国民党实行所谓“宪政”之后，党务经费便不能由国库自由开支，作为下属的党通局一下子处于无法生存的地步。
当时，已是立法院副院长陈立夫想到了内政部，内政部部长是CC系成员张厉生，他同意将党通局转归内政部管理，改名为内政部调查局。
1949年5月，内政部调查局在广州挂牌成立，此时，李宗仁已代理总统，而内政部部长张厉生也已下台，由桂系李汉魂代替，他一上任，就让自己的心腹张益民出任内政部调查局副局长一职。
内政部调查局虽然成立，但内部矛盾重重，麻烦多多，首先，原中统局局长叶秀峰一直自认为是部级干部，所以，不愿意屈尊在内政部调查局担任局长工作。
广州国民政府内政部旧照 图片来自网络
他既想保留原党通局局长的名义，又想“垂帘听政”，遥控指挥内政部调查局，于是，他大力推荐自己的亲信王保身出任内政部调查局局长，不过，觊觎此职位的不仅仅只有王保身一人，还有季源溥和王思诚。
第一候选人是季源溥，他是叶秀峰的亲信，也是陈立夫的亲信，季源溥在交通部劳工科担任科长时，成立了“中国劳工组织”，为中统局培养了大批优秀特务。因此，在中统局的呼声很高，而且目前还是党通局的副局长。
第二个候选人是王思诚，毕业于黄埔六期，进入中统后，先后担任组长、秘书、主任秘书一职，长期从事党派调查工作，在徐恩曾时期红极一时。
但是，叶秀峰上任之后，便对中统局进行了一番大清洗，在二陈的安排下，出去担任粮食部督导处处长。
相比这两人，王保身并没有什么胜出的优势可言。
最后，季源溥在陈立夫的推荐下升任内政部调查局局长。
此前，叶秀峰本打算推荐王保身出任副局长一职牵制季源溥，但是，没想到他并不给前任面子，而是接受李汉魂的交换条件，让张益民出任副局长一职，至此，叶秀峰失去对中统的直接控制。
就在这时，一个新问题摆在了季源溥面前，那就是如何才能在保证中统局“原汁原味”的同时，又能适应当前形势呢。
在这个问题上，季源溥请教二陈，二陈与季源溥商议后，决定保留中统局赖以生存的首脑部门和情报部门，其他部门和外延单位则采取化整为零的办法，对庞大的组织机构进行有效瘦身。
所以，内政部调查局除局长季源溥外，只设立副局长一名，兼任秘书一名，下面只设四处四室。
解放军渡江解放南京之后，中统局便从南京瞻园迁至广州抗日中路55号和法政路77号。
随着国统区的面积越来越小，各省市内的调查处室也随之逐一取消，同时，对仍保留的省市精减人员，压缩编制，规定各地区只设立处长、副处长各一名，秘书一名，下设总务、业务、交通三个科，并对其旁支机构进行了大幅度的裁减。
1949年的内政部调查局，下设四处：
第一处指导处，处长张庆恩，副处长朱凌云；
第二处研究处，处长徐政，副处长黄九诚；
第三处是交通处，处长苏恕诚，副处长袁更；
第四处总务处，处长陈庆斋，副处长朱韵涛。
人事室主任由季源溥的亲信李裕德担任，会计室主任是王大光。
局本部及各省市调查处的人事设置好之后，又增设贵阳、重庆、海口、华北、台湾五个办事处，其中贵阳办事处由陈庆斋负责，重庆办事处由副局长张益民负责，海口办事处由大特务杜衡负责，华北办事处由张庆恩负责，台湾办事处由季源溥的心腹郭乾辉负责。
后来，季源溥又根据陈立夫的指示，在云南、四川、西昌、广西、广东、江西、湖南、湖北、香港、浙江等地设立了调查处，可是有的调查处刚刚设立便被南下的解放军连窝端掉了！
针对这种情况，季源溥成立了一个局本部袖珍班子，配备了先进的电台设备，时常在各办事处之间进行“游击”指挥。
不过，眼看国民党大势已去随着局势，他找到二陈商量，如何在有限的时间内，尽可能地对解放地区造成极大的破坏，结果如下：
第一，派指导处副处长朱凌云在香港筹办潜伏特务培训班。
此计划以香港为华南据点，准备在共产党解放内陆之后，派遣特务继续对中共组织实施破坏。
朱凌云不仅是季源溥的心腹，而且还在中统局缅甸情报站担任过书记，对潜伏、破坏这类技艺十分在行。
第二，派特务黄雨青去华北创办秘密潜伏点。
这个秘密潜伏点具体地址不详，可能在绥远，也可能在北平，而这两处都是局本部指导处处长张庆恩的活动老巢。
1940年，张庆恩曾经出任绥远省党部书记长，他与傅作义将军关系不错，所以搞情报、搞破坏均有先天优势条件，不过，后来傅作义将军起义，北平和平解放，季源溥的这一计划最终破产。
第三，把情报活动的重点转移到东南亚一带，对大陆形成情报包围之势。
季源溥为此拟订计划，并向蒋介石提交了报告，蒋介石下拨10万银元作为“海外工作布置费”后，调查局便派特务徐公严去越南建立情报组织。
徐公严，江苏人，抗日期间曾担任中央政治学校发育教授，1940年担任重庆试验区考核科科长。
此人虽然身居高位，但能力一般，可他是陈果夫的心腹，季源溥只得勉强同意，时间不长，海外计划很快破产。
除此之外，季源溥还在西南各省进行一些布置，因为：
一、西南地区仍属国民党军阀势力范围，此地区长期割据，各特务系统保留完善；
二、西南曾是国民党的战略要地，尤其在重庆时代，蒋介石把西南当作自己的“后花园”，并在此地囤积大量人力物力，以待复辟；
三、西南还属偏远地带，距离解放区较远，共产党短时间内无法解放此地区。
因此，季源溥对大西南地区仍旧抱有幻想，他在保留四川、重庆、贵州三处班底不变之外，派其亲信余仲篪担任西康调查处处长；委派中央党校毕业的孙秉礼担任云南调查处处长，并让曾经担任重庆区区长的老特务李拓天，在云南筹建一秘密潜伏据点，以接应东南亚特务人员的潜入活动。
后来，季源溥还在滇越铁路和滇缅公路处成立调查处，并委任自己的老班底刁寄萍担任处长一职。
就在中华人民共和国刚刚成立不久，季源溥还从台湾偷偷乘飞机回到重庆，秘密指挥潜伏工作。
重庆老照片 图片来自网络
在党通局期间担任重庆区区长的王难三，此时担任重庆调查处处长一职，他得罪了许多地方势力，招致了重庆党部组织处处长龚曼华和立法委员陈铁夫的不满。
龚曼华和陈铁夫秘密商议，决定推荐代理过重庆区区长的刘介鲁担任重庆调查处处长一职。
季源溥的心腹甘青山也随季源溥一同来到重庆，而甘与刘介鲁是老朋友，自然无话不谈。
甘青山告诉刘介鲁，自己虽然已经在经济部担任要职，但还是想做重庆调查处的处长，并且托刘介鲁在季源溥面前为自己美言。
而刘介鲁也一直觊觎着重庆调查处处长的位置。
几天后，重庆调查处处长王难三在重庆皇后餐厅为季源溥召开欢迎会，与会人员有二百多人，其中还有内政部调查局副局长张益民及甘青山、刘介鲁等人。
宴会结束后，季源溥单独拉着刘介鲁和甘青山来到附近一家咖啡馆喝咖啡，坐下不久，他对刘介鲁说：“龚曼华、陈铁夫等人推举你当重庆调查处处长，现在大敌当前，凡是要以大局为重！我的意思是暂时不予变动，希望大家团结一心，共克时艰！”
几天后，龚曼华再次找到刘介鲁，试图通过刘介鲁向季源溥施压，赶王难三下台。
不过季源溥为了暂缓重庆调查处与地方势力的矛盾，决定由重庆市党部、重庆调查处、重庆市参议会三方各推荐三人组成九人工作小组，并指定王难三为小组组长。
季源溥在重庆待了几天，又去成都视察，并下令四川调查处想方设法掌握地方武装势力，继而与共产党打游击。
随后，他又拜访了四川省主席王陵基，并向王陵基推荐了1个专员，10个县长，让其掌握一个地区的地盘，并依附地方势力开展武装破坏工作。
1949年11月，解放军兵分三路向西南进军，季源溥制订了一个应变计划：
一、除组织名册、机密文件、关防印信应指定专人携带，其余文件则一律销毁；
二、给每个专职特务发放三个月薪酬作为安家费，本人须与本党组织、机关共同进退；
三、对“细胞”分子，凡身份未暴露者，可继续布置任务，对于身份已暴露者，在本地区无法立足的，也可以随组织行动；
四、尽一切可能掌握地方武装力量，必要的情况下与共产党打游击。
但是，计划不如变化快，许多计划还没有实施，就被解放军的攻势打落，重庆调查处乱成了一锅粥，特务们纷纷选择逃命。
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