母公司向政府支付的土地价款如何在子公司（项目公司）进行扣除？假如前期满足条件，但后期进行增资或股权转让是否存在税务风险，应如何处理？
母公司出钱，《土地使用权证》办在子公司名下，营改增前就大量存在，营改增前营业税没有三流一致的说法，营改增后给增值税出了难题，“资金流”政府没收取子公司的钱，“实务流”土地办在了子公司名下，土地投资协议应该是政府与母公司签订的，最后出让合同却有子公司的份。这说明政府不是税务局一家的，税务局可以以票控税约束企业，却难以约束政府有关部门。
一、契税的文件。
《财政部、国家税务总局关于企业以售后回租方式进行融资等有关契税政策的通知》（财税〔2012〕82号）规定：“以招拍挂方式出让国有土地使用权的，纳税人为最终与土地管理部门签订出让合同的土地使用权承受人。”
“最终”表示之前的都不算纳税人，最后的哪一个才算纳税人。不管票据开给了谁，谁最终签订正式合同谁是纳税人。
二、增值税的文件。
《财政部、国家税务总局关于明确金融、房地产开发、教育辅助服务等增值税政策的通知》（财税〔2016〕140号）规定：“房地产开发企业（包括多个房地产开发企业组成的联合体）受让土地向政府部门支付土地价款后，设立项目公司对该受让土地进行开发，同时符合下列条件的，可由项目公司按规定扣除房地产开发企业向政府部门支付的土地价款。
（一）房地产开发企业、项目公司、政府部门三方签订变更协议或补充合同，将土地受让人变更为项目公司;
（二）政府部门出让土地的用途、规划等条件不变的情况下，签署变更协议或补充合同时，土地价款总额不变；
（三）项目公司的全部股权由受让土地的房地产开发企业持有。
显然增值税如契税政策规定一样，给了放松的口径，暂时先不管票据是开给了母公司还是子公司。只要你能符合以上条件，就算做你的土地成本，可以抵减销售额计算增值税。
A母公司与政府签订土地投资协议，但是政府要留下税收，要求A母公司招拍挂成功后要成立项目公司来开发，A母公司参加招拍挂就要先交纳保证金，竞拍成功后还要分次缴纳土地出让金。
但是A1项目公司没成立，只能A母公司缴纳，票据也只能开具A母公司的抬头。A1项目公司成立后，若找政府土地部门换票据，更改为A1项目公司，很少有人给予配合，这就是事实。先交钱让政府晚点开票行不行？政府还不干呢，再说也不符合企业资金使用的管理要求。所以，营改增了，只能继续网开一面，允许作为土地价款计算增值税。
还有人问笔者，这种票据不一致的情形可否做为土地增值税“取得土地使用权所支付的金额”计算土地增值税扣除项目？笔者的观点是清算土地增值税，没有“土地”还叫什么清算呢？增值税都可以了，土地增值税应该更可以，企业所得税也没有问题、
有问题的是——A母公司取得土地了，也注册项目A1项目公司了，注册完成后干不下去了，或者根本就不想自己开发，想股权转让掉或者吸收外部投资合作，还能否作为项目公司土地价款计算增值税呢？
笔者感觉够呛，风险不小！套上“项目公司的全部股权由受让土地的房地产开发企业持有。”这一条紧箍咒，无论如何操作，直接损失土地价款10%增值税。
目前笔者没有看到有口径放松的说法，笔者也认为不合理，只能继续关注继续等待。
如果非要问笔者如何处理，则只能建议您多设几层公司，符合这个文件要求即可。
当然，笔者说的都不算，为避免税收风险，具体业务应以主管税务机关意见为准。
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