南靖县前身是南胜县,建于元至治二年(1322年)。
建置南胜县时,县治设于九围矾山东麓,即今平和县南胜镇人民政府所在地。至元六年(1340年),县治北迁琯山之阳(即今平和县小溪镇旧县村)。元至正十六年(1356年),县治再北迁至兰陵(即今比邻漳州的靖城)。因此处位于福建南陲,且寇患屡不清,故把南胜县改名为南靖县,意为“南方之静”,以兆佳祥。这是说得比较好听的,实际上就是土匪太多,政府求安宁,别闹事,所以才用“靖”这个字。
明嘉靖四十五年(1566年),因地势平坦,城池多次被农民起义军攻克,知县林挺春募款在靖城境内的大帽山下(即今南靖四中附近)建新城。治所移民新城后不久,由于居民不愿迁往,于万历二十二年(1594年),迁回旧城。民国14年(1925年),靖城由于居民常受水患,知县张瑶渠又在大帽山下重建新城,但搬迁1个月后,发现此地水质不好,又搬回旧城。由此可见,当官的人瞎折腾,乱搞大工程的现象由来已久。
民国27年7月(即公元1938年7月),县长高恺鉴于靖城紧连漳州平原,易受日本侵略军飞机骚扰,遂又把县治西迁山城(即现在的南靖县山城镇,也就是城关镇)至今。