massarray法的优势
相对于其它SNP检测方法,massarray法的优势有很多:
1)靠谱准确
PCR+质谱,原理经典简单,仪器稳定灵敏,检测标的为质量变化,比基于碱基互补配对的探针杂交、基于溶解曲线的HRM检测标的更加绝对,原理更加坚实,结论更加可靠。
2)更灵敏
可以检测5%的SNP,够用。基于PCR+Sanger测序的检测方法难以达到。
3)对序列要求低
这点主要是与基于限制性内切酶的PCR-RFLP对比来的。
4)通量高
对比单次反应检测一个SNP位点的Sanger测序和ARMS-PCR、受限于荧光通道的探针杂交和ARMS-PCR,单管检测40个SNP的massarray通量够高。
5)速度快
单管检测仅需几秒。
6)性价比高
NGS当然可以检测SNP,但每个样本仅检测几十到上百的SNP位点,且样本量在百千数量级,从数据冗余、时间和金钱方面来看,NGS的性价比都太低!
7)更灵活
NGS必须凑够样本数量才能充分利用每次上机得到的数据量,从数据量角度,Massarray没有单次检测的最低样本数要求。
除此之外,massarray法也有一定的缺点:
1,需要特殊的仪器设备;
2,不能检测未知的突变;
3,每次检测样本和位点数有一定要求。
massarray法的优势
相对于其它SNP检测方法,massarray法的优势有很多:
1)靠谱准确
PCR+质谱,原理经典简单,仪器稳定灵敏,检测标的为质量变化,比基于碱基互补配对的探针杂交、基于溶解曲线的HRM检测标的更加绝对,原理更加坚实,结论更加可靠。
2)更灵敏
可以检测5%的SNP,够用。基于PCR+Sanger测序的检测方法难以达到。
3)对序列要求低
这点主要是与基于限制性内切酶的PCR-RFLP对比来的。
4)通量高
对比单次反应检测一个SNP位点的Sanger测序和ARMS-PCR、受限于荧光通道的探针杂交和ARMS-PCR,单管检测40个SNP的massarray通量够高。
5)速度快
单管检测仅需几秒。
6)性价比高
NGS当然可以检测SNP,但每个样本仅检测几十到上百的SNP位点,且样本量在百千数量级,从数据冗余、时间和金钱方面来看,NGS的性价比都太低!
7)更灵活
NGS必须凑够样本数量才能充分利用每次上机得到的数据量,从数据量角度,Massarray没有单次检测的最低样本数要求。
除此之外,massarray法也有一定的缺点:
1,需要特殊的仪器设备;
2,不能检测未知的突变;
3,每次检测样本和位点数有一定要求。
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