在16世纪西班牙人征服玛雅地区以前，古典期玛雅文明曾经在中南美洲热带雨林中，有过约600年左右的繁荣岁月。该文明技术水准停留在石器时代，各都市间自成王国。玛雅人在这近2000年间创造了辉煌的玛雅文明。公元800年前后，他们放弃了高度发展的文明，大举迁移，他们所创建的每个中心城市也都终止了建造新的建筑。文明很快消失于美洲的热带丛林中。关于玛雅文明中断的原因，至今仍莫衷一是。目前有以下几种说法：
（1）干旱说。这是目前较为流行的一种看法。玛雅文明是由于当地连年发生干旱，摧毁了古文明赖以生存的农业基础。而他们又没有打井竖渠的的水利知识，在湖泊河流干枯断流之后，农业的歉收引起了一系列的连锁反映，巨大的都市文明最终分崩离析。但是导致尤卡坦半岛旱灾频发的原因是什么，这一直是学术界争论的重点。
（2）砍伐森林说。一些专家指出，玛雅他们有着复杂的宗教体系，城市都是以金字塔和神庙为核心，在兴建金字塔和神庙时，习惯于用白石灰来粉刷外墙，烧制石灰需要大量木材，玛雅人便开始砍伐森林。随着城市规模的不断扩大，金字塔修建得日益增高，对木柴的需求量也越来越大，最后，大片森林被砍伐殆尽，当地的环境也逐渐恶化，干旱自然不可避免。对此，目前墨西哥南部和美洲各国广泛分布这玛雅金字塔遗迹，就是最好的证明。
（3）生态危机说。与上面的观点相似。玛雅文明虽然是城市文明，却建立在玉米农业的根基之上。自古以来，玛雅农民采用一种极原始的耕作法：他们先把树木统统砍光，过一段时间干燥以后，在雨季到来之前放火焚毁，以草木灰作肥料，覆盖住贫瘠的雨林土壤。烧一次种一茬，其后要休耕1－3年，有的地方甚至要长达6年，待草木长得比较茂盛之后再烧再种。当古典期文明繁盛、人口大增时，农业的压力越来越大，人们更多地毁林开荒，同时把休耕时间尽量缩短，然而这样一来，土壤肥力下降，玉米产量越来越少。玛雅文明在人口大发展之后，面临着生态环境恶化、生活资源枯竭的严重问题，社会状况一落千丈。更为严重的是，在神权政治的体制下，玛雅王族和祭司将这种种“衰败之象”都归结为神的不满。他们更多地建神庙，更频繁、更隆重地祈祷，期盼能借神力扭转乾坤。当然，这样做的结果是浪费了更多的人力和已十分贫乏的资源，直至陷入不可救药的恶性循环。随着农业生产供应的严重匮乏，玛雅古典期高度发达的文明也开始崩溃。当城市周围贫瘠的荒地连成一片，饥饿就迫使玛雅人弃城而去了。经过百年衰败动荡之后，中央低地各城邦都湮没在热带丛莽之中，绿色植物悄悄覆盖起一切，像掩藏起一个久远的秘密。
（4）太阳周期说。美国佛罗里达州大学地质学家戴维•霍德尔在最近的研究中发现，玛雅地区发生的旱灾有着明显的周期性，大旱灾每隔208年就发生一次。这位学者因此提出一个新的见解：玛雅文明的消失与太阳的周期性活动增强有关。（霍德尔领导的这项研究，是从墨西哥南部的奇昌卡纳布湖湖底的沉积物开始的。他们在湖底钻孔，取得了1.9米的沉积岩岩芯样本，对样本中的碳酸钙浓度进行了研究。由于干旱年份湖水的蒸发量较大，相对时期沉积物中碳酸钙的浓度也就较高。碳酸钙浓度高的岩层，对应的年份就一定发生过旱灾。研究的结果是惊人的。沉积岩中的碳酸钙浓度，在年代上表现出了明显的周期性。每208年，湖底的沉积物中就有高浓碳酸钙层出现，也就是说，）每208年，当地就会发生一次旱灾。最严重的一次发生在公元750年至850年，这正是玛雅文明消失的年代。而208年这个周期，和目前太阳活动每206年就有一次增强的周期正好吻合。专家们也认为，这两个周期的吻合，决不是偶然的巧合。霍德尔在地质学上的研究，为解决一个历史之谜带来了突破。一些学者还猜测，在三大印第安文明中，玛雅文明尤其以天文历法和宗教体系著称，这或许也和旱灾的发生有关。也许早在1000多年前，玛雅人就已经发现，天体的运动和他们的生活息息相关，所以他们才会以一种古代印第安人中少见的热情和执著，来观察各类天体的运动。
（5）等级划分说。有学者认为，严格的等级划分是导致后古典期文明衰落之后，玛雅文明销声匿迹的首要原因。玛雅高深的知识和文明只掌握在极少数贵族和祭司的手中，占玛雅人口绝大多数的下层劳动者完全是文盲。这些养尊处优的贵族知识分子，在繁华殆尽后难以生存，乃至很快消失，也带走了辉煌无比的玛雅文明。留下来的为数众多的普通玛雅农民，自然无法读懂那些本来就一无所知的文字和史书了。
（6）科学幻想说（外星人说）。
这种观点认为玛雅人来自外星球。从生存环境上来看，人类一般是选择靠近江河、交通便利的地区居住，而玛雅人却选择了条件恶劣的热带雨林。这种刻意的选择正是为了避免与地球人接触，以保证自己独立的生活。在这片不宜耕作的密林中，玛雅人在既没有金属工具，也缺乏先进的运输工具的同时，却创造出了如此辉煌的文明，令人费解。他们创造的象形文字系统，以至于我们至今无法全部破译。有人认为，玛雅外星人是数十万年前，为采矿而离开故乡的行星，来到某个星球。后为躲避某个星球的爆炸来到地球。他们最初居住在温暖的南极，随后又因冰河期来临，辗转迁徙至中美洲的密林之中。后来由于墨西哥高原爆发战争，为躲避战祸，玛雅人便乘着太空船飞向茫茫宇宙，去寻觅新的家园。但这种观点不被大多数人承认。
此外，还有玛雅人口的增长破坏了生态环境（这种观点基本上属于生态危机说）；瘟疫毁灭了玛雅人；内战或外族入侵导致文明毁于一旦等观点。
玛雅文明从公元9世纪开始逐渐失去光彩，西班牙殖民者的入侵又给了后古典期支离破碎的玛雅世界最后一击，支撑文明体系的精神世界和记载它们的书籍失落。现在，仍有将近200万玛雅人生活在祖先的土地上，使用着近25种玛雅语，然而他们对过往的历史几乎一无所知。
