海军航空兵从来不是只从航空母舰上升空作战的。不只是承担飞行员训练任务的练习航空队要利用陆上的基地，其他的诸如运输机、侦查机队都是从陆地上升空作战的，这点日本海军也一样。特别是战时日本没有独立的“空军”，以舰船为核心的海军暂且不谈，就连拥有运输船之类船舶的陆军，对航空兵来讲也只有陆军海军的头衔导致的机种的区别，所以从内涵上说陆海军航空队基本是基本等同的。因此，对日本海军来说，航空兵部队大体分为陆上的基地航空队与海上的航母部队，而太平洋战争中期以后则是以基地航空队为主导了。
基地航空队大体分为常设航空队和特设航空队两类：前者不分战时还是平时，建制上主要以各地建立的诸如横须贺海军航空队或馆山海军航空队之类（此类队名后略为某某空）以所在地地名命名的部队为主；后者是在战时体制下编成的诸如第十二航空队、第十三航空队这样以番号来命名的部队。两者的识别番号与航母部队一道由《航空机番号授予法及其标示方法》和《联合舰队飞行机识别规定》进行规定。
常设航空队一般以队名片假名的首字作为识别符号，例如横须贺空，即由“ヨコスカ”的“ヨ”作为识别符号；而在首字假名相同、重复的情况下，则一般叠加名中其他片假名或汉字用以区别——例如大村空（オオムラ）、大分空（オオイタ）和大井空（オオイ），识别番号分别为“オ”、“オタ”和“オ井”。侵华战争前期在中国大陆作战的常设航空队则根据《联合舰队飞行机识别规定》，以英文字母、罗马数字和阿拉伯数字作为识别符号，而练习航空队和本土防空部队则使用片假名直到战争结束。
昭和17年11月1日，海军将参加实战的常设航空队队名全部改为三位阿拉伯数字，战斗机部队的号段为200~300。例如以零战部队成名的台南空改为251空、千岁空改为201空之类。而随着队名的变化，识别番号也发生了改变。新识别符号由一位英文字母+英文字母或阿拉伯数字的两位编号组成。最初英文字母表示所属航空战队（由两个以上的航空队组成），数字表示战队内的航空队编号，这一识别符号不区别战斗机、陆基/舰载轰炸机。比如所罗门方向的第二十六航空战队（识别符号为T），其战队内的204空作为二号队，识别番号为“T2”；同队三号队的582空则以“T3”表示。然而，这种表示方式作为识别符号而言难以理解，无法长期使用。特别是处于激战地区的拉包尔，驻拉包尔的零战部队在昭和18年夏天就改成了一位阿拉伯数字作为识别符号。经常为人所熟知的是在拉包尔地区拍摄的照片和新闻影片上出现了大量识别符号为“9”的零战52型，然而至于这一数字表示的是哪支部队，笔者查阅了大量资料但仍一无所获。
能够通过照片和新闻影片确认的数字有1、2、4、6、7、9，当时拉包尔地区的零战航空队有201空、204空、251空、253空和582空舰战队，一共5支；昭和18年底251空和582空的舰战队被撤销，此后的五二型剩下了2、7、9三支部队。不管怎样，这个问题还是有调查研究的空间的。
到了战事每况愈下的昭和18年7月1日，海军将陆基部队的王牌编成第一航空舰队，作为大本营直属部队对其投入了极大的期望。编入一航舰的各支航空队除了使用规定的三位阿拉伯数字之外，还就着高昂的士气使用了“虎”、“鹰”和“狮子”等表示勇猛雄壮的汉字作为航空队通称和尾翼识别符号。编入一航舰的战斗机部队有261空（虎）、263空（豹）、341空（狮子）、321空（鵄）、265空（雷）、初代343空（隼）、221空（岚）、361空（晃）和345空（光），共9支。但是这9支部队并没有全部使用通称作为尾翼识别符号。到昭和19年2月，战况更加紧张的马里亚纳方向决定投入一航舰作战，此时已经废止汉字识别符号，采用队名三位或后两位阿拉伯数字（如362或62）。比较特殊的是进驻塞班岛后，261空仍有飞机垂尾以“虎”作为识别番号，其他各部队在昭和19年后均使用了上述的新方案。
昭和19年2月15日，海军航空部队进行大编制改换，导入特设飞行队体制。至此，各航空队下属整个的飞行机队，将航空队司令部，飞行机队和地勤人员三者分别编入各队，以特设飞行队的形式编入各航空队，以期飞行队间编成和作战时能更为灵活。
在重编的战斗机队中，100号~700号为甲战（舰战）队和乙战（局战）队，800号~900号为丙战（夜战）队。例如昭和19年7月的221空下设战斗第308、312、313、407共四支飞行队，垂尾识别符号皆为“221”，后缀各飞行队识别符号，308为“A”、312为“Z”、313为“Z II”、407为“D”。以三位数字+英文字母/罗马数字的形式区分航空队与飞行队的识别番号。此外，252空在昭和20年使用了另一种表示方法，即以机体编号区分各队。如1~99为316飞行队、101~199为311飞行队；还有如203空将飞行队识别符号以航空队番号的变体使用的情况，如“203”、“03”、“3”用来分别指代该队下设的飞行队。
应当指出的是，陆基航空部队的尾翼识别符号同航母部队一样，在机体全银/全饴涂装下为红黑色、迷彩/深绿涂装下又增加了白黄两种颜色。由于战后留下的资料有限，因此总揽全部航空队的识别方案是不可能的事情，只能根据照片、线图、识别符号、字体、颜色变体等方面尽量做出概括。
昭和13年，12空所属96式2号舰战“报国-102”，注意垂尾编号是三角形
昭和13年，12空所属96式2号舰战，垂尾编号已经变为一排
昭和15年，12空所属零战11型，“3”又回到了上上图中的字体，类似平假名“ろ”
昭和17年，被遗弃在新几内亚的零战32型，台南空所属
被遗弃在马歇尔群岛的252空所属零战21型，仅能通过“Y2”辨认出所属：Y=22航战；2=2号队
昭和19年6月，在塞班岛被美军缴获的261空所属零战52型，“61-131”号
在塞班岛被遗弃的263空所属零战52型，通过白色识别条辨认出263空所属
在菲律宾被美军缴获的341空战斗401飞行队所属零战21型
附表1：飞行队区别字一览表
附表2：联合舰队飞行机识别符号（基地航空队）（昭和15年11月15日）
第四舰队：
第3特别根据地队 7空：I~VII
第5特别根据地队 8空：I~VIII
第四联合航空队 横滨空：Y，千岁空：S
附属：
第一联合航空队 高雄空：T，鹿屋空：K，东港空：O
第二联合航空队 美幌空：M，元山空：G
第三联合航空队 千岁空：S，横滨空：Y
附表3：开战时联合舰队外战部队主要航空队识别符号（基地航空队）
第21航空战队 鹿屋空：K，东港空：O，1空：Z
第22航空战队 元山空：G，美幌空：M，附属战斗机队：II
第23航空战队 高雄空：T，台南空：V，3空：X
第24航空战队 千岁空：S，横滨空：Y
第3根据地队 16空：16
第4根据地队 17空：17
第5根据地队 18空：18
第6根据地队 19空：19
第7根据地队 福岛空：V
附表4：昭和17年7月14日改定的联合舰队外战部队识别符号（基地航空队）
第三舰队：
第一航空基地队：T
第四舰队：
第4根据地队 21空：21
第5特别根据地队：VB
第6根据地队 19空：19
第11航空舰队：
第21航空战队 鹿屋空：K，东港空：O
第22航空战队 元山空：G，美幌空：M
第23航空战队 高雄空：T，3空：X
第24航空战队 1空：Z，千岁空：S，14空：W
第25航空战队 4空：F，台南空：V，横滨空：Y
第26航空战队 6空：U，木更津空：R，三泽空：H
第2南遣舰队：
第21特别根据地队 33空：33
第24特别根据地队 36空：36
35空：35
附表5：昭和18年后半基地航空队识别符号范例
第21航空战队 253空：Z1，751空：Z2，201空：W1，151空：W4
第22航空战队 755空：Y1，252空：Y2，552空：Y3
第23航空战队 202空：X2，753空：X3
第24航空战队 752空：W2
第25航空战队 251空：U1，801空：U3
第26航空战队 705空：T1，204空：T2，582空：T3
第27航空战队 801空：N1
第51航空战队 502空：R1，701空：R2，厚木空：R3
附表6：第1航空舰队所属各队识别记号（昭和18年夏~19年2月）
附表7：联合舰队飞行机舰（队）识别符号（基地航空队）（昭和19年5月31日）
第一航空舰队：
61航战：121,261,263,265,321,343,521,523,761空
22航战：151,202,251,253,301,503,551,755空
23航战：153,732,753空
侦察机队：180
第十一航空舰队：
958空
输送机队：730
第十二航空舰队：
27航战：252,452,752,801空
51航战：203,502,553,701空
输送机队：740
第十三航空舰队：
28航战：331,705,851空
381空
输送机队：970
第十四航空舰队：
输送机队：410
中部太平洋舰队：
第5根据地队：450
第30根据地队：480
联合舰队直属：
62航战：141,221,322,341,345,361,522,524,541,762空
第三舰队：
2航战：652空
3航战：653空
4航战：634空
601空
第四舰队：
第4根据地队：902空
第八舰队：
938空
第一南遣舰队
936空
第二南遣舰队
932空
第三南遣舰队
954空
第四南遣舰队
934空
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