根据产业投资基金的法律实体的不同，产业投资基金的组织形式可分为公司型、契约型和有限合伙型。
一是公司型。公司型产业投资基金是依据公司法成立的法人实体，通过募集股份将集中起来的资金进行投资。公司型基金有着与一般公司相类似的治理结构，基金很大一部分决策权掌握在投资人组成的董事会，投资人的知情权和参与权较大。公司型产业基金的结构在资本运作及项目选择上受到的限制较少，具有较大的灵活性。在基金管理人选择上，既可以由基金公司自行管理，也可以委托其他机构进行管理。
公司型基金比较容易被投资人接受，但也存在双重征税、基金运营的重大事项决策效率不高的缺点。公司型产业投资基金由于是公司法人，在融资方式更为丰富，例如可以发行公司债。
二是契约型。契约型产业投资基金一般采用资管计划、信托和私募基金的形式，投资者作为信托、资管等契约的当事人和产业投资基金的受益者，一般不参与管理决策。契约型产业投资基金不是法人，必须委托基金管理公司管理运作基金资产，所有权和经营权分离，有利于产业投资基金进行长期稳定的运作。
但契约型基金是一种资金的集合，不具有法人地位，在投资未上市企业的股权时，无法直接作为股东进行工商登记的，一般只能以基金管理人的名义认购项目公司股份。
三是有限合伙型。有限合伙型产业基金由普通合伙人(GP)和有限合伙人(LP)组成。普通合伙人通常是资深的基金管理人或运营管理人，负责有限合伙基金的投资，一般在有限合伙基金的资本中占有很小的份额。
有限合伙人主要是机构投资者，他们是投资基金的主要提供者，有限合伙基金一般都有固定的存续期，也可以根据条款延长存续期。
通常情况下，有限合伙人实际上放弃了对有限合伙基金的控制权，只保留一定的监督权，将基金的运营交给普通合伙人负责。普通合伙人的报酬结构以利润分成为主要形式。
典型的有限合伙型产业基金结构可分为三层：银行、保险等低成本资金所构成的优先层，基金发起人资金所构成的劣后层，以及夹层资金所构成的中间层。优先层承担最少风险，同时作为杠杆，提高了中间层和劣后层的收益。通过这种设计，有限合伙型产业基金在承担合理风险的同时，能够为投资者提供较高收益。
某股份银行参与投资某省会城市的产业园开发项目的有限合伙型产业基金，其中理财资金为LP，园区平台公司为GP，双方占比为4：1，基金持有项目公司51%股份，以土地开发和项目产生现金流偿还投资方本息。
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