”思想的发展开了先河。也使现代中医意义上的“废医存药”“方证相对”达到一个新阶段。
古方派的另外一位代表人物——吉益东洞，也是古方派中颇具影响力的人物，他力倡“实证亲试”，注重实效，竭力反对理论上的“穿凿附会”。斥责一切不问是非，不可证实的理论为“空谈虚论”。如他认为阴阳五行为“天事”，不可测度，不能实见，乃是与“人事”无关的“空洞理论”。
他曾于其著述《古书医言》中这样说道：“余尝继父祖之业，既欲行之，无规矩准绳，以臆传之，固不可为，于是乎广寻医之可以为规矩准绳者矣。而汉以降，疾医之道熄而不炳，阴阳之医隆而不息。夫阴阳医者，以五行为医之规矩准绳，滔滔者天下皆是也。盖阴阳五行者，造化之事，而非人事也，何以为是为人之疾病之法则哉。”
继而又说：“呜呼，甚矣吾之愚，世咸为之，我独不能，惟茫茫然如望大洋，无奈之何。己而奋发曰，书不言乎，学于古训有获？于是乎，涉猎汉以上之书，至《吕氏春秋》‘尽数’、‘郁达’二篇，拍节仰天而叹曰，噫！圣人之言，信而有征，是治病之大本，良又万病为一毒之枢机也。”因此，在否定中医学基本理论的同时，吉益东洞根据《吕氏春秋》等书之说，提出“万病一毒论”。
认为病之大本为一毒，饮食过度、水谷浊气留滞皆可造成“郁毒”，情欲妄动、感受外邪，与腹中原有的内毒相结合，皆能致病。万病既都本于一毒，故治病即在于去毒。药物也是毒，以毒攻毒，毒去则体安。
他的这些医学思想，对当时乃至近现代日本汉方医学的发展都产生了极为深远影响。不过，随着“物先理后”、“亲试实验”的实证精神成为古方派医家的宗旨，古方派因此而成为日本传统医学的主流，但也自此迎来了自己的衰落。
这些“日本本土化”的中医从一开始，就踏上“废医存药”的路子，越走越远，越走越歧。虽然经过明治维新取缔，但百年后的“日本化”中医仍是以“废医存药”“方证相对”的模式开启了现代中医的研究脚步，即使经过“小柴胡汤事件”后，仍是没有警醒，继续歧路前行。
同时也大大影响了中国的现代中医、中药现代化的“废医存药”“方证相对”研究方向。
一步错，步步错。
日本全面西化始于明治维新时代，而后迅速强大起来，其西化时间领先于中国开始大面积接受西学的辛亥革命时代早半个世纪之多。明治维新之后，日本继承的中医学被称为“汉方医学”、“皇汉医学”，现代又多称之为“东洋医学”。
汉方医学曾于明治维新之际遭受重创而濒于灭亡，自五十年代初开始复苏，到八十年代已取得了长足的进展。近几十年来不仅在应用、开发的广度和深度上显示出相当的实力和优势，而且在基础药理研究方面取得了不可忽视的飞跃。但这些“成果”都是在“废医存药”的逻辑上取得的，而且为中国的现代中医研究起到了引领与榜样的作用。
中国的现代中医研究几乎是在亦步亦趋的重复着日本汉医研究的路子，可以称之为好学生。
日本自1895年汉医界遭受毁灭性打击后，经过30余年的黑暗时期，在昭和初期逐渐形成一支有组织的队伍。这支队伍中老一辈汉医为数甚少，多数是从西医院校毕业后自愿攻读和研究汉方医药的年轻一代。他们在昭和初期有组织地开展汉医救亡活动和学术研讨活动，创办汉医团体和汉医刊物，开展争取汉医合法地位的请愿活动和旨在复兴汉医的各项事业。如，和田启十郎作为近代西医中最先倡导汉医复兴的有识之士，于1910年写成《医界之铁椎》呼吁复兴汉医。近代汉医汤本求真，就是追随和田启十郎而走上汉医之路的。
同样，中医在日本取消汉医的影响下，经历了民国五次取消中医的劫难后，于建国后开始迎来了中医研究的所谓“春天”。
日本东洋医学的基础研究，在学术上的一个突出特色，就是在相当程度上考虑到应用的需求。
这方面的例子很多，以国家统一的研究规划为例，证的研究，汉方药的研究，确保生药资源的研究，都是如此。上世纪五十年代初期，日本著名学者石馆守三博士在视察美国归来时的汇报讲演中曾说：“美国的制药事业和药学研究是了不起的。从他们的研究经费看，从他们研究人员的数量看，到底不是我们这样贫弱程度所可及的。日本人在技术、努力程度和头脑方面，决不次于他们。然而，若朝着同一方向，总是在人家后面追赶，日本想对世界文化作出起主导作用那样的贡献，那是达不到的。我们一定要在以东方独特的体质医学、体质预防为基本方针的汉方医学的基础上，通过对汉方生药的研究来创造日本的新医学，以对世界医学作出贡献。”此后几十年，致力于汉医振兴事业的专家、学者所做的多方面研究，在一定程度上体现了石馆守三博士倡导的发展目标。特别是七十年代以来，东洋医学进入了高速度发展的时期，在运用现代多学科技术开展研究方面，取得了许多成果。
自七十年代初开始，日本各地陆续成立了一些力量充实、设备先进的东洋医学专门研究机构。日本东洋医学的基础研究，基本是从七十年代中期开始列入国家统一规划的。如：1975年7月，厚生省医务局以实现东洋医学的系统化、实用化为目标，组织了有关东洋医学基础、临床综合研究的研究班，为期三年，投入500万日元。七十年代末期，日本科技厅不仅统一规划东洋医学基础临床研究的重大项目，而且直接调控，具体组织实施项目的研究内容。如：1979年11月，科技厅正式制定了“证与经穴的科学证实、确保生药资源”的汉方医学基础临床综合研究的长远规划，为期五年，投入10亿日元。研究中把“证”作为重点攻关项目，把“瘀血证”作为主攻目标。同时开展了以活血化瘀方药为主的汉方药研究、针灸作用机制研究、确保生药资源的研究。此外，包括癌症在内的各种难治疾病的研究、老年病研究以及有关“未病”的研究等。
而我国的《国外医学》杂志的中医中药分册，其中内容大多翻译自日本汉方医学的研究资料，这些日本汉方医学的研究思维和逻辑对现代中医界废医存药起到巨大的导向作用。
1990年，日本厚生省规定，只对取得西医资格者授予汉方诊疗资格，换言之，日本中医师(和汉医师)没有法定地位。事实上，日本迄今没有一所正规中医药高等院校，仅1982年开办了一所明治针灸大学；1991年日本与北京中医学院合办的“北京中医学院继续教育日本分院”是日本中医药的唯一最高学府。也就是说，日本的政策是“废医存药”，汉方制剂由西医大夫对病使用而非辨证使用，日本80%西医大夫都使用过汉方制剂。
上世纪八十年代中期又从日本传出“日本汉方医学5至10年将超过中国”之豪言壮语。究其原因，不外乎为日本对于日本汉方颗粒剂以其制作精良、包装讲究、服用方便而蜚声亚太地区所激发出的信心。时隔不久，日本发生了“小柴胡汤事件”。回想一个多世纪以前汉方医学救亡斗争之惨状，我们不能只感慨于汉方医学的没落，现如今日本希望重拾起旧日曾一度辉煌的汉方医学，而努力之一(汉方制剂的研究)的结果却是“小柴胡汤事件”带来的沉重打击。细细想来，我们发现，在现如今中国现代中医研究的某种发展方向中，也频频看到以“废医存药”的类似方法研究、发展中医的阴影。
延续了几千年、为中华民族的繁衍健康作出贡献的中医学毕竟确有其可靠的疗效。这一点即使是当时批判中医的人也有相当一部分都不得不承认，但他们却将中医的疗效都完全归结为中药的功劳，而对中医理论则始终持反对的态度。这也成为后来“废医存药”派的主要理由。如郭沫若曾说，“我反对中医的理论，我并不反对中药的研究”，“我对于中药的研究，不仅不曾反对过，而且认为他有极光明的前途”。就连批判中医最为激烈的余云岫也认为“欲保存国粹，于方药尚有一线希望”。
建国后国内的“废医存药”派的另一个重要背景就是西学中。
1954年6月毛泽东指示开展西学中，并设想西医学习中医后“就可以把中西医界限取消，成为中国统一的医学”。开展西学中的目的是继承发扬祖国的医学遗产，目标是“创造中国新医学”。1958年毛泽东又指出，离职西学中的培养方式将产生“中西结合的高明医生”，使这个构想进一步具体化。此后，“中西医结合”作为替代“创造中国新医学”的专用名词而成为西学中的直接目标，西学中成为培养“中西医结合”人才的主要途径。1960年2月22日至3月4日，卫生部在北京召开全国西医学习中医经验交流会。卫生部副部长徐运北在会议总结提出，今后中医工作要以西医学习中医为中心，带动中西医结合临床治疗、整理研究等各项中医工作的深入开展。至此，西学中纳入了中西医结合工作。
1956-1984年全国离职西学中人数一览表
需要指出的是，西学中人员带来的西医学的思维方法和实验方法对此后中医学术研究的思路和方法造成了很大的局限和影响，使中医的传统诊疗特色受到了很大程度上的负面冲击。
西学中运动，为中国培养了一大批西学中人员，他们经过正规医学院校的学习，拥有西医学的知识和现代科学研究方法，经过学习，又了解和掌握中医学的知识。他们把现代科学研究方法和技术手段引进中医学术领域，并在此后数十年的科、教、研都沿续和使用了这样的方法，极大地影响着以中医学为对象的科学研究。
在一个特定的历史时期，西学中对于中医的科学认识和总结，在科学性、实证性上起到了一定的积极作用。建国初期中医刚刚参加医院工作，缺乏在现代医院体制下开展中医临床和科研工作的经验，西学中人员的加盟，带领中医开展临床、科研、教学工作，为中医学研究工作带来了新的气象。
全国第一届离职西学中班的学员吕维柏，毕业后运用中医中药进行肝炎和艾滋病研究，开展了我国运用中医中药治疗艾滋病的早期研究工作。全国第一届离职西学中班的周霭祥，从事中医和中西医结合血液病研究工作，从中药砒霜中提取砷剂治疗白血病取得了初步的成功。还有其它许许多多的西学中人员，如肝胆病专家俞荣青、王宁，骨科教授段胜如、李祖漠，舌诊专家陈泽霖，肾病专家黄星垣等等。他们经过努力，大多数成为各个现代中医学科的技术骨干或学科带头人，带动了现代中医学科研的发展。
上世纪五十年代以中医结合临床化验为主，并开展临床病理学，冀以说明疗效，探索机理。六十年代初期，上海邝安塑率先研制肾阳虚动物模型，开现代中医理论实验研究的先河。继后，上海第一医学院姜春华、沈自尹等以动物模型研究阴阳，上海中医学院和上海第二医学院研究研制肾阴虚，天津南开医院以动物实验研究通里攻下，清热解毒等法。1958年上海发明针刺麻醉以后便开展针麻原理的研究。七十年代初，针刺麻醉传至欧美，也引发了国外学者对针麻原理研究的兴趣，并侧身其间。六十年代中国中医研究院成立经络研究所(此所在文革以后并入针灸研究所)，用电生理、神经解剖、内分泌检测、放射核素等方法研究循经感传现象，探索经络与脏腑体表相关及经络的物质基础。对此，一些国外学者也兴之所至，应者云集。
1979年中国中医研究院成立中心实验室，又在此基础上于1985年成立基础理论研究所，标志着中医基础理论研究有了专门的研究机构与队伍。该所运用动物实验方法、理论方法和多学科方法研究中医理论。
现代中医认为，动物模型方法是通过实验探索理论的重要方法之一。通过所建立的动物模型来认识病证规律和筛选方药，使中医学理论研究具有可实验性。中医学理论如藏象、经络、气血等以重神道略形器为特征，如何对看不见、摸不着的抽象藏象进行实验研究实非易事，现代中医的专家大佬们根据类比的原则，以实验动物为中介，建立反映某一研究对象本质特征及规律的模型。
现代中医动物模型的研究，为现代中医走入西方实验医学的领地又开辟了一条歧途。六十年来在中医学实验研究方面进行最多的是建立各种“证”的动物模型。继上海研制阴阳和肾虚动物模型以后，七十年代末北京中医学院与北京师范大学张启元等先后研制脾虚动物模型，当时尚有山西医学院用腹腔血凝块做为瘀血模型研究宫外孕药理(1974)，上海第一医学院的高分子右旋糖酐微循环血瘀模型（1977)。肾虚、脾虚、血瘀三种模型为中医动物模型的先导。八十年代以后，研制动物模型递相增益，如湖南医学院的肝郁模型，第二军医大学的温病卫气营血模型，上海第一医学院梁月华的大鼠热证、寒证动物模型，北京中医学院贵长恩的血虚动物模型等等诸如此类的西医逻辑的中医模型。
迄今为止，关于各种证的动物模型已逾300余种。但是，由于动物模型的局限性，如造模动物系以哺乳动物为主，如鼠、兔、猫、狗等，以及大型高级动物如驴、猴等，因其所表述的主要是生物医学方面的特征，加之中医的理论概念有待于规范化，使现代中医所研制的动物模型与中医人体病证脉候相去甚远。
证是现代中医对疾病的认识，在五十午代后期，证的研究就受到广泛的重视，其研究涉及到证的概念、证的实质、疾病的辨证、宏观辨证与微观辨证、辨证与辨病结合及证的规范化等等。关于证的概念，在五十年代以来就有不同的说法，如朱颜的症候群说，岳美中的证据说，陆广莘的界面说等，航天医学研究所张端钧提出了“证是人体病理性功能态”的见解等等。
综其所见，是从群的、时间、空间、动态的观点审视疾病。关于证的实质的认识，侯灿指出，应从组织结构和代谢病理改变来认识证的实质。陈泽霖等人通过病理尸检研究，指出中医的证，具有病理学基础。各研究单位和作者们，对证的规范化进行了尝试。云南中医药研究所张震等人，对古今中医文献进行了调查整理，统计出中医的证有525个。
在诊法研究方面，六十年来较重视四诊客观化，特别是脉诊和舌诊，还研制了多种脉象仪和舌象诊断仪等，冀求定性、定量、规范，但都是不得其法。近年又有经络诊断仪等。结合耳穴的研究，耳诊得到发展，并因可实现诊治一体而得到推广。关于治法，姜春华治热病提进了“截断扭转”，先证而治，超越卫气营血的顺序用药。在诸多治法中，直接将中医的灵活多变的治法简化为活血化瘀、通里攻下、清热解毒、扶正培本几种而已。
可以看出，现代中医的研究取向、路线、方法不明确，时而倡中医科学化，时而指中西医结合为唯一，时而又言中医现代化。但总之是在西医逻辑背景下研究中医，其后果就是以现代医学逻辑的重实证、重分析方法逐层蚕食中医理论与临床，使其最后只剩下一堆类似西药的植物药的化学成分、分子结构、化学单体、药理学作用、药代动力学等等。
效仿日本的汉方医学实证研究、西学中的实证背景，内因外因在这里汇合于传统中医的研究，其后果可想而知……就是我们现在看到的不齿现实。
这种“废医存药”的逻辑极其隐秘的深藏于中西医结合、中医现代化、中医科学化的各种口号中，以至于长期以来，现代中医界人士已经形成一种用西医思维逻辑研究中医的习惯和本能，知道有些不对劲，但是哪里出问题了也不知道，很多中医药研究结论虽然是源于中医，但其成果几乎难以回归到中医理论体系之中。
“马虽良,此非楚之路也。”
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