为适应战争环境和建立稳固的东北根据地的需要，1946 年 12 月 1 日，东北行政委员会发布民字第八号令，将辽吉行政区改为辽北省，将辽吉行政公署改为辽北省政府。
东北行政委员会任命阎宝航为辽北省政府主席。
阎宝航
原行署主任朱其文、副主任于文清和军区司令员邓华、政委陶铸专电阎宝航表示欢迎，电文称：
“阎主席，欣闻你在东北人民热烈要求下，重返乡梓，并受任主持辽北省政。全省人民闻听之下，欢快异常，均热望在你主持下，共同为建设民主的新辽北而奋斗。顷悉你已到达齐市，希望你早日莅省，临电不胜企盼。”
1947 年2月1日，阎宝航从齐齐哈尔乘火车，到达白城子，第二天， 辽北省政府在白城子举行隆重成立典礼。
省政府主席阎宝航、副主席朱其文率七位委员朗读誓词：“余等誓以至诚之心为辽北人民服务，为争取和平民主建设新辽北奋斗到底。”
继而，由监誓人省议会代表发言，提出对政府之期望，阎宝航主席阐明政府当前施政方针。
他指出，当前主要任务是：一、深入进行土地改革，实现耕者有其田。二、解决农民春耕困难，计划六千万农贷之发放。三、扶助民营的工商企业。四、安定地方秩序，肃清土匪。五、实行新民主主义教育，提倡思想民主，彻底肃清法西斯汉奸及奴化的思想残余。六、支援自卫战争，争取胜利。
《东北日报》于2月7日以《辽北省正式成立，阎主席等就职视事》为题，报道了辽北省成立的消息。
阎宝航与省政府工作人员合影
辽北省所辖区域在松花江以南，沈锦铁路以北和沈长铁路西侧地区，包括今辽宁、吉林、内蒙古各一部分，是联结东北与华北的枢纽，也是东北解放战争的前沿。
这时，辽北省白城子地区及其周围几个县的解放区已进行了土地改革。
为保证前方和当地军民的吃穿问题，辽北省政府在阎宝航的带领下，集中全力抓好农业生产。但由于多年日伪统治，农村经济遭到严重破坏，生产力水平极低。加之战局不稳，一部分群众还有顾虑，生产积极性也受到影响。
上任伊始，阎宝航首先采取有力措施，抓好春耕备耕工作。
1947 年3月 15日，阎宝航组织辽北省党政军负责人会议，专门研究加强春耕生产工作，并成立了辽北省春耕运动委员会，阎宝航任主任，统一领导全省春耕生产。
3 月 18 日，阎宝航发出了《为春耕生产告农民同胞书》，号召农民把每亩田，每一分土地都种上，消灭撂荒现象，并重申人民政府的土地政策，“谁分得土地，地权就归谁所有”，打消农民顾虑，放心种地。
其次，是帮助农民解决种子、耕畜等具体困难问题。他不但派出大批干部和春耕工作队下乡，推动春耕生产，而且亲自下乡检查和推动春耕生产。
1947 年 4月上中旬，他先后两次下乡，亲临农家，嘘寒问暖，了解土改和备耕情况。视察中，阎宝航发现，个别村屯有侵犯中农利益的现象，立即指示当地有关部门纠正，要求确保证土地全部种上，并为农民解决春耕中存在的实际困难。
在深入农村抓备耕工作过程中，阎宝航以牲畜、粪肥和种子这三个方面为重点，发现问题及时解决。
省政府机关干部在彰武县二区六家子、土城子两个村进行了调查，“这两个村的牲畜已获得解决。虽然去年受了灾。损失颇重，但由于群众在去冬及今春副业生产的所得，利用政府的牲畜贷款和买进的牲口，已经补上去年的损失，并且购买的牲畜数目，超过了去年损失的数目”。
每到一地，他不满足于听取县、区政府领导的汇报，还用更多的时间召开农民座谈会，了解实情，征求意见，做思想动员工作。
阎宝航在辽北农村视察
阎宝航和省参议会主任于文清在洮安县三合区夏家屯调查时，参加了该村的春耕动员大会，和农民唠家常。
他说，自己过去是庄稼堆里的孩子，现在和大伙唠唠庄稼嗑，全屯要把庄稼务好，不让土地撂荒掉。全屯老乡要团结互助，有困难的政府一定设法帮助解决。
至于春耕中的粪肥问题、互助问题、合作问题、对党的政策认识问题、群众情绪问题、领导问题等等，阎宝航都在调查中—一进行了询问并给以解决。
经过努力，辽北广大农民认识到春耕生产的意义，看到共产党民主政府真心实意为他们谋福利，大大提高了生产积极性。这一年，全省十一个县播种面积达 71 万垧，较前一年增加十万余垧。
当然，阎宝航不仅认真抓了春耕备耕工作，在夏锄、秋收季节，他也花了很多精力。至 1948 年底，辽北地区连续两年获得农业大丰收。
在阎宝航任辽北省政府主席期间，辽北地区开始流行鼠疫，在领导辽北人民生产支前的同时，他还在一线，指挥了消灭鼠疫的特殊战役。
1947 年 5、6月间，辽吉地区开始发生鼠疫，到 7、8 月疫情开始蔓延，先后在通江、开鲁、突泉、长岭等20余县（旗）流行，其中尤其以通辽、乾安、开通等县更为严重。范围之广，这在东北地区历史上是少见的。
由于流行鼠疫，有些地方的土地、生产、征兵、战勤任务被迫停止，战争、生产、防疫成为当时最为关键的三大任务。
6 月 18 日，阎宝航亲自率领辽北各界前线慰问团抵达辽源访查疫情，7 月 29 日，他和省政府副主席朱其文接连发出两道紧急防疫命令，要求凡未成立卫生防疫委员会的地方应火速成立起来。并须以县长或副县长亲自任主任；对疫情发展加强监视，若遇紧急情况，立即通报省政府。
8 月，辽北省政府颁布了《防止鼠疫命令及其办法》，同时召开辽北省防疫工作会议，阎宝航亲自担任防疫委员会主任。
9月 5 日，辽北省政府主席阁宝航报告发生鼠疫地区已达 15 个县，全省死亡人数达 3000人，其中通辽最为严重，死者达千人。
会议决定，自齐齐哈尔以下诸线铁路暂停客运。
为消灭鼠疫，中央特请苏联红十字会半月协会防疫队，由防疫专家发伊斯基率领来到辽北，深人到各县区开展防疫工作，开在疫情最重的通辽县建立鼠疫防治病院，在病院周围村、屯建立数处患者中心收容所，通过十多天的实地调查，总结经验，最后形成了一套防治办法。
这套办法，经过进一步归纳，为东北及国家卫生部制定防疫政策提供了重要的依据。
1948 年2月，辽北省政府由白城子迁往郑家屯办公。6 月 22 日，东北行政委员会成立西满防疫统一指挥部，阎宝航被任命为指挥部部长，东北行政委员会卫生部副部长白希清，辽北省参议会议长于文清为副主任委员，统一指挥西满四省卫生防疫工作。
在阎宝航的指挥和苏联防疫队的大力协助之下，1948 年东北四省广大地区的严重鼠疫终被扑灭，挽救了无数人民的生命，保存了解放战争的后备力量，安定了后方，加强了前方。
在东北解放战争期间，阎宝航任务极其繁重，但他仍十分重视教育工作，关心教职员工素质的提高，为使教职员工能适应解放后新的教育制度，还对教育行政干部进行短期培训。
从 1947 年 7 月到 1948 年 10 月，阎宝航先后三次主持召开了全省教育工作会议，每一次都要发表讲话。
在 1947 年 7 月 12 日召开的辽北省教育工作者大会上，他阐述了解放区的新气象，重申了教育工作者的神圣职责。
他指出，东北青年存在的正统观念，正好上了国民党反动派的当。教育工作者对业务要力求从形式和内容上来一个彻底的改革，配合实际进行教育革新。
同时，号召大家追求真理，担负起教育培育第二代主人翁的伟大使命。
1947年，阎宝航与辽北民主学院师生合影
在辽北工作期间，阎宝航不但兼任辽北省民主学院院长，还在1948年5月 12日，主持创建了辽北学院，并任该校校长，以适续新形势，培养建设新辽北的文教、政权、农业等各方面人才。他多次到学院授课，为解放区的建设与发展培养了一批干部。
1947年春，东北民主联军处在战略大反攻的前夜，由于国民党军队的封锁，辽北地区非常艰苦，阎宝航与干部、群众同甘共苦。
为了支援前线，江北省政府带领省属机关干部开展生产节约运动，他以身作则，带头执行，从此戒除了几十年的吸烟习惯。
他和省政府其他领导同志一起，把白城子所有空地都种上了庄稼。同时，他下乡视察自带高粱米，在区政府做饭，不接受任何招待。
他的夫人高素虽“年近花甲，也和另外两位女同志种了五分菜地，并计划纺织”。
在他们的带头示范下，省政府干部、群众及各团体积极行动起来，纷纷参加生产节约活动。1948年2月 17 日，阎宝航签发了省政府《关于大量开展机关生产的指示》，号召每个机关干部生产粮食两石（每石五公斤)，完成粮食全年自给任务。
1947年夏，在东北民主联军发动夏季攻势期间，阎宝航率省政府慰问团、四专署文工团以及省立一中学生，带大批慰问品、慰问信，前往四平攻坚战外围的八面城、郑家屯等地进行十多天的慰问。
1948 年 9 月，阎宝航领导下的辽北省动员支前民工达 20万人。
1948年11月，辽沈战役结束，各级党和政府的工作由战争转入和平建设时期，情况变了，建设的任务更加繁重。
为此，辽北省委开展了一次检查领导、整顿机关的运动，在江北省政府直属各单位检查领导工作及整顿机关动员大会上，阎宝航指出：
我们的目标是检查领导改进领导作风，整顿机关，提高工作效率。为什么要这样做呢？
过去不是已天天改进作风，提高工作效率吗？三年来我们不是总在热情努力地工作着吗？但在今天强调改进领导作风，提高工作效率，是由于新形势与新任务的要求。
今天的情况，是东北全部解放后和平建设的环境，其中心任务是生产建设，整个的工作任务，非常繁重。
以辽北省府来说，省府机构大变动，各专署取消后，30多个县归省直接领导，全省 700 万人民生活问题要省负责解决，这样就使得省府本身工作增多了，工作更加感到繁重紧迫，
这就要求我们每个同志必须改进工作作风，提高工作效率，不然就不能适应新形势与新的要求，就完不成工作任务。
为了推动各级机关转变领导作风，阎宝航率先垂范，向自己开刀。1949年2月16 日，阎宝航在省直机关干部大会上作了“自我检讨”。
他的“检讨”分为四部分；一、缺点。二、根源。三、努力方向。四、对省府工作意见。
他“检讨”的主要缺点是：
一、强迫命令，在工作中，有时有强迫命令现象，事后检查强迫命令效果不好，他认识到，在领导工作中打通下级的思想更为重要。
二、主观主义。他说，一方面表现在工作中的热情和使用权威，但另一方面却忽略了集体领导的原则。三、制度观念薄弱。这是指他在外出开会办事时，看到对方困难，便把钱送给人家，忘记了干部外出还有标准，还要报销的制度。还有，看到有人需要棉衣棉被，就决定发给，忘记了制度规定。
四、用人尺度宽。用干部时有可能过分重视职能，而忽视政治标准。五、纪律不够严。他自称“言语诙谐，不顾地位，举止轻浮”等等。
阎宝航的检讨，在省政府机关引起很大反响。检讨中显然有些过分自责，而所说“不顾地位”，是他平等待人的自然表露。
据李侃回忆，阎宝航是一个没有官架子的人，他不讲什么上下级，什么人都谈得来。在辽北省工作时，有的领导同志虽然赞誉他联系群众的作风，但并不欣赏他的这种风格。
阎宝航对自己身上的弱点很清楚。他从敌占区到达东北解放区后，一方面为解放区崭新的面貌而高兴，也为不断胜利的战争形势所鼓舞；
同时，他也发现，自己在一些方面需要学习，根源就在于“没有经过革命阵营的实际的、长久的锻炼”。所以，他希望“老同志们多帮助，多多提意见，使我能够长进”。
高崇民旧照
事实上，他和老友高崇民早就谈论过这个问题。1947 年初，阎宝航就任辽北省政府主席前后，曾经给在哈尔滨工作的高崇民去过几次信，谈自励问题。
阎宝航是党内的秘密党员，由于党的事业需要和他当时从事秘密工作的特点，其党员身份一直没有公开。
到达解放区后，在任辽北省政府主席期间，他的党员身份也没有公开。包括一些领导同志也不知他的底细，都把他看成是“民主人士”、“开明人士”等等。
有些人对他往往缺乏尊重，另眼相待的事情是存在着的，他为自己不能参加党的会议、活动等，不能享受各种政治上的平等待遇有些感觉。
然而，这种情形在 1947 年 9 月间有了很大改变。阎宝航在他的那份“检讨”中说：
“陶政委在1947 年 9月间省属县长会议上，郑重地宣布了，我可以参加党的各种会议（这当然是限于公开的）以后，我曾参加这以后的县区会议、地委扩大会议以及省政府党组扩大会议。”
阎宝航对此特别加以说明，这是他第一次“参加省府党组扩大会议”。同时，他也可以看到由负责同志传给他的阅后送还的党内文件，他“感到相当的满意”。
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