东亚同文会声称要在众列强的虎口下“保全中国”，日本对此也做出了某些“友好”的姿态，其外务省表示日本愿意接受大清留学生并支付经费，可这“友好”，中国是要付出巨大的物质代价和情感代价的。
在当年，被东亚同文书院麻痹、对其麻木的中国人，不管在朝野，还是鸿儒与白丁，志士与百姓，比比皆是。
“调研班第46期”学员丸山文彦，后来在接受日本学者采访时说：
我在上海时认识了武汉籍中国学生李清音，我告诉他假期要到武汉做考察调研，他邀请我到他家做客。我到了武汉，受到了李的父母热情招待。同时在他们的帮助下，所有考察工作都顺利完成。
有些川江船只的名字很拗口，他们就写下相应的中文名称，让我以后慢慢翻译。李的妹妹，还帮着我描画这些船的外形。有些地方他们找不到，就到处托人打听，请人给我带路。在那一届调研班所有学员里，我的任务完成速度名列前茅。
冉启明是曾在川江木船上工作过的船工，他曾向来访的记者回忆了抗战前的一段往事：
那是一个年轻的日本学生，他要坐我们的船从龚滩进贵州。当时县上的长官把他带来，说是“中日友好考察”，有五块大洋的辛苦费，这不是个小数。那个学生穿黑衣服，表情总是严肃，一路上坐在船头画着东西，画的什么也看不懂，弯弯曲曲的，像河流。因为语言不通，平时我们都很少说话。只记得最后到了贵州，船停了岸，他把我们的船仔仔细细、从里到外看了个遍，然后画在本子上，走了……
冉启明驾驶过的木船，当地百姓称“歪屁股”，在《中部支那经济调查》一书里有准确的记录。诚如那名“县上的长官”所说，这是“中日友好考察”，1900年至1931年期间，中国各级地方政府一直周到、热情地给东亚同文书院学生调查旅行颁发旅行许可证。政要名人康有为、孙中山、黎元洪、段祺瑞等，纷纷为书院调查旅行题词。
1913年，孙中山游历日本时，在东亚同文会为其举行的欢迎会上，他说：“昔当敝国危急之秋，首倡保全中国者，自东亚同文会始，前会长故近卫公，现会长锅岛公爵及会员诸君，皆以热诚图东亚之幸福。名之所至，实亦副之。”
直到1931年“九一八”事变后，东亚同文书院的调查旅行，才遭国民党政府封杀。1937年卢沟桥事变后，其学生调查旅行只能在日本占领区内，借助侵华日军及日特机关的帮助继续进行。
书院的学生们在一手握笔的同时，也常常一手拿枪。1932年，“一·二八”上海事变时，应日本驻沪总领事的要求，书院派出五十余名学生为日军做后勤服务。1937年，上海“八一三”抗战期间，应日军要求，该院曾派出多名学生出任随军翻译。此后，时任该院院长的大内畅三极力鼓动学生参战：“我们忠勇义烈的军队，在中国语言不通，不熟悉地理，很不方便，你们书院学生要发挥作用，去做军事翻译或后勤勤务，为祖国做出应有的贡献。”
该院学生大规模地加入了日军侵华队伍。仅1941年，该院学生编成4个中队，参加侵华战争。两年后，因日军前线兵员紧缺，该院学生又有300余人加入日军，甚至连教授也应征入伍，大多数成为战场上的炮灰。
此外，书院的毕业生大量进入日本侵华机关中工作。据1938年的调查，该院2684名毕业生中有1487人留在中国，其中415人在日本侵华机关和伪满及蒙疆机关中服务，剩余的均在日本在华企业、银行、商务等部门工作。
作为在中国同以民间社团为面目的两个最大的情报组织，该院同“满铁”有很深的关系，从第一期起，它的毕业生几乎每年都有在“满铁”就业的……
正如《略论东亚同文书院的中国调查》一文所说：“东亚同文书院在日本侵略中国的历史上，担当了政治、经济、军事侵略的先锋作用，它的历史已成为日本侵华史的一部分。”
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