临床上此方多加入生地配合使用。《通俗伤寒论》中记载用此方加生地，即名为“ 阿胶黄连汤，” 滋阴清火效用更佳。何秀山云：“ 此为润泽血枯，分解血热之良方。” 《温病条辨》中连梅汤( 原方去黄芩，芍药，鸡子黄，加乌梅，麦冬，生地)治疗暑温，暑伤心肾，心热烦躁，消渴不已“ 。
叶天士用原方去黄芩，加生地，天冬治疗“ 相火之风眩转。” 《继志堂医案》中记载用此方去黄芩，加大生地治疗“ 舌上之苔，剥落不生者久矣。”
叶天士用此方去鸡子黄加生地，甘草治疗“ 春温内陷下痢。” 现代临床亦继续加以沿用。在临床随师侍诊过程中，常用此方加大剂量生地( 30～60克) 治疗各种血证伴烦躁患者。曾成功治疗一因缺少凝血因子Xl而致大关节腔反复出血不已的先天性血友病患者。生地昧甘，性微寒，生地与阿胶配用可加强此方养阴清热，凉血止血之功用。除此方外，还可见于黄土汤、胶艾汤、内补当归建中汤、薯蓣丸等方中。
黄连阿胶汤所治烦躁多伴有心下痞，不思饮食，可加用党参，半夏，寓以泻心汤之苦辛兼补之意。如伴有心悸、心慌者，可与炙甘草汤合方。若火邪上炎较盛者，可再加重黄连、黄芩用量，再加用栀子、黄柏，是与黄连解毒汤合方之义。失眠严重，妇女精神抑郁者，可与甘麦大枣汤、酸枣仁汤或百合地黄汤合方。此外，温病末期可加用青蒿鳖甲汤以育阴清热。
（加夜交藤、酸枣仁、五味子、炙远志）
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