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3年前一篇论文,诞生了一家新型抗病毒公司,用Cas13切碎病毒基因组

撰文丨王聪

编辑丨王多鱼


HIV病毒、流感病毒、冠状病毒、呼吸道合胞病毒、寨卡病毒、埃博拉病毒等等,这些世界上最致命或最常见的人类病毒都是 RNA 病毒。然而,这些致命 RNA 病毒大多没有 FDA 批准的疗法或疫苗。

而且,这些 RNA 病毒只有极少部分具有可以被 CRISPR-Cas9 靶向的 DNA 中间体,因此,强大的 Cas9 也难以发挥作用。

2022年9月15日,致力于为这些致命 RNA 病毒开发新疗法的公司 Carver Biosciences 宣布完成了由 Khosla Ventures 领头的种子轮融资。

Carver 公司开发了一种基于 CRISPR-Cas13 的可编程平台技术,为治疗多种病毒感染提供通用解决方案。此轮融资将用于在公司位于波士顿的实验室和合作 CRO 公司开展细胞和疾病模型中的 Cas13 初步概念验证实验。


Carver 公司的创始人 Cameron Myhrvold 博士是普林斯顿大学助理教授,他从2016年起就一直致力通过 Cas13 研究 RNA 病毒。该公司证实基于他在2019年发表于 Molecular Cell 的一篇论文【3】。他认为,Cas13 为靶向 RNA 开辟了一个全新的世界,就像 Cas9 靶向 DNA 那样。绝大多数病毒感染没有 FDA 批准的疗法或疫苗,对于使用 Cas13 来治疗病毒感染充满信心。

Cameron Myhrvold

众所周知,CRISPR-Cas 系统是细菌和古菌特有的免疫系统,用来抵抗外源病毒或质粒的侵害。

2013年2月,张锋团队率先将 CRISPR-Cas9 系统应用于哺乳动物和人类细胞的基因编辑。

2016年8月,张锋团队在 Science 期刊发表论文【1】,首次发现并证实 CRISPR-Cas13 系统可以结合并“切碎”RNA,而不切割 DNA,这项研究不仅拓宽了我们对 CRISPR-Cas 系统的理解,还表明了 Cas13 可用于开发新的 RNA 靶向工具。在此基础上,张锋团队开发了 基于 Cas13 的病毒检测系统——SHERLOCK

2018年4月,Cameron Myhrvold、Pardis Sabeti 等人在 Science 发表论文【2】,表明基于 Cas13 的 SHERLOCK 系统可以检测患者样本中的寨卡病毒和登革热病毒,可作为一种高灵敏性、高特异性,且可快速现场部署的病毒诊断工具。


2019年10月,Cameron MyhrvoldPardis Sabeti 等人在 Molecular Cell 期刊发表了题为:Programmable Inhibition and Detection of RNA Viruses Using Cas13 的研究论文【3】


该研究将 Cas13 的抗病毒活性与其诊断能力结合起来,建立了一个强大和快速可编程的诊断和抗病毒系统——CARVER,可检测和消灭人类细胞中的 RNA 病毒,将来可能用于诊断和治疗病毒感染(包括由新兴病毒引起的感染)

CARVERCas13-assisted restriction of viral expression and readout,同时,CARVER 也有雕刻师的意思。

这项研究是首次利用 Cas13 在人类细胞中进行抗病毒研究。2021年,Cameron Myhrvold 博士基于这项研究成果创立了抗病毒生物技术公司——Carver Biosciences 。

在这篇论文中,为了探索新的抗病毒策略,研究团队将重点放在了 Cas13 上,Cas13 可被编程来靶向 RNA 的特定序列,几乎没有限制,并且相对容易进入细胞,而且,Cas13 已被张锋团队在哺乳动物细胞中进行了充分的研究。

研究团队首先筛选了一系列 RNA 病毒,然后寻找 Cas13 可以有效靶向的病毒 RNA 序列。他们主要寻找的是那些既不易突变,又最有可能在被切断后导致病毒失效的片段。最终通过计算确定了数百个病毒物种中的数千个位点,这些位点可作为 Cas13 的有效靶标。

研究团队测试了 Cas13 在分别感染了三种不同 RNA 病毒的人类细胞中的活性:淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒(LCMV)、甲型流感病毒(IAV)和疱疹性口炎病毒(VSV)。将 Cas13 基因片段和工程化的引导 RNA(gRNA)导入细胞,24小时后,将细胞暴露在病毒中。再过24小时后,Cas13 使细胞培养中的病毒 RNA 水平降低了到了原来的不足四十分之一。


研究团队进一步研究了 Cas13 对病毒感染性的影响,数据显示,在病毒暴露8小时后, Cas13 将流感病毒的传染性降低到了原来的不足三百分之一。

现阶段,Carver 公司正在利用 Cas13 在 RNA 水平上靶向感染呼吸道的病毒(例如流感病毒冠状病毒等)。目标是消灭这些病毒,阻止它们在人体内的复制,Carver 公司开发的抗病毒疗法可以与疫苗接种或抗病毒抑制剂协同治疗,以阻止病毒感染的进展。

Carver 公司的模块化抗病毒系统,由三部分组成——递送系统Cas13向导RNA,递送系统为脂质纳米颗粒或聚合物纳米颗粒,Cas13 用来降解病毒 RNA,向导RNA 负责识别和靶向病毒的 RNA 特定序列。


参考资料

1.https://www.science.org/doi/10.1126/science.aaf5573

2.https://www.science.org/doi/10.1126/science.aas8836

3.https://doi.org/10.1016/j.molcel.2019.09.013

4.https://www.carver.bio/

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