GEO多套数据合并进行分析的确可以增加样本量，并能找到其他新的研究方向。在实际合并的过程中，为了尽可能减小不同套数据的差异，质控（归一化、PCA、Cluster）就显得尤为重要。很多时候我们会碰到PCA或者Cluster的结果特别杂乱，明显重复性特差，这个时候我们可以考虑不对原始的表达数据合并再筛选差异，而是各自进行差异筛选，然后对共有的差异基因进行下一步分析。
首先我们先将各套数据筛选出来的差异列表上传至omicsbean(
http://www.omicsbean.cn)，使用其中的小工具进行Venn分析。
点击右下角“launch”即可得到下图（示例图片），我们可以看到两组差异列表中共有17个差异基因，其中9个在两组中表达模式是差别较大（一组中foldchange上调，一组下调），我要取得是同时上调或者同时下调的8个点（17-9），进行下步分析。
选择“A,B_nodiffGene”，点击“run”，即可对这8个基因做功能富集。
功能富集部分结果展示
本站仅提供存储服务，所有内容均由用户发布，如发现有害或侵权内容，请
点击举报。
