国民政府军事委员是抗战时期的最高领导机构，下设机构包括：军政部，军训部，军令部，政治部，军事参议院，军事委员会调查统计局等部门，是抗战时期军事指挥的最高核心。
军事委员会成员11人
委员长1人：蒋介石
副委员长3人：阎锡山、冯玉祥，李宗仁
委员（7人）：程潜（参谋总长），何应钦（军政部长），白崇禧（军令部部长），唐生智（军训部长），陈诚（政治部部长），陈调元（军事参议院院长），陈绍宽（海军司令），
委员长侍从室：委员长的专用办事机构（类似总经办）
委员长：蒋介石（类似总经理）
下设：待从室第一处（主管军事情报，主任：钱大钧），待从室第二处（主管党务，主任：陈布雷），待从室第三处（主管人事任免，主任：陈果夫），侍卫组（负责安保任务，侍卫长：俞济时）
军政部：掌管全国所有军队的日常事务行政与后勤
部长：何应钦（类似常务副总）
所辖机构：五司（军务司、机械化司、马政司、交通司、军法司），四署（兵役署、军需署、兵工署、军医署）
军令部：指挥全国所有军队的军事作战
部长：白崇禧（类似主管业务的副总）
所辖机构：军令部一厅（主管作战计划）；军令部二厅（主管：军事情报）
军训部：主管军事训练
部长：唐生智（类似主管后勤的副总）
所辖机构：步兵监、骑兵监、炮兵监，工兵监、辎重兵监、通信兵监、机械化兵监
政治部：主管政治宣传
部长：陈诚（类似主管宣传的副总）
副部长：周恩来，黄琪翔（第三党派）
所辖机构：第一厅（主管军队政训），第二厅（主管民众政训），第三厅（主管宣传）
军事参议院：负责军事战略研究
院长：陈调元（类似工会主席）
国民政府军事委员是总部机构，下面划分为大的战区，大区经理是由军事委员会委员担任，阎锡山的第二战区司令长官、冯玉祥的第三战区司令长官，李宗仁的第五战区司令长官，另外程潜兼任过第一战区司令长官，何应钦兼任过第四战区司令长官，陈诚担任过第九战区司令长官。
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