1944年，袁仲贤在山东前线。
这年秋，日军纠集兵力对鲁中区进行大规模“扫荡”。在东起沂水、西至蒙阴、南抵临沂、北达莱芜的范围内，反复拉网合围，妄图将我鲁中军区机关及部队一举歼灭。10月27日，日军集中万余重兵，合击我驻沂水县南墙峪一带机关部队。山东军区后勤部、鲁中二军区、新起义的一一一师一部及区中队、民兵、群众八千余人，被敌拉网合围，压缩在南墙峪周围狭隘的山沟里。本来在滨海军区训练的抗大一分校上干大队，为避敌对滨海“扫荡”锋芒，在袁仲贤带领下此时来到鲁中，也被围进了合击圈中。还有几名临产的女同志，也随队来到鲁中。至下午三四点钟，上干大队撤到南墙峪山下。这时，形势十分严峻，只有两个主峰在我手中，主峰北山有特务营扼守，与敌激战，周围其余山头已全部被敌占领，空中有数架敌机轮番进行低空轰炸扫射，山头敌人火力可以交叉封锁。我军活动范围只有两个主峰之间的一条深沟，沟内我军建制混乱，又多是非战斗部队，人群、马匹拥挤在一起，陷入困难境地。有的在包扎伤口，有的在焚烧文件，有的在清理行装，准备同敌人拼死一战。
等上干大队下到沟底时，天已黑了下来。袁仲贤镇静地召集大家分析敌情，研究突围方向。在这之前，他就找群众调查，有两位农民告诉他，通向隔山半腰有条小道，人可以行走，过去砍柴、放羊走过。袁仲贤认为南面两峰之间的凹部可能是敌人合围薄弱点，决定拂晓前从两位农民说的两峰间羊肠小道突出去。九十点间，突围准备就绪，此时其他被围军民也已开始突围。袁仲贤命令突围后，带领两位便衣侦察员和两名向导，走在队伍前面，武装班排紧随其后，伤员、女同志一个紧跟一个，迅速地、静悄悄地向南插去，直奔两峰之间的凹部。不出所料，两峰之间的凹部几十米间隙，敌人没有布置任何警戒。在袁仲贤的带领下，没费一枪一弹，没损一兵一卒，顺利突出日军合围，创造了一个巧妙突围的战例。
1943年3月，为适应敌后环境和贯彻精兵简政方针，山东分局、山东军区决定，抗大一分校改为山东军区教导一团，继续保留抗大一分校的番号。7月，校长周纯全奉命调山东滨海行署工作；9月，山东军区任命袁仲贤为校长，同时任命梁必业为政治委员兼政治部主任。
还在任一一五师司令部教育科科长时，袁仲贤就几次带参谋人员到抗大一分校检查军事教育，给教员、干部介绍训练、作战的经验。担任抗大一分校校领导后，袁仲贤坚决贯彻党中央和毛泽东制定的教育方针，即坚定正确的政治方向，艰苦朴素的工作作风，灵活机动的战略战术。袁仲贤认为抗大能否培养出合格的军政初、中级干部，在领导班子确定后，很大程度上取决于教学质量的好坏。他狠抓教员队伍的建设，把德才兼备的各级干部充实到教学第一线，不仅在政治上信任教员，业务上帮助教员，而且在物质上尽可能向教员倾斜。当年经济十分困难，排级干部月津贴3元，而军政教员每月5元，一般干部吃粗粮，给教员增加部分白面，这些都极大地调动了教员的教学积极性。
1944年6月，抗大一分校再一次进行精简整编，袁仲贤调任胶东军区参谋长。11月，任副司令员兼参谋长兼党委委员，协助许世友、林浩领导胶东的抗日斗争。
1944年6月中旬，为了保卫麦收，扩大根据地，山东军区政治部作出《夏季对敌攻势的决定》，要求各军区深入敌人腹地，在敌占区极大地扩大共产党的影响，为反攻与争取战局优势作准备。22日，山东军区发出《目前军事行动方针的指示》，指出目前应以争取巩固自己，改善阵地为行动方针，胶东军区必须改善西海与南海区形势，并继续改善与清河军区的联系，加强胶济路南的工作，配合滨海军区的行动。在秋季攻势中，按照山东军区指示，胶东军区的秋季攻势首先从南海区拉开序幕。袁仲贤与林浩政委调集了3个主力团和4个军分区独力团，采取分段作战方针，共同指挥了讨伐顽军阎轲卿、王豫民等部作战，歼敌5000余人。从18日开始的秋季攻势作战，历时一个多月，先后攻克收复据点138处，摧毁碉堡600多座，毙俘日军335人，伪军3000余人，解放文登、荣城两座县城，2500个村庄，扩大根据地5000多平方公里，使胶东4个军区的根据地连成一片，并沟通了鲁东与鲁中、渤海根据地的联系。
中共中央在1944年7月1日发出《关于整训军队的指示》，要求部队根据古田会议精神，在秋冬两季不妨碍战斗和生产的条件下进行政治整训，积极总结练兵经验，加紧军事训练，为将来我军的大发展和迎接反攻准备条件。袁仲贤根据中央指示精神，结合抗大一分校整训练兵经验，对胶东军区部队开展了以反对军阀、改善官兵关系为中心的政治整训及尊干爱兵运动，紧接着开展以射击、投弹、刺杀三大技术为主，以游击战术及攻坚为辅的大练兵运动，极大提高了胶东军区所属部队的政治素质和军事素质。
1945年8月8日，苏联对日宣战，抗日战争进入了最后阶段，朱德总司令发出了进攻反击的总命令。为适应大反攻的需要，山东军区主力及基干部队编为山东野战兵团，全省抗日部队编为五路大军，胶东军区被编为第三路，向胶济路东段及沿海城市展开攻势。
在山东开展大反攻的同时，8月29日，中共中央发出关于迅速进军东北的指示，要求晋察冀和山东准备派到东北的干部和部队，应迅速出发。
山东部队分3批进军东北，前后总计约6万余人。要在如此短时间内，调动大批主力部队海陆兼程的远途进军，需要做十分周密而艰巨的组织工作。当时，海上是输送部队最快捷的通道，为了做好渡海工作，罗荣桓指定胶东军区司令员许世友组织海运指挥部，由其担任总指挥，副司令员袁仲贤任指挥。袁仲贤协助许世友，动员了30多只汽船、140多只帆船，分别在栾家、龙口两个港口运送部队渡海。从1945年9月至12月上旬，山东开赴东北的部队，约有4.7万人从海路陆续到达了东北的指定地点。
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