“是药三分毒”，人们经常用这句话来说明药物的副作用。原因很简单，中医把病因归于整体的不平衡，而药物就是用来恢复整体平衡的。不过，药物都有其特殊的偏性，它往往恢复了某一局部的平衡，同时又造成另一局部的不平衡，只是对整体来说，以局部小的不平衡换来整体大的平衡，利大于弊而已。从这种意义上来说，中药都是有毒的，中医经典著作也经常把中药称之为毒药。
与中医不同，西医把人体的病因归于局部的细胞病变，而用来杀死病变细胞的东西称之药，而能够杀伤或致死细胞的东西称之为毒。受这种思想的影响，人们经常误解中医上“毒药”的概念，甚至把中医上用来治病的良药看成是不可食的毒药，如砒霜，中医认为它含有的重金属离子可以吸引大量水分子在它周围有序排列，形成一个大水包，从而堵塞某些经络，是治疗某些功能亢进性疾病的良药，而西医却根据西药的原理把它定义为毒药，从而拒绝用它治病。
显然，造成这种对立的根源在于药理的不同，西药的标靶是病变细胞，而中药的标靶是病变细胞的营养通道，即中医上的经络。西药以杀死病变细胞为根本，而中药以疏堵细胞的营养通道为根本，对于细胞功能亢进引起的病变或病变之前，中医就用堵法，即用中药堵塞细胞的营养通道，缺乏了营养供应，亢进的细胞自然恢复正常；对于细胞功能低下引起的病变或病变之前，中医就用通法，即用中药疏通细胞的营养通道，得到了更多的营养，低下的细胞功能自然增强。对比一下就知道，西医治病的力量来源于药物，而中医治病的力量来源于整体，中药只是用来恢复整体管理的一种手段，因为在中医看来，局部细胞之所以病变，是因为整体管理上的失控，只要恢复了整体的管理，病变细胞就可以在整体力量的控制下改邪归正。
理解了中药的药理，就知道中药的“毒”字，其实就是该味药的偏性，即偏于温凉寒热的药性。中医所谓的“以毒攻毒”，用《黄帝内经》的话来说便是“热者寒之，寒者热之”，就是要利用中药的寒热偏性（也就是“毒”性）来祛除（或中和）人体内的热寒病邪的偏性，这才是中医“以毒攻毒”的正确理解。而如果用反了，便会偏上加偏，邪者益邪，如同火上浇油或者雪上加霜，便会加重病情，甚至要了人命，如不少体质虚弱的人，滥服六味地黄或洋参虫草，其实就是阴药补阴邪，最终导致死亡。从错用方药这个意义上说，倒是可以用今天“毒”的含义来理解了。
很多人喜欢把中药和食物机械地分开，其实，任何食物都是有偏性的，具有药的性质，只不过这种偏性较小而已。如果真要在食物和药物之间划一个标准，只能说偏性三分以上的称为药物，偏性一二分的称为食物。正是食物的偏性较小，如萝卜、白菜、大米、黄豆、苹果、鸭梨等，可以当饭菜、当水果天天吃或经常吃。但是，它们的偏性我们不能忽视，因为长期食用某种偏性的食物，就会产生累积性效应使它具有和药一样的性质。
人们常说，“馒头没毒，但吃多了照样得病”，从这种意义上来说，馒头就是毒药。同理，蛋白质、脂肪、糖，它们都是人必需的营养成分，但如果食用过量，也会产生各种各样的疾病，现代的“富贵病”就是由此引起的。特别是一些偏性较大的食物，更要节制，如中医认为西瓜是偏性（“毒性”）寒凉的水果，任何人吃西瓜吃多了大便都会不成形，甚至拉稀。所以对脾胃虚寒的人来说，应当慎食或禁食西瓜。类似西瓜的，偏性较大的水果，如龙眼，后世有人把它入药，弄出个“归脾汤”，就因为龙眼的偏性（“毒性”）充其量两三分而已。
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