直线职能制组织结构是现实中运用得最为频繁的一个组织形态，广泛应用在中小型企业和新型企业中。它把直线制结构与职能制结构有机的结合起来，作为该领导的参谋，实行主管统一指挥与职能部门参谋、指导相结合的组织结构形式。

直线职能制是直线制与职能制的结合。它是在组织内部既有保证组织目标实现的直线部门，也有按专业分工设置的职能部门；但职能部门在这里的作用是作为该级直线领导者的参谋和助手，它不能对下级部门发布命令。这种组织结构形式吸取了直线制和职能制的优点：一方面，各级行政负责人有相应的参谋机构作为助手，以充分发挥其专业管理的作用；另一方面，每一级管理机构又保持了集中统一的指挥。但在实际工作中，直线职能制有过多强调直线指挥，而对参谋职权注意不够的倾向，应该注意规避。

由于这种组织结构形式具有以上的优点，使得它在各国的组织中被普遍地采用，而且采用的时间也较长。我国时下大多数企业，甚至机关、学校、医院等一般也都采用直线职能制的结构。