慢病毒shRNA文库介导的基因筛选常规流程如下图1所示。首先，利用慢病毒shRNA文库转导靶细胞，并通过慢病毒载体上携带的筛选标记（例如药物选择或荧光标记）来筛选成功转导的阳性细胞。将阳性细胞分为对照组和实验组，对实验组进行压力选择（如药物处理或重复传代），筛选出具有目的表型的细胞。基因功能筛选策略通常有三种类型：1）活力筛选，筛选出shRNA富集或锐减的活细胞; 2）报告基因筛选，筛选出报告基因的表达强度与shRNA的富集有关的细胞（如靶向调节报道基因表达shRNA）；3）行为筛选，筛选出shRNA与细胞侵袭、迁移等基因相关的细胞。相对于对照组，实验组细胞筛选完成后，通过sanger测序或NGS测序鉴定出富集或锐减的shRNA。通过下游功能研究，进一步分析富集或消减的shRNA可能靶向的候选基因。
图1. 慢病毒shRNA文库介导的功能缺失筛选流程图，摘自Acta Biochim Biophys Sin 44：103-112 (2012)
联系客服
