一、侦查阶段
目前大多数案件依然是靠口供突破的，这也是自侦案件的特点决定的，尤其是受贿犯罪，绝大多数的受贿犯罪侦破仍然需要依靠行贿人或者受贿人的口供突破。在基层，少有案件是能够通过初查手段进行决定性的侦破的，所以口供突破模式还将在我国长期存在。那么口供突破过程中，作为侦查部门应当注意一些问题。
1、全程录音录像的限制和运用。每个自侦案件一律全程同步录音录像，全国范围而言，自侦案件的刑讯逼供行为基本很少，应当说这块工作比公安机关侦查的客观性、合法性高出很多，但如果出现瑕疵，对检察机关带来的伤害是巨大的，违法成本很高，这跟检察机关依法行使法律监督权有关，民众对检察机关执法公信力的定位非常高，稍有讯问瑕疵，就会感受到理想和现实差距如此之大，导致民众接受不了。因此，侦查人员在使用各种手段讯问时，尽量和犯罪嫌疑人保持一定距离，讯问中尤其不能出现威胁性言语，正常的训斥使其感受到犯罪后的心理压力是可以的。经常听庭审的侦查人员应当能够感受到，被告人在庭审中都会将侦查过程中某个侦查人员如何威胁他的话陈述出来，并指出可以观看具体时间的讯问录像，这给检察机关造成的负面影响是巨大的，得不偿失。
笔录中关键性犯罪事实的描述，需要在讯问录像中予以体现，实践中很多讯问录像的内容和笔录内容相遇甚远，录像中侦查人员一直在训斥犯罪嫌疑人，而笔录中体现的是有血有肉的犯罪事实的供述，一旦该录像因为某种质疑被曝光，会直接影响到笔录的真实性，很可能直接排除笔录的适用，所以对于关键性内容的记录，应当在讯问过程中进行对话性的体现。
最后，为了以备不时之需，待口供突破后，供述稳定过程中，应当有意识的制作一份规范的综合笔录，同时有意识的产生一张高质量的同步讯问录像光盘，规范的讯问，让犯罪嫌疑人落落大方的陈述犯罪过程，规范的核对笔录签名。该录像的制作，可以日后由控方主动提供给法院参考，也可以在庭审中根据需要进行播放。
2、笔录制作的问题及对策。实践中，大多数自侦案件的笔录都是电脑笔录打印的，少有涂改，这是由于首稿打印出来后经犯罪嫌疑人阅读，指出修改意见后，侦查人员又在电脑上进行修改，最后再打印出来直接交犯罪嫌疑人签名捺印导致的。这样做其实不妥，虽然程序上没有任何问题，但会给之后起诉、审判过程中被告人翻供人为的提供了一个理由，比如“我之前被审讯很疲劳，笔录也没有仔细看，侦查人员记录什么我就照样签名，你们可以看笔录上没有任何改动的痕迹”
尤其这种辩解在庭审中突然提出，包括审判人员在内都会引发一定的质疑，即使庭后提供讯问录像证实程序合法，但也已经时过境迁，庭审中造成的负面影响显然无法再修复。因此，电脑打印笔录应当保留修改的痕迹，以便更客观的反映核对笔录的过程。另外，有些案件犯罪嫌疑人侦查过程供述有所反复，很多侦查人员只做其承认犯罪事实的笔录，对翻供的笔录和为什么翻供又为什么承认未进行笔录记载，我们认为，从后续庭审角度出发，记录了翻供过程笔录的侦查，更有利于公诉人的发挥和侦查过程合法性、客观性的体现。因为被告人在后续翻供时，仍然会讲到在侦查阶段也讲到过，但是侦查人员不予以记录，不信可以查阅录音录像等辩解理由，而果真像其所言，未进行如实记录，在庭审中公诉人又是很被动的，损害的还是检察机关的形象。最后，在侦查阶段当犯罪嫌疑人供述稳定后，侦查人员仍然会对其在不同的时间做相同的笔录，我们认为在不同的时间段多做笔录对控方是有利的，体现供述的稳定性，尤其刑拘后在看守所期间做的笔录。但应当注意到，由于电子笔录的形式容易复制黏贴，侦查人员针对没有翻供的犯罪嫌疑人，甚至已经事先打印好与原来供述差不多的内容去让犯罪嫌疑人签名。导致提审文书中反应的提审时间较短，比如五六张笔录内容，显示在10分钟内完成，这样一来，原本体现供述稳定效果的行为，变成了画蛇添足的行为，需要侦查人员引起重视。
3、调取外围证据的完整性把握。口供突破后，对于辐射出来相关联性的其他证据，需要取多少，实践中表现出来完整性不够，很多侦查人员认为主要证据提取后已经足以证实犯罪事实，所以没有必要再去提取其他关联性的次要证据，这种点到为止的意识还是挺普遍的。这点跟公安机关侦查具有很大的差距，公安机关侦查会时常碰到疑难复杂案件以及重大恶性或者杀人案件，因此习惯对于关联证据的提取会做到不留死角，审查起诉之时虽然很多次要关联证据有无确实不影响全案的认定，但是却给了公诉人、审判人员一个全面、客观的案件事实，是高质量案件侦查的表现。因此，侦查人员不能擅作主张，认为证据已经够了，而放弃对其他关联证据的提取，我们认为，除非提取该证据需要花费很大的司法成本，除此之外都应当去提取有关联性的证据。有些关联性的次要证据，随着时间的推移，等辩护人介入后被提取，有可能会发生质变，也就是原先认为是控方证据很可能会敌变成辩方证据，具有潜在的不确定性。
二、审查起诉、审判阶段
1、如何全面了解案情。（1）自侦案件从案发到侦破，有些案情靠阅读案件是无法得知的，包括如何真正案发的，不要停留在到案经过的书面材料上，必须跟侦查人员私下沟通，了解侦查的全过程，包括侦查过程中出现的各种案内、案外状况。（2）调取侦查内卷，查看订制在案卷材料中的其他材料，掌握跟案件关联的其他证据，决定是否需要一并移送。（3）对犯罪嫌疑人提出有异议的讯问阶段，应当查阅相关阶段的同步录音录像，以便掌握情况，思考对策。
2、客观全面听取犯罪嫌疑人辩解、听取辩护人的意见。在审查起诉阶段，犯罪嫌疑人很可能会翻供，作为审查起诉阶段承办人，应当客观、耐心听取犯罪嫌疑人的各种翻供事实及理由，实践中有些承办人会沿用侦查人员的风格，试图不让案件有任何的变数。我们认为，从控方角度出发，尤其作为逮捕的案件，出发点是对的，但这种风格很可能会酿成大祸，并且可能等大祸临头之时承办人才察觉到，晚矣。审查起诉阶段多为核实证据，补充、补强证据，试问在该阶段犯罪嫌疑人不能畅所欲言，他到法庭之上仍然会娓娓道来，这时公诉人如何应对以前未掌握的新情况、新辩解？有些被告人到庭审时提出的抗辩事由能直接导致庭审的延期审理。因此，在审查起诉阶段，尽量的听取其各种辩解和理由，公安移送的案件也是如此方法。听取辩解后，审查核实情况后，认为犯罪嫌疑人辩解无理的，他日庭审之时再次辩解时就可以从容答辩，如果其辩解出新的事实需要进一步查证的，那么可以联同侦查部门介入继续侦查、核实。
在受贿犯罪案件中，辩护人的辩护余地比较小，辩护人也不敢过多涉足事实认定方面的证据搜集，主要集中证据的合法性和量刑情节方面，比如自首的认定方面。而在贪污犯罪案件中，辩护人受到的压力会少一点，余地会更大，因为贪污犯罪中涉及到很多的客观性证据，辩护人敢于去挖掘，并且有些领域涉及到专业的会计财务等知识，自侦部门能力也有限，因此在审查起诉阶段，需要主动的联系贪污犯罪案件的辩护人，听取他们的意见，了解他们挖掘的客观性证据，以便全面客观的审查案件，而不能以掩耳盗铃的态度将盲点遗留到庭审阶段，极可能会导致灭顶之灾。
3、案件审查的重点。对于自侦案件审查的重点，基本确定为二个方面（1）主体资格的审查。（2）自首立功等量刑情节的审查。由于自侦案件的特殊性，因此对于案件事实的审查基本没有改变的余地。而对主体资格的审查，应当严格审查，该块工作也是自侦部门的薄弱环节，也是审查起诉部门充分发挥能力的项目之一，对于主体资格方面的书证和证人证言应尽量搜集，实践中尤其对职务便利这方面的证实，侦查部门往往比较忽视，而该点也往往是法庭辩论的焦点，因此审查起诉阶段必须重点补强。另外，对于量刑情节部分，主要涉及到到案的经过，实践中侦查部门通常未将到案经过附卷移送，而在审查起诉阶段再进行制造，由于时间的推移，该情节往往称为公关从轻的对象，因此，公诉部门应当要求自侦部门将到案经过附卷后一同移送，如果是纪委移送的案件，还需要纪委的到案经过，并且应当调阅原始到案时的笔录以印证到案经过的内容真实性。
4、如何应对辩方申请证人出庭或者改变证人证言。审查起诉阶段是否需要对证人进行核实，各地做法不一样，有些地方对行贿人等必须再进行笔录核实，而有些地方则不再对证人再进行核实。深海鱼认为，对于关键证人比如行贿人，如果不是在异地，应当再次对其核实制作笔录，在审判人员概念中，审查起诉阶段形成的笔录公正性远比侦查阶段要高，因此对防止和应对证人在审判阶段改变证言具有积极作用。那么，证人如果在审查起诉阶段已经改变证言或者审判阶段改变证言，应当将该情况汇报相关领导，侦查部门视情况配合处理，侦查是否有窜证、伪造证据等人为因素，而不应当等到庭审再应对此事。如果在庭审之前，辩护人突然申请证人作证并获得法院允许，公诉部门应当协调法院推迟庭审时间，对相关证人再进行核实，如果相关证人有意躲藏的，可以先进行庭审，视庭审情况决定是否当庭申请延期审理，如果多名证人联合异常改变证言，对案件处理带来较大风险的，应当申请延期审理，并通知侦查部门，对到庭的相关证人进行传唤询问，排查是否有蓄意窜证的行为。
5、如何化解侦查瑕疵的硬伤。对于侦查阶段已经客观上造成的瑕疵，应当客观正确对待，如果该瑕疵对整体案件定罪不会产生大的影响，但又可能会让检察机关的公信力及形象大大受损，而辩护人和被告人又揪住不放，比如讯问中有部分录像证实确实存在不文明等违法讯问的，但未到刑讯逼供等排除的程度，实践中对于讯问录像是否公开及移送没有规定，讯问录像可以不作为证据使用，因此是否移送可以由控方决定，但即便不移送，辩护人和被告人一直拿违法讯问说事，并且要求提供录像核实等，如果让该情况发酵到庭审中，显然不利于庭审效果，那么最好的办法就是启动庭前会议，在法院的组织下，由辩护人被告人充分提出意见，并进行答辩说理，让审判长明确庭审中的辩论焦点，弱化和消除在庭审中对此问题重点纠缠。
6、自侦案件庭审的效果目标。自侦案件庭审的预期效果和普通案件有所不同，被告人的文化层次、背景和普通案件也不同，听庭的人员素质也不同。因此更需要公诉人以高素质、文明、理性的基调出现，尤其当被告人当庭辩解侦查人员如何威胁他等言语时，更不能以强势的风格去训斥被告人，否则就证实了被告人的遭遇有可能存在的，连公诉人都这么凶，侦查人员可想而知，间接损害的是检察机关的形象。所以，公诉人必须以理性、平和的姿态去回应质疑，维护检察机关的形象。当然，如果针对无理辩解，手中有证据反驳的，语气一定要坚定有力，用证据说话时，语气强硬一点也不会引起猜疑，也能震慑被告人无理。
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