故事的从20世纪60年代说起，那时候美苏争霸，两国在外太空探索上展开了激烈竞争。
中国也不甘示弱，就搞了个红岸工程。女主角叫叶文杰，是一名天体物理学家，也加入了这个计划。
参与这个项目的其他科学家，都觉得基地的设备功率太低，就算是往宇宙中发射信号，就算是有外星人，他们也接收不
到。然后，某一天，叶文杰突然脑洞大开，如果把太阳作为一个扩音器，是不是可以增大功率呢？
于是，他就偷偷地用这个办法，向宇宙发射了一条信息。没想到，八年后，他真的收到了一个名叫三体星人的回复，而回复只有一句话：不要回答！不要回答！不要回答！可能外星人也知道重要事情说三遍的道理吧。
这是怎么回事呢？
原来，收到叶文杰信息的是一个叫1379的三体星人，这个三体星科技发达，但不养闲人，说白了，只要你不能工作就得死。
这个1379在他们那的监听站已经工作了大半辈子，而且只有他一个人，本来这种什么也监听不到的工作可能要延续下半辈子，但命运就是这么神奇，叶文杰的消息被他捕捉到了，他高兴，经过分析，也得知了这条信息发出的位置，但是冷静下来之后，他不想把这个消息通知上级，一来，一旦通知上级，就意味着地球会被侵略，二来，一旦他完成任务，也意味着自己失去了在三体星存在的价值。说白了，即便发现了一个新的星球，丝毫也改变不了1379的生活状态。所以，弊大于利，何必了，于是就有了他的回信儿。
但是，女主角叶文杰就觉得，你不让我回答我就不回答了？那我面子往哪儿搁？而且当年叶文杰之所以要发出那样一条消息，也和60年代他的家庭遭遇有关，他曾经亲眼目睹了自己父亲被殴打致死，而且自己也是多次被人陷害才最终到了这座红岸基地。
所以，他早就对这个世界彻底绝望了。
于是，不出意外地出意外了，她回复了这条消息。
大意是：这个世界的人已经没救了。主啊，你们赶紧来拯救我们吧。
之前发消息的三体星人1379终于还是被上级发现捣鬼，本以为有关地球的消息就丢失了，没想到消息又来了，三体星人一看，吆喝，还有这么好的事儿？刚好我们星球处在水深火热之中，既然你们这么诚心诚意的邀请，（来打我呀，打我呀）这么离谱的要求我们这辈子都没听说过。那还等什么？出发呀。
但是，他们到达地球需要400年时间，为了防止这400年里，人类技术超过他们。
三体星人就派出了一个叫智子的,，类似水滴的微型机器人先来到地球，这个智子速度接近光速，所以四年多点时间就到了地球。
他是一方面监视地球上人类的一举一动，一方面专门干扰人类的高能物理实验。目的就是锁死了人类的科学发展。就在三体人的舰队要过来侵略地球的时候，地球上也出现了一群对社会不满的愤青儿，并且组成了一个三体组织跟三体星人取得联系，准备迎接他们。
他们的口号是：消灭人类暴政、世界属于三体。
而叶文杰就成了这个组织的精神领袖。
这个三体组织的实际领导是一个叫伊文思的富二代。
他给三体组织提供经费支持，而且，他们在一艘叫做“审判日号”的游轮上，建立了三体组织的总部“第二红岸基地”。
为了发展三体组织成员，他们开发了一款《三体游戏》，玩家可以通过游戏了解三体文明，然后加入三体组织，而新成员加入时的第一句问候就是：现在，我们是同志了。
说到这个三体组织的成员，可以说都是社会精英阶层，掌握着非常大的资源和权利，所以，他们以惊人的速度不断壮大，最终，被官方发现了。
各国政府秉承攘外必先安内的宗旨，决定联合起来剿灭三体组织。而这个行动代号叫“古筝行动”，其实就是为了拿到第二红岸基地的相关数据，在巴拿马运河最窄的地方把审判日号邮轮给摧毁掉。
伊文思死后，官方获取了大量关于三体文明的信息。这不看不知道，一看可是吓一跳，人类文明和三体文明根本不在一个量级上，在三体文明眼里，人类不过就是只虫子，现在他们要来拍死虫子，那虫子们该怎么办呢？
螳臂当车也得挡啊，指不定就把车胎给他扎破了。
也就是在研究三体文明之后，人类发现了三体人有个致命弱点，就是他们的思维是透明的，想什么一眼就能看出来，比如喜欢一个姑娘，
三体人就会直接说：我想跟你睡觉。但人类会说：我想跟你起床。
虽然三体人把人类科技给锁死了。但他们万万想不到，人类还有个终极武器：玩阴招。
联合国就施行了一个面壁计划，选了四个面壁人，给他们提供一切可提供的资源，让他们制定防御计划，在计划执行过程中，面壁者不需要对自己的行为做任何解释。因为每个行为都可能是为了欺骗三体人。
而真正的目的只藏在他们自己的大脑里，这四个面壁者分别是：
前美国国防部长，委内瑞拉总统，英国科学家，还有中国一个叫逻辑的年轻人，前三位光听头衔就知道不一般，那这个罗辑是谁呢？
联合国之所以选他，是因为他是一个唯一被三体人下令要消灭掉的人类，所以联合国觉得这个人肯定不一般，但到底有什么不一般，没人知道。
其实罗辑只是个学社会学的文艺青年，曾经还爱上了自己小说里的一个虚构人物，他有个高中同学叫杨冬，是个物理学家，在得知人类物理学被三体人锁死之后绝望自杀了，而他的妈妈就是大名鼎鼎的三体教教主叶文洁。
有一次罗辑去祭奠杨冬，就遇到了叶文洁，叶文洁就说：小伙子，你是研究宇宙社会学的奇才。于是告诉了他两条宇宙基本公理。
一，生存是文明的第一需要。二，文明不断增长和扩张，但宇宙中的物质总量是保持不变的。
而且叶文洁还告诉罗辑两个名词：猜疑链和技术爆炸。
罗辑当时虽然听不明白，但感觉还是很厉害的样子。
在成为面壁者之后，罗辑也没能力搞什么防御计划，而是带着老婆孩子，到瑞士一个山清水秀的地方享清福去了，按规定，联合国官员也不好干涉，因为他可以说这就是我计划的一部分，也就在面壁计划启动的同时，
残余的三体教成员也展开了相应的破壁计划，
一番较量之后，前三个面壁者都被破解了，只剩下罗辑，因为他没必可破。
可这时候的联合国坐不住了，于是就绑架了罗辑的妻儿，逼她做点什么，无奈之下，罗辑突然灵光乍现，好像悟出了什么了不得的东西，于是他决定做个试验验证一下。
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