曹操被孙刘联军打败了，主力也退出了荆州大部地区。荆州忽然成为一片权力真空地区。建安十四年（公元 209 年），刘备趁周瑜无暇南顾之机，要求孙权 同意其收复南方四郡。此时的孙权虽然对刘备的建议心里并不情愿，但是因为自己在江陵和合肥同时进行着与曹操的第二次较量，无暇他顾，因此也只能同意了刘备 的请求。于是刘备率部南下收复四郡的地盘。很快，零陵郡、桂阳郡、武陵郡、长沙郡就落入了刘备的手中。不久，刘备借口自己的部队没有立足之地，要求周瑜分 一些地盘。
周瑜同意分南郡的南岸地给刘备使用。刘备在油口把军营改建为公安城，作为自己的办公地点。同年，刘表的长子、刘备最忠实的盟友刘琦病故，刘备自封为荆州牧，将公安作为自己的州牧办公地点。刘备集团从此在荆州站稳了脚跟，实力也得到了很大的提高。
由于诸葛亮在赤壁之战中发挥了联络孙权、建立孙刘联盟的重要作用，刘备论功行赏，给了诸葛亮在自己集团的第一个正式的职务：军师中郎将。这个职务介于将 军与校尉之间，具体的职责是督理零陵、桂阳、长沙三郡，征调赋税，负责后勤工作。除了出色的完成本职工作之外，诸葛亮还积极地参与到刘备集团内部稳定的具 体事务当中。
零陵、桂阳、长沙三郡中还生活着很多少数民族。这些少数民族被统称为蛮人。由于之前朝廷的残酷剥削和压迫，这些蛮人与当 地居民及官府之间冲突不断，严重影响了当地老百姓的安全及经济发展。诸葛亮到任后，改变了之前采用的敌对政策，采取抚绥政策，改善与少数民族之间的关系， 同时特意在三郡地区划出专门的区域建立了四个营地，积极与这些蛮人保持密切的联系。诸葛亮还多次前往蛮人居住地进行联络和视察，这些举措都对稳定局势发挥 了巨大的作用。
在诸葛亮的协助下，刘备集团所占据的荆州地区社会、经济发展稳定，不少荆州的能人异士也加入到刘备集团当中，这其中就包括了谋士庞统、马良、武将黄忠等人，这些人的加盟也为刘备集团的壮大提供了充足的人员储备，还成为不久之后爆发的益州争夺战的生力军。
六
建安十六年（公元 211 年）年底，刘备应益州牧刘璋的邀请率兵进入益州，此次入川的大都为刘备集团在荆州时期所吸收的文武能人，如前文所提到的庞 统、黄忠等人，而刘备的嫡系如关羽、张飞、赵云等人大都留守荆州，其目的非常明确：刘备对于荆州大本营的安危是非常看重的，将自己的心腹都留在了荆州，诸 葛亮则作为留守荆州大本营的最主要的谋士。
刘备入川，原本的目的并不是如刘璋想象的那样去对付汉中的张鲁，而是与益州本地实力派张松 等人密谋夺取益州。因此，刘备入川的一年时间里，始终是在向刘璋要钱、要粮、要兵，同时在益州地区极力扩大自己的影响力，为夺取益州作准备。这也是实现诸 葛亮所提出的“跨有荆益”战略的重要步骤之一。因此，诸葛亮在荆州除了继续贯彻由他自己提出的联吴抗曹的既定策略之外，还时时刻刻都在关注着益州的局势。
也就在这个时期，诸葛亮的声名开始在中原及江东地区中流传开来。之前对诸葛亮就非常欣赏的孙权经常派遣使者前来通好，进一步稳定双方之间的同盟关系，而 远在中原的曹操也听说诸葛亮的声名，派使者送来了鸡舌香五斤给诸葛亮。在汉代，尚书郎“含鸡舌香伏奏事”是一项风雅的宫廷礼仪规定，是在朝为官、面君议政 的象征。曹操给诸葛亮送鸡舌香，暗示让诸葛亮口含鸡舌香为朝廷做事。当然，对于曹操的拉拢，诸葛亮丝毫没有理会。在诸葛亮的心中，刘备才是真正的“明 君”，帮助刘备实现复兴汉室、一统天下才是诸葛亮最大的愿望。
建安十七年（公元 212 年），由于张松给刘备的密信让其兄张肃截获 并交给刘璋，刘备与刘璋反目成仇，益州争夺战也由此开始了。刘备在斩杀刘璋大将杨怀等人之后，立即派遣黄忠、卓膺率兵南下，向刘璋发动进攻。不久之后，刘 备所部就占领了涪县地区，并与刘璋派来的刘璝、冷苞、张任、邓贤等人展开激战。刘璋的军队遭受重大损失，只得退守绵竹。随后奉命增援绵竹的刘璋军队将领李 严又率众投降刘备，使得刘备实力大增，得以很快向益州腹地展开攻势，但随后遭到了刘璋的拼死抵抗。刘璋派出刘璝、冷苞、张任死守成都的最后一道防线——雒 城，尽管刘备在围攻雒城的战役中俘获了益州名将张任，但并未能够顺利攻陷雒城，双方在雒城地区形成对峙局面。为了加快战争的进程，刘备急忙写信给镇守荆州 的诸葛亮，让他火速率军进入益州，两面夹击刘璋。建安十九年（公元 214 年），诸葛亮率领张飞、赵云兵分两路进入益州。
在诸葛亮 的指挥下，张飞沿嘉陵江直扑成都，赵云则溯长江而上，经岷江和沱江往成都方向进发。在两位将军的奋力冲杀下，荆州方向的援军迅速占领了巴西、江阳、德阳、 资中等地，与占领了雒城的刘备一起，对成都形成了包围之势。不过令人遗憾的是，刘备集团的另外一名重要谋士庞统却在雒城一役中中箭身亡，这让原本就与庞统 沾亲带故的诸葛亮悲痛不已。庞统的死并没有对战局产生丝毫的影响，刘备夺取益州已经指日可待。
随着诸葛亮大军的入川，益州战事发生了 根本性的转变，益州大部地区被刘备所占领，刘璋的老巢成都不久之后也陷入了重重围困。尽管成都城内还有精兵三万，粮草充足，可以支撑一年，但是刘璋眼看大 势已去，在刘备围困成都之后不久就开城投降，从此益州也落入了刘备之手，诸葛亮“跨有荆益”的战略即将变成现实！战后论功行赏，诸葛亮不但与法正、关羽、 张飞一起被刘备授予了金五百斤、银千斤、钱五千万、锦千匹的奖赏，同时被授予了军师将军、益州郡太守的职位，与法正一起共同执掌刘备集团的内政大权。
不过，军事的占领并没有完全理顺益州内部复杂的社会政治格局，在诸葛亮的建议下，刘备成立了包括法正、诸葛亮、李严、伊籍、刘巴在内的五人委员会，专门 负责制定和颁布法令、法规。《蜀科》在这种背景下很快就诞生了。《蜀科》的主要特点就在于严明赏罚，革除刘焉父子时期法纪松弛、不能激励善者、不能惩治恶 者的弊端。针对益州地区常年以来一直存在的尖锐矛盾，诸葛亮的方针是六个字：先理强、后理弱。
先理强就是严格依法办事，限制和打击益州豪强地主的不法行为，缓和内部矛盾。因此，诸葛亮在执行法律的时候非常严厉。很快，阻力就出现了。
一部分豪强地主的既得利益受到了损害，他们自然不会善罢甘休。
一时间反弹之声很快响起。这些人不但在底下议论纷纷，说诸葛亮这是刑法峻急，没有度德量力，而且利用各种关系给诸葛亮施加压力。有些益州的高级官员也开 始为他们说话了，带头的是身居扬武将军、蜀郡太守的法正。法正作为这股势力的代表，公开找到诸葛亮，劝说诸葛亮放弃目前实施的法令。法正说：
从前高祖刘邦入关，废除了秦朝的严酷法律，约法三章，宽禁省刑，关中的百姓们都非常怀念他的恩德。如果我们刚刚凭借武力占领益州，还没有垂恩于地方，就已经是滥用权威，这样做是不对的。我们应该采取怀柔政策，放宽刑罚和禁令，这样才能安抚他们。
听了法正的话，诸葛亮心里十分清楚，如果不能从根本上把问题解释清楚，不但不能解决问题，还会给以后益州地区的综合治理留下极大的隐患。考虑再三，诸葛亮终于决定，以一封公开信的形式向法正及整个益州解释依法治理的迫切性和重要性。这封公开信是这样说的：
你只知其一，不知其二。秦朝实行的是暴政，结果逼得老百姓民不聊生，不得不起来造反。高祖刘邦针对这一情况，特意采用了宽刑弛禁的做法，这当然是正确 的。而现在益州的情况和当年高祖时代完全不同。自从刘焉统治以来，益州地区就一直是德政不举，威刑不肃，地方豪强也因此放纵，专横跋扈，为所欲为，君臣之 道也因此被彻底破坏了。到后来变成了宠爱他们并许以高位，这些人反而不觉得有什么可珍惜的；顺从他们并施以恩惠，他们又变得轻慢无礼。这就使得益州地区出 现了非常混乱、无法收拾的局面，也导致了刘璋在益州统治的结束。我们现在采取的方针，就是要重新树立法制的威严。只有在法令、法规得到贯彻和实施的时候， 大家才知道什么是恩德。只有这样，上下之间的秩序才会恢复正常。法制的成效，就从这里最能显现出来。
诸葛亮与法正之间的这场争论，很快就引起了刘备的重视。对于诸葛亮的观点，刘备是非常了解并十分赞同的。有了最高领导的支持，诸葛亮也更加放心大胆地去实施各种法律、法规，益州内部的社会秩序也得到了极大的改善。
对于诸葛亮而言，占领益州仅仅是实现“跨有荆益”战略的其中一步，占领由割据势力张鲁占据的汉中地区并将其作为北伐中原的桥头堡才能使得这一战略得到完 全的实现，但是就在诸葛亮尽心竭力治理益州的同时，曹操已经抢先在汉中地区动手并收降了汉中，这不但给“跨有荆益”这一战略目标带来了负面影响，同时也给 刚刚壮大的刘备集团带来了严重的隐患。此时，刘备集团不得不将注意力放在了汉中地区，一场大战也注定将在汉中地区展开。
七
对于汉中和它的主人张鲁，诸葛亮并不陌生。早在刘备三顾茅庐的时候，诸葛亮就已经将汉中列为刘备鼎足三分到最后统一华夏的最为重要的基地之一。汉中是个 四面环山的盆地。它北至关中要翻过横亘的秦岭；南至蜀中要翻过连绵的大巴山；东至湖北要穿越广袤的鄂豫山区；西至甘肃要越过那里的祁山。无论从关中到蜀中 还是从蜀中到关中，汉中都是必经之路。它不但战略位置非常重要，同时也是益州的北大门，对于刘备集团的生存极为重要。就在刘备集团与刘璋展开最后决战的同 时，建安十九年（公元 214 年）曹操也挥军进攻汉中，张鲁的军队溃不成军。
同年的十一月，张鲁就投降了。短短四个月时间，张鲁所盘踞的汉中就被曹操夺取。
曹操占据汉中之后，刘备迅速派遣黄权进攻依附曹操的汉中夷帅、巴东太守朴胡。同时，针对曹操手下将领张郃孤军深入，进入巴西地区掠夺人口的行动，刘备命 令巴西太守张飞率领万余精锐应战。黄权的行动异常顺利，他攻破了杜濩、朴胡诸军，收复了三巴地区。而张飞面对张郃这支孤军，也采用了出奇制胜的策略，率领 一万多精兵截击敌军，一下子把张郃军截成两段。张郃军首尾不得相救，被打得七零八落。张郃丢掉马匹，进入山中，与手下十多人走小路才得以逃生，然后收拾残 部退回南郑。经过宕渠之战，曹军势力退回汉中，三巴地区复归刘备所有。如此一来，曹操对于益州地区的巨大威胁得到了暂时的解除。曹操于同年年底率领大军返 回了邺城，只留下夏侯渊、张郃、徐晃等人镇守汉中，一触即发的紧张局面终于得到了缓解。
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