三藩之乱是清朝初期三个藩镇王发起的反清事件。三藩是指平西王吴三桂、平南王尚可喜、靖南王耿精忠。
清廷入关后，为对付李自成农民军和南明政府的反抗，封云南的吴三桂、广东的尚可喜、福建的耿精忠为藩王。
康熙十二年（公元1673年）春，康熙皇帝作出撤藩的决定。这年十一月，吴三桂首先杀云南巡抚朱国治，自称天下都招讨兵马大元帅，提出“兴明讨虏”，将矛头指向清廷。吴三桂军由云、贵而开进湖南，几乎占据湖南全省。进而占据四川，四川官员纷纷投降。
福建、广东、广西、陕西、湖北、河南还有台湾的明郑等地，都有汉官、汉兵和少数民族上层人士，一些地区的农民、奴仆都迅速响应。
此后，吴三桂在湖南沿江布置防御工事，不再向北发展，康熙抓住机会，调整战略、安排兵力。他首先坚决打击吴三桂，而对其他的反叛者却实行招抚，通过分化力量而孤立吴三桂。军事上，仅以湖南为进攻的重点，同时，充分信任汉将，鼓舞清廷军队的士气。
在耿精忠、尚之信归顺清廷之后，吴三桂于康熙十七年（公元1678年）在衡州称帝，立国号周，建元昭武，大封诸将。
其实，这时吴三桂已到了穷途末路。他积郁而死后，将帝位传给孙子吴世璠。
康熙二十年（公元1681年）冬，清军进入云南昆明，吴世璠自杀，历时八年的三藩之乱被平定。对于清廷来说，是确立稳定的皇朝统治的标志。
清朝初年，由于清朝统治者力量尚不足以直接控制南方各省，因此，将汉人降将有功者，分封管理一些南方省：吴三桂封平西王，镇守云南，兼辖贵州；尚可喜封平南王，镇守广东；耿仲明封靖南王，死后，其子耿继茂袭封，镇守福建。上述三方势力，合称三藩。三藩在所镇守的省份权力甚大，远超过当地地方官员，并可掌控当地军队税赋等。
三藩的建立和其势力的养成，是清廷利用明朝降将平定及镇守南方的结果。清廷入关之后，因为八旗兵力不足，为了对付农民军和南明朝廷的反抗，不得不依靠明朝的降官降将充当前驱，从事招抚及武力镇压。
在明朝降将中，以孔有德、耿仲明、尚可喜、吴三桂四人替清朝出力最大，所以，均受封为王。他们所率领的军队成为八旗以外的重要力量，在满清入关后，为其效尽犬马之劳。
经过二十年的斗争，抗清农民军失败了，南明政权也垮台了。这时，清廷把八旗基本力量放置在北方，以保卫京师及驻防各重要城池，而南方就暂让给吴三桂等去镇守。吴三桂驻云南，尚可喜驻广东，耿精忠（耿仲明之孙）驻福建，这样便形成了三藩。
三藩之外，还有一个孔有德。但是，孔有德在同农民军李定国作战时，失败自杀于桂林，其子也被李定国所杀，所以，无人袭封，仅有一女孔四贞，嫁给孙延龄，清廷即以孙延龄为将军，代领其众，驻守桂林。
三藩各拥重兵，久据数省。平南、靖南二藩，各有兵力：十五佐领，绿营兵各六七千，丁口各两万；平西王所属兵力五十三佐领，绿营兵一万二千，丁口数万。吴三桂功高兵强，四方精兵猛将多归其部下。清廷又擢升其部将王辅臣为陕西提督，李本深为贵州提督，吴之茂为四川总兵，马宝、王屏藩、王绪等十人为云南总兵。三藩势力几及全国之半。
吴三桂初镇云贵，清廷曾准予其便宜行事，云、贵督抚全受他节制，所授文武官员，号称“西选”，“西选”之官，几遍各地。当时有“西选之官遍天下”之说。
顺治十七年，云南省俸饷九百余万，加以粤闽二藩运饷，年需两千余万。邻近诸省挽输不足，则补给于江南，致使清朝财赋半耗费于三藩。
吴三桂自恃势重，益骄纵，踞明桂王五华山旧宫为藩府，增崇侈丽，尽据明黔国公沐氏旧庄七百顷为藩庄，圈占民田，迫令“照业主例纳租”，并“勒平民为余丁”，“不从则诬指为逃人”。又借疏河修城之名，广征关市，榷盐井，开矿鼓铸，垄断其利，所铸钱，时称“西钱”。吴三桂专制云南十余年，“日练兵马，利器械”，暗存硝磺等禁物。
他通使达赖喇嘛，互市茶马，蒙古之马由西藏入云南，每年数千匹。他遍布私人于水陆要冲，各省提镇多有心腹。部下将士，多李自成、张献忠余部，勇健善斗。其子吴应熊为额驸，朝政巨细，可以旦夕密报。于是，吴三桂自以为根蒂日固不可拔，朝廷终究不会从他手中夺去云贵。
耿精忠袭封王爵后，纵令属下夺农商之业，“以税敛暴于闽”，纵使其部下“苛派夫役，勒索银米”。又广集宵小之徒，因谶纬有“天子分身火耳”之谣，妄称“火耳者，耿也。天下有故，据八闽以图进取，可以得志”。
尚可喜在广东令其部属私充盐商，又私市私税。广州为对外通商口岸，“每岁所获银两不下数百万”。尚可喜对清廷比较效忠，但年老多病，将兵事交其子之信。尚之信素性桀骜，横暴日甚，招纳奸宄，布为爪牙，罔利恣行，官民怨恨。又酗酒嗜杀，常在其父面前持刃相拟，所为所行，日益不法。至此，三藩各据一方，互通声气，广布党羽，实际上已成为割据势力。
史学界对三藩之乱众说纷纭，或者认为它是，一场“清廷与其'老牌奴才’之间的'大火并’”；或者认为它是，明清之际民族矛盾的继续和发展。因此，需要对三藩之乱的性质再做一些分析和考察。
清廷撤藩：康熙决定裁撤三藩。早在顺治死时，吴三桂拥兵北上入祭，兵马塞途，居民走避，清廷恐吴三桂生变，命其在城外张棚设奠，礼成即去。
康熙亲政数年，深知朝廷中外之利害和前代藩镇之得失，曾说：“朕听政以来，以三藩及河务、漕运为三大事，夙夜厪念，曾书而悬之宫中柱上。”
康熙六年（公元1667年），吴三桂以目疾请解除总管云贵两省事务，以相试探。康熙命吴三桂将所管各项事务交出，责令云贵两省督抚管理。云贵总督卞三元、提督张国柱、李本深合词请命平西王仍总管滇黔事务。康熙帝以照顾吴三桂身体为理由拒绝。
康熙十二年（公元1673年）三月，平南王尚可喜，疏请归老辽东，留其子尚之信继续镇守广东。经户、兵两部和议政王贝勒大臣集议，认为如果尚之信拥兵留镇广东，跋扈难制，康熙遂诏令，尽撤全藩。吴三桂和耿精忠得知，不能自安，在同年七月先后疏请撤兵，以试探朝廷意旨。经户、兵二部确议，吴三桂及所部五十三佐领官兵家口应俱迁移。疏下议政王大臣会议，大学士索额图、图海等多以为三藩不可迁移。惟有刑部尚书莫洛、户部尚书米思翰、兵部尚书明珠等力请徙藩。康熙再命议政王贝勒大臣及九卿科道会同确议，画一具奏。诸王以下所见不一，仍持两议。
康熙考虑到藩镇久握重兵，势成尾大，非国家之利；又以为吴三桂之子，耿精忠诸弟都宿卫京师，谅吴、耿二人不能发动变乱。遂下令三藩俱撤，还山海关外。
吴三桂、耿精忠疏请移藩，实迫于形势，并非本意。吴希冀朝廷慰留，如明代沐英世守云南之先例。及撤藩命下，愕然失望，遂与其心腹聚谋，暗中部署兵马，禁遏邮传，只许入而不许出，并勾结他省旧部，又与耿精忠联络应和，准备叛乱。
康熙十二年（公元1673年）八月，清廷命礼部侍郎哲尔肯等赴云南，户部尚书梁清标等赴广东，吏部侍郎陈一炳等赴福建，各持敕谕，会同该藩及督抚商榷移藩事宜。
九月，清廷命陕西总督鄂善总督云南军务，宁夏总兵官桑额提督云南军务。此时，吴三桂与其党正日夜加紧密谋。
侍郎哲尔肯、学士傅达礼等既至云南，催促起行。吴三桂表面拜诏，而屡迁行期，反谋益急，而难于举兵之名。
欲立明朝后裔以号召天下，但缅甸之役及杀害永历帝无可自解；欲行至中原据腹心之地举兵，又恐日久谋泄。
是年十一月，吴三桂起兵，杀云南巡抚朱国治，拘捕了按察使以下不顺从的官员，发布檄文，自称“原镇守山海关总兵官，今奉旨总统天下水陆大元帅，兴明讨虏大将军”。佯称拥立“先皇三太子”，兴明讨清，蓄发，易衣冠，传檄远近，致书平南、靖南二藩及各地故旧将吏，并移会台湾郑经，邀约响应。云南提督张国柱、贵州巡抚曹申吉、提督李本深等随吴三桂反。云贵总督甘文焜在贵州闻变，驰书告川湖总督蔡毓荣，急走至镇远，被副将江义以兵包围，甘文焜自杀，三藩之乱由此开始。
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