真菌，复数真菌，是真菌界约144,000种已知生物中的任何一种，包括酵母，铁锈，黑穗病，霉菌和蘑菇。真菌的种类很多，包括粘菌和卵菌（水菌），它们不属于真菌界，但通常被称为真菌。 Chromista王国中有许许多多这类的真菌样生物。真菌是地球上分布最广泛的生物之一，对环境和医学具有重要意义。许多真菌可以在土壤或水中自由生活；其他动物与植物形成寄生或共生关系，导致一些动物和植物的体内细胞免疫力下降。从科学上可以看出，基因敲除技术对于抑制真菌滋长非常有用。从内到外的敲除各种动植物的细菌。
真菌病原体是影响植物生长的主要疾病原因，导致产量和作物质量显着下降，并在全球范围内造成巨大的经济损失。据估计，大约30％的新兴疾病是由真菌引起的，因此需要新的策略来改善其管理。 CRISPR-Cas9的基因组编辑技术（包括基因敲除，敲入，点突变等）（聚簇规则间隔的短回文重复序列-CRISPR相关蛋白9）使研究人员能够更精确地修饰基因组序列的方式。 CRISPR-Cas的使用不仅提供了执行基因组功能分析的省时方法，而且还提供了新的真菌基因型，可用作植物病原体和触发植物防御反应的潜在竞争者。通过使用CRISPR-Cas9，可以诱导有益真菌中未知簇的激活，从而发现可以与植物或植物病原体相互作用的新的次级代谢产物。这可以导致其在现场释放新的有趣生物控制菌株，避免将转基因引入环境，基因敲除技术可以很好的敲除由真菌引起的慢病毒，基因敲除技术可以很好地把慢病毒包装清除。
在酵母中应用CRISPR/Cas9：一种有用的遗传修饰工具
促使许多生物体采用CRISPR–Cas9的进步是其靶向基因组中特定位的能力：通常，使用DNA的同源片段操纵DNA片段的尝试效率很低。酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）中有一个例外，其中可以通过将少于40个核苷酸（在选择标记的两边分开）的序列转化为细胞来实现基因编辑。外源DNA对酿酒酵母基因组的高度同源靶向是酵母已成为如此强大的实验工具的原因之一。确实，在其基因组序列完成后不久，有机体内的每个基因都被删除，这些突变体可供研究人员使用。同样，通过同源整合，所有蛋白都用绿色荧光蛋白标记，以了解亚细胞蛋白的定位，并标记表位以促进蛋白复合物的整体分析。因此，该基因编辑系统已经远远超出了用于遗传修饰的工具。
通过CRISPR/Cas9沉默突变控制镰刀菌FHB的发生
CRISPR-Cas9沉默突变体的一种可能用途是枯萎镰刀菌（FHB），它是全球谷类作物中由不同镰刀菌物种引起的最具破坏性的疾病之一，其中敲除禾谷镰刀菌和球茎镰刀菌最多。普通和侵略性特工。在FHB中，虽然和动物敲除大肠杆菌相比程度较轻。但是还是要重视它产量损失源于被感染小花的不育性，但谷物品质下降主要是由于对人类和动物具有剧毒的粘菌素（由真菌三基因簇编码）的积累。先前的研究报道，硬粒小麦的iRNA（干扰RNA）Δtri6突变体显示硬粒小麦的疾病指数降低了40％至80％。此外，镰刀菌的经典敲除Δtri5和Δtri6突变体无法将病害分别传播至小麦和玉米上的相邻小穗和谷粒，也无法诱导植物防御反应。同样，镰刀菌的Δmap1突变体显示出霉菌毒素产量减少了两倍，无法产生膜且无法穿透小麦组织，真菌影响到秸秆定植的能力,考虑到有毒力和无毒力的菌株之间的空间和养分竞争可以减少该病，禾本科镰刀菌和枯草镰刀菌的非毒力CRISPR突变菌株的现场释放可能有助于控制FHB的发生。
基因敲除加速了衣原体假单胞菌的功能基因组学研究
基因敲除技术是研究基因功能的有用分子工具。但是，衣原体可以抵抗一系列高水平的真菌。
基因敲除切割效率不仅可以让人具有生成蛋白基化谱和建立调控记录的能力，而且具有多种优势，是一种特别有吸引力的重组蛋白表达系统。首先，它在谷氨酸上羧基化，在酪氨酸上硫酸化。第二，操作简单，通过瞬时基因表达可以快速产生重组蛋白。第三，可用于稳定的重组蛋白生产。一些研究人员利用基因细胞敲除切割效率系统产生基因编辑细胞系，对GLUL基因组位点进行靶向测序，产生了EPO的稳转细胞系，并发现重组促红细胞生成素在人体内稳定表达的机制。
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