他用近乎自虐的方式保持自己的清廉，在当时的官场中，就被视为异类，他的上司们私下都觉得他是个君子，但是并不觉得他这样子有什么用。
确实，在当时，官员们纷纷以中饱私囊、压榨百姓来牟取自己的生活舒适，在这些官员看来，这就是“谋家”，而“谋国”不关他们的事。但是海瑞并不这样认 为。他觉得，谋国就是谋家，为皇帝分忧、天下太平，自己的家才会安定。这个看法，似是而非，但无疑，没有人认为海瑞这个看法正确，也没有人效仿他的行为。
他的作风很受老百姓的欢迎，却遭到诸多官员的极度反感，很少有人愿和他共事。他绝对不讲官场规则，因为他坚守着与官场习惯不同的道德律令和洪武时代的政策法规。他固执地认为，圣人和太祖是绝对不会提倡阿谀奉承和贪污腐化的。
他的努力要以极大的勇气作为支撑，摸老虎的屁股，对他来说也不算什么，比如说严嵩的党羽巡视盐务，事前明令“素性俭朴，不喜逢迎”，这种冠冕堂皇的话让海瑞认真对待，他致书这位大人以简朴的诚意，迫使对方强忍怒气绕道离去。
有勇气不等于不必承担代价，海瑞的代价是遭到权臣弹劾。他一度被免职，好在他的老上司朱衡极力推荐，他才又到异地当了七品县令。此后被调往北京做户部主 事，因为曾经以微职对抗腐败权臣，这个模范是应该得到表彰的。户部主事大抵也就是个闲官，没必要天天办公，其主要意义在于积累从政的资历。但海瑞等不得， 他觉得自己应该对时局发表自己的见解，以不辜负自身的使命。
于是，就有了前文所转述的那道著名的上疏。他直接指责皇帝不听臣民直言， 以使得“吏贪官横，民不聊生，水旱无时，盗贼滋炽”，甚至公然提到了皇帝屠杀臣属、不教亲儿和冷落皇后，难怪百姓觉得“嘉靖嘉靖”也即“家家皆净”，而唯 一的办法就是“幡然悔悟，洗数十年之积误”。
此事引起了轩然大波，他也成了全国的名人，连太监宫女都为他的正直所感动。这样的奏章自然让皇帝大怒，但海瑞已经为后事做好准备，嘉靖皇帝只好拿着奏章仔细研读。
嘉靖皇帝知道海瑞在忧国忧民，也知道海瑞在为他考虑，但是皇帝就是不觉得海瑞的话好听——
忠言逆耳，自古就是这样。无奈之下，嘉靖只得把上疏留在宫中数月。他曾说：“海瑞这个人可和比干相比，但朕不是商纣王。”
当时，嘉靖生病，心情郁闷，就召来阁臣徐阶，议论禅让帝位给皇太子的事。嘉靖皇帝对心腹说：“海瑞所说的都对。可是朕现在病了很长时间，怎能临朝听政？”又说：“朕确实不自谨，导致现在身体多病。如果朕能够议政，岂能遭受这个人的责备辱骂呢？”
看来，海瑞的忠诚并没有得到应有的回报，嘉靖皇帝下令逮捕他，追究主使者。不久又把他移交刑部，判处死刑，可判决文书送上后，嘉靖却留中不发。有人觉得皇帝不想杀海瑞，就请求释放海瑞，以证明皇帝的宽厚，结果这个人被嘉靖皇帝关进了监狱。
嘉靖皇帝刚死，当时消息还没有公布，外界一般都不知道。提牢主事听说了这个情况，认为海瑞不仅会释放，而且会被任用，就办了酒菜来款待海瑞。海瑞自己怀 疑应当是被押赴西市斩首，恣情吃喝，不管别的。主事因此附在他耳边悄悄说：“皇帝已经死了，先生现在即将出狱受重用了。”海瑞说：“确实吗？”随即悲痛大 哭，把刚才吃的东西全部吐了出来，晕倒在地，一夜哭声不断。
至死不悟的忠臣海瑞确实太过奇怪。他生活贫苦，但并不利用自己的官职谋取金钱，反而甘于吃苦，并且时刻与那些贪官污吏较量；嘉靖皇帝没有听取他的建议，反而把他关进监狱，而他不但没有什么怨言，反而在嘉靖皇帝死后号啕大哭。
如果不是海瑞，而是别人，也许人们会觉得此人精神不正常。的确，海瑞不同于常人，他的思维，他的操守，都不近人情，而且永不和世俗妥协。
在如何安排他的问题上，仍然让人头疼，最好的办法是把他束之高阁。但这并不能满足海瑞的渴望，这位以清廉为操守的孤臣是不会尸位素餐的，既然得不到重用，那就罢官退隐，内阁和吏部只好给他个应天巡抚的实缺，远远打发出去，眼不见心不烦。
可海瑞觉得机会来了，他开始按部就班地推进自己的严厉的廉政举措，弹劾的奏章又多起来，他见状慷慨道：“今举朝之士皆妇人也。”不愿意与“妇人”为伍的他回到老家，平平淡淡过了16年，同情他的人微乎其微。
他的坚持等于远离文官集团，正直而果敢的他几乎得罪了所有的人，他的“过激”或“过当”让时人难以接受。而海瑞觉得自己做得还不够，始终不变、不讲究方法地清理吏治。
万历十二年（1584年）冬天，
张居正已死，吏部拟用海瑞为左通政，皇帝向来器重海瑞，给他以前职。第二年正月，召为南京右金都御史，在道上改为南京吏 部右侍郎，海瑞当时年已七十二岁了，上疏言衰老垂死，愿意效仿古人尸谏的意思，大略说：“陛下
励精图治，而治平教化不至的原因，在于对贪官污吏刑罚太轻。 诸臣都不能说到其原因，反而借待士有礼的说法，大家交口而文其非。待士有礼，而平民百姓则有什么罪呢？”他举明太祖刑法剥人皮装上草制成皮囊以及洪武三十 年定律枉法达八十贯判处绞刑的规定，说现在应当用这样的方法惩治贪污。
他的言论被朝廷上下议论纷纷，很多大臣对此不以为然，甚至有人上疏弹劾他。一向慵懒的万历皇帝对此采取了不闻不问的态度，大臣们对海瑞的非议多了，他干脆把弹劾海瑞的大臣罢官了事。
万历皇帝屡次要召用海瑞，主持国事的阁臣暗中阻止，于是他被任命为南京右都御史。诸司向来苟且怠慢，海瑞身体力行矫正弊端。有的御史偶尔陈列戏乐，海瑞 要按明太祖法规给予杖刑。百官恐惧不安，都怕受其苦。提学御史房寰恐怕被举发纠正要先告状，给事中钟宇淳又从中怂恿，房寰再次上疏诽谤诬蔑海瑞。海瑞也多 次上疏请求退休，皇帝下诏慰留不允许。万历十五年，死于任上。
海瑞去世时，金都御史王用汲去帮着料理后事，只见用葛布制成的帷帐和破 烂的竹器，有些是贫寒的文人也不愿使用的，因而禁不住哭起来，凑钱为海瑞办理丧事。海瑞的死讯传出，南京的百姓因此罢市。海瑞的灵枢用船运回家乡时，穿着 白衣戴着白帽的人站满了两岸，祭奠哭拜的人百里不绝
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